基因芯片數(shù)據(jù)分析與處理

內(nèi)容概要

基因芯片技術(shù)是交叉性很強(qiáng)的學(xué)科，尤其需要生物學(xué)家和計(jì)算科學(xué)家通過“雙邊對(duì)話”來完成實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)方法到數(shù)據(jù)分析和闡明。不同學(xué)科研究人員之間的溝通需要跨專業(yè)的復(fù)合型人才，而目前復(fù)合型人才非常缺乏。有鑒于此，我們編寫本書，目的在于通過基因芯片技術(shù)及數(shù)據(jù)分析基本原理的深層描述，培養(yǎng)有多種技能的復(fù)合型人才，從提出生物學(xué)命題開始，經(jīng)過合理的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)流程以及數(shù)據(jù)挖掘，以期更好地解決生物學(xué)命題。 　　本書共分為十六章，分屬于三大部分。第一部分主要為基礎(chǔ)知識(shí)部分，包括概述、微陣列基因芯片制備和檢測技術(shù)、統(tǒng)計(jì)學(xué)基礎(chǔ)3章；第二部分內(nèi)容是數(shù)據(jù)處理方法，包括實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、圖像的獲得和數(shù)據(jù)的前處理、數(shù)據(jù)的預(yù)處理和歸一化、差異表達(dá)基因分析、芯片數(shù)據(jù)的可靠性分析、聚類分析和可視化微陣列實(shí)驗(yàn)中的分類方法7章；第三部分主要為數(shù)據(jù)挖掘和應(yīng)用—相關(guān)內(nèi)容，包括微陣列技術(shù)的標(biāo)準(zhǔn)化、基因芯片數(shù)據(jù)的基因注釋和功能分析、系統(tǒng)生物學(xué)及基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、基因芯片技術(shù)的應(yīng)用——從基因篩選到臨床診斷、主要數(shù)據(jù)分析軟件的介紹和展望6章。     通過閱讀本書，生物學(xué)者和計(jì)算科學(xué)工作者都能從中獲得他們各自所需的信息。從事統(tǒng)計(jì)學(xué)研究的人能對(duì)生物學(xué)和芯片技術(shù)有清楚的了解，生物學(xué)或醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究者能初步掌握基因芯片中所涉及的統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)。同時(shí)，本書也可作為各大專院校生物芯片技術(shù)和生物信息科學(xué)的學(xué)科建設(shè)的教學(xué)參考書。

