生物信息學(xué)應(yīng)用教程

內(nèi)容概要

孫清鵬等編著的《生物信息學(xué)應(yīng)用教程》分為緒論、生物信息學(xué)相關(guān)的生物學(xué)基礎(chǔ)、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫、數(shù)據(jù)庫查詢、序列比對與數(shù)據(jù)庫相似性搜索、DNA序列分析、蛋白序列分析、生物信息學(xué)軟件及使用、文獻(xiàn)信息檢索、Endnote
x4參考文獻(xiàn)管理軟件11部分。編者根據(jù)自己的教學(xué)實踐，以圖文并茂的方式介紹相關(guān)內(nèi)容，以期達(dá)到使學(xué)生能夠了解和掌握一些較常用的生物信息資源和工具的目的。
《生物信息學(xué)應(yīng)用教程》是一本簡明且實用性較強(qiáng)的生物信息學(xué)教程，適合生物學(xué)相關(guān)的非生物信息專業(yè)的學(xué)生使用，也可為從事生物學(xué)及相關(guān)專業(yè)的教學(xué)、科研人員參考使用。

書籍目錄

前言
第1章 緒論
 1.1 生物信息學(xué)的概念及研究對象
 1.2 生物信息學(xué)的研究內(nèi)容
 1.3 生物信息學(xué)的應(yīng)用
 本章小結(jié)
 思考題
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第2章 生物信息學(xué)相關(guān)的生物學(xué)基礎(chǔ)
 2.1 核酸化學(xué)
  2.1.1 概述
  2.1.2 核酸的化學(xué)組成
  2.1.3 核酸的分子結(jié)構(gòu)
 2.2 蛋白質(zhì)化學(xué)
  2.2.1 概述
  2.2.2 蛋白質(zhì)的化學(xué)組成
  2.2.3 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)單位——氨基酸
  2.2.4 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)
  2.2.5 蛋白質(zhì)的變性與復(fù)性
 本章小結(jié)
 思考題
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第3章 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫
 3.1 生物信息數(shù)據(jù)庫的發(fā)展簡史
 3.2 核酸序列數(shù)據(jù)庫
  3.2.1 GenBank數(shù)據(jù)庫
  3.2.2 EMBL數(shù)據(jù)庫
  3.2.3 DDBJ數(shù)據(jù)庫
 3.3 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫
  3.3.1 PIR數(shù)據(jù)庫
  3.3.2 UniProt數(shù)據(jù)庫
 3.4 生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
  3.4.1 PDB
  3.4.2 MMDB
  3.4.3 SWISS MODEL
 3.5 其他生物分子數(shù)據(jù)庫
  3.5.1 dbSNP
  3.5.2 NONCODE
  3.5.3 miRBase
  3.5.4 Eembl
  3.5.5 UCSC Genome Browser
  3.5.6 ExPASy
 本章小結(jié)
 思考題
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第4章 數(shù)據(jù)庫查詢
 4.1 NCBI數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)Entrez
  4.1.1 NCBI簡介
  4.1.2 NcBI數(shù)據(jù)庫
  4.1.3 Entrez簡介
  4.1.4 Entrez查詢
 4.2 EBI數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)SRS
  4.2.1 EBI簡介
  4.2.2 EBI數(shù)據(jù)庫
  4.2.3 SRS簡介
  4.2.4 SRS查詢
 本章小結(jié)
 思考題
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第5章 序列比對與數(shù)據(jù)庫相似性搜索
 5.1 概述
  5.1.1 序列比對的概念
  5.1 2序列比對的主要用途
 5.2 序列比對的打分系統(tǒng)
  5.2.1 替換矩陣
  5.2.2 空位罰分
 5.3 序列比對的算法
  5.3.1 雙序列比對算法
  5.3.2 多序列比對算法
 5.4 雙序列比對及基本操作
  5.4.1 雙序列比對簡介
  5.4.2 雙序列比對工具
  5.4.3 雙序列比對工具的使用
 5.5 多序列比對及基本操作
  5.5.1 多序列比對簡介
  5.5.2 多序列比對工具
  5.5.3 多序列比對工具——Clustal軟件的使用
 5.6 數(shù)據(jù)庫相似性搜索——BLAsT
  5.6.1 BLAST概述
  5.6.2 BLAST搜索工具
  5.6.3 BLAST搜索數(shù)據(jù)庫
  5.6.4 BLAST搜索步驟
  5.6.5 BLAST搜索實例分析
 本章小結(jié)
 思考題
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第6章 DNA序列分析
 6.1 核酸序列組成成分分析
 6.2 限制性內(nèi)切酶酶切位點分析
 6.3 重復(fù)序列分析
 6.4 基因結(jié)構(gòu)分析
  6.4.1 開放閱讀框的識別
  6.4.2 啟動子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點分析
  6.4.3 CPG島
  6.4.4 轉(zhuǎn)錄終止位點分析
 6.5 序列同源性分析
 本章小結(jié)
 思考題
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第7章 蛋白質(zhì)序列分析
 7.1 蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)分析
 7.2 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析
 7.3 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)分析
 7.4 蛋白質(zhì)功能預(yù)測
 本章小結(jié)
 思考題
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第8章 生物信息學(xué)軟件及其使用
 8.1 引物設(shè)計軟件
 8.2 綜合序列分析軟件
  8.2.1 建立新序列
  8.2.2 PCR引物設(shè)計
  8.2.3 ORF分析
  8.2.4 序列翻譯
  8.2.5 限制性內(nèi)切酶分析
  8.2.6 序列比對分析
  8.2.7 蛋白質(zhì)基本組成分析
 本章小結(jié)
 思考題
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第9章 文獻(xiàn)信息檢索
 9.1 學(xué)術(shù)搜索引擎
  9.1.l Google Scholar
  9.1.2 SCIRUS
 9.2 文摘數(shù)據(jù)庫檢索
  9.2.1 NCBI.PubMed
  9.2.2 BIOSIS Previews
  9.2.3 國際三大農(nóng)業(yè)文摘數(shù)據(jù)庫
 9.3 全文數(shù)據(jù)庫檢索
  9.3.1 綜合類全文數(shù)據(jù)庫
  9.3.2 期刊全文數(shù)據(jù)庫
  9.3.3 維普期刊全文數(shù)據(jù)庫
  9.3.4 學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫
 9.4 引文數(shù)據(jù)庫檢索
  9.4.1 數(shù)據(jù)庫組成
  9.4.2 檢索方式
  9.4.3 文獻(xiàn)管理與分析功能
 本章小結(jié)
 思考題
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第10章 Endnote x4參考文獻(xiàn)管理軟件
 lO.1.Endnote x4的主要功能
 10.2 Endnote X4數(shù)據(jù)庫的建立
  10.2.1 Endnote x4主程序簡介
  10.2.2 文獻(xiàn)資料庫的建立
  10.2.3 將文獻(xiàn)信息導(dǎo)入Endnote文獻(xiàn)庫
 10.3 Endnote數(shù)據(jù)庫的管理
  10.3.1 文獻(xiàn)庫顯示方式的更改
  10.3.2 更改文獻(xiàn)排列順序
 10.4 Endnote數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用
  10.4.1 在Microsoft ward2003中使用Endnote編輯制作參考文獻(xiàn)
  10.4.2 下載新增引用文獻(xiàn)格式
  10.4.3 修改參考文獻(xiàn)引用格式
  10.4.4 CNKl數(shù)據(jù)導(dǎo)入
 本章小結(jié)
 思考題
 推薦閱讀書目
參考文獻(xiàn)

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