基因組數(shù)據(jù)分析手冊(cè)

內(nèi)容概要

　　隨著人類和模式生物基因組測(cè)序工作的迅速發(fā)展，有關(guān)核酸、蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)與功能的數(shù)據(jù)與時(shí)呈指數(shù)俱增?；谏锛夹g(shù)和信息技術(shù)的融合，對(duì)這些海量生物學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)手處理、分析，有助于闡明和解讀基因組數(shù)據(jù)中所包含的生物學(xué)意義，從中發(fā)現(xiàn)重大生命科學(xué)的規(guī)律，揭示生命奧秘，這將是基因組學(xué)這門新興的交叉學(xué)科所承擔(dān)的重要任務(wù)。　　掌握基因組數(shù)據(jù)分析方法是解開生命奧秘的鑰匙。本手冊(cè)從大規(guī)模基因組測(cè)序入手，順沿基因組數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、儲(chǔ)存、檢索和分析這條線索，依次介紹了測(cè)序分析軟件（Phred-Phrap-Consed）、　序列同源性聯(lián)配分析工具（BLAST、SlM4、CLUSTALW）和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，以及蛋白質(zhì)序列功能注釋、分類和代謝途徑分析等軟件的功能和用法，此外，還介紹一些網(wǎng)絡(luò)公共數(shù)據(jù)庫(kù)資源和杭州華大基因研發(fā)中心研制的EST序列分析系統(tǒng)。初學(xué)者可“對(duì)號(hào)入座，各取所需”?！　”臼謨?cè)既可作為從事生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等領(lǐng)域的科研及教學(xué)人員的工具書，也可作為大學(xué)生和研究生的實(shí)習(xí)指導(dǎo)用書。本手冊(cè)可以幫助讀者初步掌握基因組數(shù)據(jù)分析的方法，并為他們學(xué)習(xí)基因組學(xué)導(dǎo)航。

作者簡(jiǎn)介

胡松年，男，中科院北京基因組研究所研究員，博士生導(dǎo)師，所長(zhǎng)助理，主要從事基因組學(xué)、分子生物學(xué)及分子遺傳學(xué)方面的研究。1996年于中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)生物學(xué)院植物生化系獲博士學(xué)位。1996?C1998 年在中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所任助研。1998?C1999年在美國(guó)西雅圖華盛頓大學(xué)基因組中心任訪問學(xué)者。1999?C2001年任中科院遺傳所人類基因組中心暨北京華大基因研究中心總工程師。2002-2003年任杭州華大基因研發(fā)中心主任。2004年至今任中科院北京基因組研究所研究員。胡松年教授承擔(dān)了多項(xiàng)國(guó)家863、973、國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目研究。參與了“人類基因組1%計(jì)劃”、“家豬基因組計(jì)劃”研究工作。并作為主要負(fù)責(zé)人之一承擔(dān)了“水稻基因組計(jì)劃”，并獲“2002年度求是杰出科技成就集體獎(jiǎng)”和“2003年度中國(guó)科學(xué)院杰出科技成就集體獎(jiǎng)”，現(xiàn)為國(guó)家科技部重大研究計(jì)劃“以細(xì)胞為單元的人類基因轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組的關(guān)聯(lián)性研究”的課題負(fù)責(zé)人。胡松年教授在國(guó)內(nèi)外重要學(xué)術(shù)刊物上共發(fā)表論文60余篇，發(fā)表專著《基因組數(shù)據(jù)分析手冊(cè)》和《基因表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）數(shù)據(jù)分析手冊(cè)》2本，參與編著2本。

書籍目錄

第1章 大規(guī)?；蚪M測(cè)序策略與技術(shù)1.1 大規(guī)模基因組測(cè)序的常用技術(shù)1.2 大規(guī)模測(cè)序的策略1.3 逐步克隆法測(cè)序策略1.4 全基因組霰彈法測(cè)序策略1.5 大規(guī)?；蚪M測(cè)序的現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢(shì)第2章 生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)2.1 文獻(xiàn)檢索2.2 核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索2.3 基因組序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索2.4 氨基酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)2.5 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB2.6 疾病相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(kù)第3章 序列聯(lián)配(BLAST、slM4)3.1 Blast3.2 Sim4第4章 多序列聯(lián)配(Clustal W)4.1 C1ustal簡(jiǎn)介4.2 目的4.3 原理4.4 步驟4.5 結(jié)果及分析第5章 測(cè)序分析軟件(Phred／Phrap／Consed)5.1 Phred堿基讀取程序5.2 Phrap序列組裝程序5.3 Consed圖形化視圖第6章 EST序列分析系統(tǒng)6.1 EST通道化分析系統(tǒng)(EST Analysis Pipeline System TM)6.2 用戶登錄6.3 主界面和界面說明6.4 模塊功能列表第7章 蛋白質(zhì)序列的功能注釋、分類和代謝途徑分析7.1 蛋白質(zhì)序列的功能注釋7.2 蛋白質(zhì)序列的功能分類7.3 蛋白質(zhì)序列的代謝途徑分析7.4 蛋白質(zhì)序列綜合注釋示例第8章 ORF的搜尋及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)8.1 ORF的搜尋8.2 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)8.3 用Swiss-model進(jìn)行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)8.4 用PROSPECT進(jìn)行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)第9章 華大基因研發(fā)中心網(wǎng)絡(luò)資源9.1 BTN簡(jiǎn)介9.2 PASDB簡(jiǎn)介9.3 RICE GD簡(jiǎn)介9.4 UNIBLAST簡(jiǎn)介9.5 HGP簡(jiǎn)介9.6 TTEN簡(jiǎn)介第10章 Bioperl 簡(jiǎn)介

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