書籍目錄

第一章　概述　第一節(jié)　分子生物學(xué)技術(shù)及基因、基因組科學(xué)發(fā)展歷史簡介　第二節(jié)　基因芯片技術(shù)簡介 　第三節(jié)　生物信息學(xué)與基因芯片的數(shù)據(jù)挖掘 　參考文獻(xiàn) 第二章　微陣列基因芯片實(shí)驗(yàn)技術(shù)	　第一節(jié)　基因芯片的價(jià)值和分類　第二節(jié)　基片的制備 　第三節(jié)　點(diǎn)樣探針的制備 　第四節(jié)　基因芯片點(diǎn)樣 　第五節(jié)　原位合成及納米結(jié)構(gòu)的基因芯片制備 　第六節(jié)　表達(dá)譜基因芯片的檢測方法 　參考文獻(xiàn) 第三章　統(tǒng)計(jì)學(xué)基礎(chǔ)　第一節(jié)　統(tǒng)計(jì)學(xué)的基本概念　第二節(jié)　假設(shè)檢驗(yàn) 　第三節(jié)　方差分析 　第四節(jié)　聚類分析與判別分析簡介 　參考文獻(xiàn)第四章　實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) 　第一節(jié)　樣品配對(duì)模式 　第二節(jié)　樣品的重復(fù)及合并 　第三節(jié)　總結(jié) 　參考文獻(xiàn) 第五章　基因芯片圖像的采集和處理 　第一節(jié)　基因芯片圖像的采集 　第二節(jié)　基因芯片圖像的處理　第三節(jié)　一些芯片掃描儀和芯片圖像處理軟件的介紹 　參考文獻(xiàn) 第六章　數(shù)據(jù)的預(yù)處理和歸一化 　第一節(jié)　數(shù)據(jù)的預(yù)處理 　第二節(jié)　數(shù)據(jù)的歸一化 　參考文獻(xiàn) 第七章　差異表達(dá)基因分析 　第一節(jié)　差異表達(dá)基因的挑選 　第二節(jié)　研究差異表達(dá)基因的意義 　參考文獻(xiàn)第八章　芯片數(shù)據(jù)的可靠性分析 　第一節(jié)　數(shù)據(jù)的評(píng)價(jià) 　第二節(jié)　誤差來源分析 　第三節(jié)　基因芯片的質(zhì)控體系 　第四節(jié)　信號(hào)線性擴(kuò)增技術(shù)及其評(píng)估 　參考文獻(xiàn)第九章　聚類分析和可視化 　第一節(jié)　相似性（或距離）的度量 　第二節(jié)　聚類算法 　第三節(jié)　二維聚類 　第四節(jié)　主成分、SVD和基因修剪 　參考文獻(xiàn) 第十章　微陣列實(shí)驗(yàn)中的分類方法　第一節(jié)　概述 　第二節(jié)　不同分類方法的概述 　第三節(jié)　分類中的一般問題 　第四節(jié)　性能評(píng)價(jià) 　第五節(jié)　實(shí)例分析　參考文獻(xiàn) 第十一章　微陣列技術(shù)的標(biāo)準(zhǔn)化 　第一節(jié)　MIAME規(guī)則 　第二節(jié)　Affimetrix芯片系統(tǒng)與MIAME規(guī)則 　參考文獻(xiàn) 第十二章　基因芯片數(shù)據(jù)的基因注釋和功能分析 　第一節(jié)　單一基因的注釋 　第二節(jié)　轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)的分析 　第三節(jié)　Gene Ontology數(shù)據(jù)庫中基因功能分類的分析 　第四節(jié)　生物學(xué)通路和生物學(xué)相互作用的分析 　參考文獻(xiàn)第十三章　系統(tǒng)生物學(xué)及基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 　第一節(jié)　系統(tǒng)生物學(xué)簡介 　第二節(jié)　基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)成 　第三節(jié)　用高斯圖形模型推導(dǎo)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 　第四節(jié)　貝葉斯網(wǎng)絡(luò)模型在基因芯片數(shù)據(jù)中的應(yīng)用 　第五節(jié)　從時(shí)間序列數(shù)據(jù)中推導(dǎo)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 　第六節(jié)　通過基因擾動(dòng)來推導(dǎo)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的反義工程方法 　第七節(jié)　結(jié)論　參考文獻(xiàn) 第十四章　基因芯片技術(shù)的應(yīng)用——從基因篩選到臨床診斷 　第一節(jié)　基因表達(dá)譜研究與臨床腫瘤學(xué) 　第二節(jié)　微矩陣芯片和遺傳多態(tài)性 　第三節(jié)　微矩陣和基因拷貝數(shù)變化 　第四節(jié)　微矩陣和感染性疾病 　第五節(jié)　微矩陣芯片的其他應(yīng)用 　參考文獻(xiàn) 第十五章　主要數(shù)據(jù)分析軟件的介紹 　第一節(jié)　分析軟件在基因芯片技術(shù)中的地位 　第二節(jié)　主要圖像和數(shù)據(jù)處理軟件 　第三節(jié)　基因表達(dá)譜公共數(shù)據(jù)庫 　第四節(jié)　基因注釋數(shù)據(jù)庫的訪問 　參考文獻(xiàn)第十六章　展望 　第一節(jié)　后基因組研究的趨勢——系統(tǒng)生物學(xué) 　第二節(jié)　后基因組應(yīng)用研究發(fā)展的趨勢——基因組醫(yī)學(xué) 　第三節(jié)　基因芯片技術(shù)在系統(tǒng)生物學(xué)和基因組醫(yī)學(xué)中的地位 　參考文獻(xiàn)

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