水產基因組技術與研究進展

內容概要

　　本書向正在從事或即將從事水產生物分子遺傳學和基因組學的研究人員和學生提供了解分子遺傳學、基因組學、生物信息學和轉基因研究現(xiàn)狀、發(fā)展方向和最新技術方法的參考書。
本書共十六章，分別對結構基因組學、轉錄組學和功能基因研究、分子遺傳與分子育種學、水產生物轉基因技術等四方面進行介紹。本書由孫效文、徐鵬等著。

書籍目錄

第一章  大片段基因組文庫的構建、質量鑒定和應用
  第一節(jié)  大片段基因組文庫發(fā)展概述
  第二節(jié)  大片段基因組文庫的構建
    一、HMW DNA的制備
    二、HMW DNA部分酶切和片段選擇
    三、載體的制備
    四、連接和轉化
    五、克隆的挑取與保存
    六、目的克隆的篩選
  第三節(jié)  文庫的質量鑒定
    一、文庫插入片段的平均大小和基因組覆蓋率
    二、文庫的空載率、嵌合率和細胞器DNA污染
    三、文庫的穩(wěn)定性檢測
  第四節(jié)  大片段基因組文庫的應用
    一、基因和數(shù)量性狀位點(QTL)的圖位克隆
    二、基因組物理圖譜的構建
    三、全基因組測序
    四、功能基因組分析
    五、比較基因組學研究
  第五節(jié)  大片段基因組文庫在水產生物基因組研究中的應用和展望
第二章  物理圖譜構建技術及其在水產生物基因組研究中的應用
  第一節(jié)  物理圖譜構建技術
    一、黏粒文庫酶切指紋制備
    二、BAC文庫酶切指紋圖譜的制備
    三、物理圖譜的裝配
    四、物理圖譜的驗證策略
  第二節(jié)  物理圖譜在基因組學研究中的應用
    一、物理圖譜與遺傳圖譜的整合
    二、基于物理圖譜的全基因組測序策略
    三、重要基因的圖位克隆
    四、基于物理圖譜的比較基因組學研究
  第三節(jié)  物理圖譜構建技術最新進展
  第四節(jié)  高信息含量BAC酶切指紋圖譜采集實驗流程
    一、BAC克隆DNA提取實驗流程
    二、HICF技術流程
第三章  水產生物遺傳作圖
  第一節(jié)  作圖群體的選擇
    一、親本的選擇
    二、分離群體類型的選擇
    三、群體大小的選擇
  第二節(jié)  干涉和作圖函數(shù)
    一、干涉
    二、作圖函數(shù)
  第三節(jié)  F2、BC和DH群體標記位點間重組率的估算
    一、兩個標記位點間重組率的估算
    二、多位點連鎖分析方法和排序
    三、基因型分型錯誤率及缺失率對連鎖圖譜的影響
  第四節(jié)  遠緣雜交群體的連鎖分析
    一、全同胞家系分離標記的特點
    二、擬測交策略
    三、構建F1群體遺傳連鎖圖譜的統(tǒng)計分析步驟
    四、構建F1群體遺傳連鎖圖譜的軟件
  第五節(jié)  遺傳圖譜整合
    一、分子圖譜之間的整合
    二、物理圖譜和連鎖圖譜整合
  ……
第四章  全基因組測序：水產生物基因組資源的全面開發(fā)
第五章  熒光原位雜交作圖
第六章  系統(tǒng)發(fā)育基因組學
第七章  比較基因組學在水產生物基因組學研究中的應用
第八章  轉錄組深度測序技術
第九章  生物芯片與水產生物功能基因組學研究
第十章  數(shù)字基因表達譜技術
第十一章  魚類免疫功能基因研究
第十二章  非編碼RNA
第十三章  常用分子標記
第十四章  分子遺傳與保護生物學
第十五章  水產動物轉基因技術
第十六章  魚類轉座子介導的轉基因和基因捕獲策略

章節(jié)摘錄

　　三、重要基因的圖位克隆　　圖位克隆的工作有兩部分：第一部分主要聚焦在連鎖圖譜和重要性狀位點（包括質量性狀和數(shù)量性狀位點）在連鎖圖譜上的定位；第二部分內容則聚焦在由連鎖圖譜上特定標記界定的基因組區(qū)段內的基因或功能序列的挖掘和識別上。在沒有物理圖譜時，人們常常使用BAC：文庫等大片段插入文庫釣取含特定分子標記的陽性克隆，隨后采用測序的辦法獲取重要基因，然而BAC等覆蓋的區(qū)域畢竟有限，常常無法獲取特定區(qū)段內的全部遺傳信息，不得不采用克隆步移（Walking）的辦法由陽性?！　AC克隆的末端序列釣取相鄰的BAC克隆并組成重疊群，最后獲取對應于連鎖圖譜特定圖位區(qū)域的BAC重疊群，在對這一重疊群測序后即可獲取該區(qū)段的基因信息。這部分工作在物理圖譜構建完成后，尤其是完成物理圖譜和連鎖圖譜的整合后就會變得極為簡單，可以對大量功能區(qū)段進行全重疊群測序，以全面解析與重要性狀相關的功能基因。如虹鱒的胚胎發(fā)育速度QTL和生長速度QTL均被定位在第8號連鎖群一段很短的區(qū)域上，為了徹底解析該區(qū)域內生長相關性狀主效基因，普渡大學Nichols等對覆蓋該區(qū)域的物理圖譜重疊群中的BAC克隆采用羅氏454測序平臺進行了高通量鳥槍法測序。總之，物理圖譜可以極大簡化圖位克隆的操作流程，縮短解析特定性狀相關基因的時間，提高效率。

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