系統(tǒng)生物學(xué)基礎(chǔ)

內(nèi)容概要

本書是現(xiàn)代意義上系統(tǒng)生物學(xué)的開山之作，堪稱該領(lǐng)域的經(jīng)典圖書! 對于系統(tǒng)生物學(xué)的初學(xué)者而言，本書是一本很好的引路書。書中首先對系統(tǒng)生物學(xué)的意義給出了明確的回答，并且闡述了系統(tǒng)生物學(xué)研究需要開展的工作及其所采用的技術(shù)；之后圍繞系統(tǒng)生物學(xué)的五個中心主題展開：先進(jìn)的測量系統(tǒng)、基于實驗數(shù)據(jù)的基因和代謝網(wǎng)絡(luò)的反向工程、建模和仿真軟件、細(xì)胞仿真和系統(tǒng)水平的分析。    閱讀了這本書，會對系統(tǒng)生物學(xué)的起源和發(fā)展有一個非常清楚的了解，對于一個新興的學(xué)科而言，這一點是非常重要的。作為世界上第一本有關(guān)系統(tǒng)生物學(xué)的圖書，本書匯集了有關(guān)系統(tǒng)生物學(xué)研究的代表性文章和研究實例，對于新的研究人員，其設(shè)想、概念和基本思想都是非常有價值的啟發(fā)。

書籍目錄

　第1章 系統(tǒng)生物學(xué)：從系統(tǒng)水平認(rèn)識生物系統(tǒng)　　1.1 引言　　1.2 測量技術(shù)與實驗方法　　　1.2.1 全面測量　　　1.2.2 系統(tǒng)生物學(xué)測量　　　1.2.3 下一代實驗系統(tǒng)　　1.3 系統(tǒng)結(jié)構(gòu)鑒定　　　1.3.1 自下而上的方法　　　1.3.2 自上而下的方法　　1.4 系統(tǒng)行為分析　　　1.4.1 仿真　　　1.4.2 分析方法　　1.5 生物學(xué)系統(tǒng)的魯棒性　　　1.5.1 來自復(fù)雜工程系統(tǒng)的經(jīng)驗　　　1.5.2 控制　　　1.5.3 冗余　　　1.5.4 模塊化設(shè)計　　　1.5.5 結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性　　1.6 系統(tǒng)組計劃　　1.7 系統(tǒng)生物學(xué)的影響　　1.8 結(jié)論　　參考文獻(xiàn)第Ⅰ部分 先進(jìn)測量系統(tǒng)　第2章 四維顯微方法自動化獲取細(xì)胞系及線蟲早期胚胎形成分析　　2.1 引言　　2.2 線蟲　　2.3 細(xì)胞系及應(yīng)用　　2.4 細(xì)胞系分析產(chǎn)生的歷史　　2.5 自動化獲取細(xì)胞系　　2.6 自動化獲取細(xì)胞系系統(tǒng)的優(yōu)點　　2.7 細(xì)胞系獲取系統(tǒng)的展望　　2.8 系統(tǒng)化的細(xì)胞系分析　　2.9 線蟲的計算機(jī)仿真　　2.10 結(jié)論　　參考文獻(xiàn)第Ⅱ部分 基因表達(dá)數(shù)據(jù)的反向工程和數(shù)據(jù)挖掘　第3章 基于DBRF方法從大規(guī)模穩(wěn)態(tài)基因表達(dá)數(shù)據(jù)推測基因網(wǎng)絡(luò)　　3.1 引言　　3.2 基于差異表達(dá)調(diào)控識別方法　　　3.2.1 推測冗余基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)　　　3.2.2 推測精簡的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)　　3.3 計算實驗　　　3.3.1 網(wǎng)絡(luò)模型　　　3.3.2 DBRF方法性能　　　3.3.3 比較連續(xù)和二元狀態(tài)值　　　3.3.4 與Predictor方法比較　　3.4 應(yīng)用于酵母基因表達(dá)數(shù)據(jù)　　3.5 討論　　　3.5.1 算法　　　3.5.2 用連續(xù)數(shù)據(jù)的好處　　　3.5.3 DBRF和Predictor　　　3.5.4 應(yīng)用于酵母基因表達(dá)數(shù)據(jù)　　3.6 結(jié)論　　參考文獻(xiàn)　第4章 與癌癥相關(guān)的基因表達(dá)矩陣分析　　4.1 引言　　4.2 分離器　　4.3 噪聲數(shù)據(jù)中分離器的識別　　　4.3.1 遺傳算法　　　4.3.2 基因的自動識別方法　　　4.3.3 從基因表達(dá)矩陣提取的分離器的統(tǒng)計學(xué)驗證　　　4.3.4 生成模型　　　4.3.5 基于隨機(jī)化的生成模型　　　4.3.6 基于生成模型的互信息　　　4.3.7 生成算法　　　參考文獻(xiàn)　第5章 利用遺傳規(guī)則實現(xiàn)從觀測數(shù)據(jù)到代謝通路的自動反向工程　　5.1 引言　　5.2 例證問題敘述　　5.3 遺傳規(guī)劃方法的背景介紹　　5.4 化學(xué)反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)的表示方法　　　5.4.1 函數(shù)集　　　5.4.2 元素集　　　5.4.3 限定的句法結(jié)構(gòu)　　　5.4.4 例子　　5.5 準(zhǔn)備工作　　　5.5.1 程序結(jié)構(gòu)　　　5.5.2 函數(shù)集　　　5.5.3 元素集　　　5.5.4 適切性測量　　　5.5.5 運行時參數(shù)控制　　　5.5.6 終止　　　5.5.7 并行計算機(jī)系統(tǒng)上的執(zhí)行　　5.6 結(jié)果　　5.7 結(jié)論　　5.8 未來的工作　　　5.8.1 改進(jìn)的程序樹表達(dá)方式　　　5.8.2 需要數(shù)據(jù)的最小數(shù)目　　　5.8.3 使用該方法的時機(jī)　　　5.8.4 設(shè)計其他代謝通路　　參考文獻(xiàn)第Ⅲ部分建模和仿真軟件　第6章 ERATO系統(tǒng)生物學(xué)工作平臺：多尺度與多理論的系統(tǒng)生物學(xué)仿真集成環(huán)境　第7章 信號轉(zhuǎn)導(dǎo)自動模型的生成及在MAP-激酶途徑中的應(yīng)用　第8章 功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)的大型生物系統(tǒng)建模：參數(shù)估計第Ⅳ部分 細(xì)胞仿真　第9章 邁向虛擬生物實驗室　第10章 計算細(xì)胞生物學(xué)——隨機(jī)方法　第11章 細(xì)胞的計算機(jī)仿真：人體紅細(xì)胞模型及其應(yīng)用第Ⅴ部分系統(tǒng)水平分析　第12章 構(gòu)建生物信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的數(shù)學(xué)模型：魯棒性分析　第13章 動態(tài)平衡和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)中普遍存在的調(diào)節(jié)機(jī)制：雙相響應(yīng)調(diào)節(jié)與正反饋的結(jié)合　第14章 Rho激酶途徑和肌球蛋白輕鏈激酶途徑在肌球蛋白輕鏈磷酸化中的不同作用：動力學(xué)仿真研究參考文獻(xiàn)

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