生物信息學(xué)

內(nèi)容概要

本書介紹了機(jī)器學(xué)習(xí)方法的主要內(nèi)容及其在生物學(xué)數(shù)據(jù)處理中的應(yīng)用。其中對(duì)機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)的理論基礎(chǔ)——貝葉斯概率體系進(jìn)行了詳細(xì)介紹，并在此基礎(chǔ)上著重對(duì)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、隱也氏模型以及概率圖模型等方法在生物信息學(xué)中的應(yīng)用作了詳細(xì)分析。書中特別列出一章介紹了DNA微陣列和基因表達(dá)，以及相關(guān)數(shù)據(jù)的分析方法。本書主要針對(duì)兩個(gè)讀者群體。一是生物學(xué)和生物化學(xué)研究人員，他們想了解基于數(shù)據(jù)處理的算法；二是物理、數(shù)學(xué)、統(tǒng)計(jì)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等領(lǐng)域的學(xué)者，他們想知道機(jī)器學(xué)習(xí)方法在分子生物學(xué)研究中的應(yīng)用。

作者簡(jiǎn)介

皮埃爾·巴爾迪是美國(guó)加州大學(xué)醫(yī)學(xué)院信和計(jì)算機(jī)科學(xué)系教授、生物化學(xué)系教授，基因組學(xué)和生物信息學(xué)研究所所長(zhǎng)。
索恩·布魯納克，是丹麥理工大學(xué)生物系教授，生物序列分析中心主任。

書籍目錄

第一章	概述第二章	機(jī)器學(xué)習(xí)的基礎(chǔ)：概率理論體系第三章	概率建模和推斷：應(yīng)用舉例第四章	機(jī)器學(xué)習(xí)算法第五章	神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)：理論第六章	神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)：應(yīng)用第七章	隱馬氏模型：理論第八章	隱馬氏模型：應(yīng)用第九章	生物信息學(xué)中的概率圖模型第十章	進(jìn)化的概率模型：系統(tǒng)進(jìn)化樹第十一章	隨機(jī)文法和語(yǔ)言學(xué)第十二章	微陣列和基因表達(dá)第十三章	互聯(lián)網(wǎng)資源和公共數(shù)據(jù)庫(kù)附錄A 統(tǒng)計(jì)學(xué)附錄B 信息論、熵和相對(duì)熵附錄C 概率圖模型附錄D HMM的相關(guān)技術(shù)：標(biāo)定、周期構(gòu)架、狀態(tài)函數(shù)和Dirichlet混合模型附錄E 高斯過程、核方法及支持向量機(jī)附錄F 公式和縮寫符號(hào)參考文獻(xiàn)基本詞匯英漢對(duì)照表

章節(jié)摘錄

　　為了讓標(biāo)識(shí)成為特異性的可靠描述，進(jìn)入比對(duì)的數(shù)據(jù)必須不存在冗余，這是一個(gè)基本條件。如果多個(gè)序列都包含了某個(gè)特定位點(diǎn)，就會(huì)對(duì)概率分布產(chǎn)生影響?！　『?jiǎn)單的標(biāo)識(shí)可視化技術(shù)以及與其相對(duì)應(yīng)的權(quán)重矩陣方法，都是對(duì)矩陣中每個(gè)位置的獨(dú)立分析。我們將會(huì)在第6章中闡述神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)如何進(jìn)一步拓展這種分析方法。通過計(jì)算“正”位點(diǎn)比對(duì)結(jié)果中單體的出現(xiàn)頻率與參考分布中頻率的比值，權(quán)重矩陣對(duì)每個(gè)位置賦予相應(yīng)的權(quán)重值。給定一個(gè)序列，如果將每個(gè)位置上單體所對(duì)應(yīng)的權(quán)重的對(duì)數(shù)值求和，可以得到一個(gè)分值。我們還可以調(diào)整選取一個(gè)閾值以實(shí)現(xiàn)對(duì)于真位點(diǎn)

媒體關(guān)注與評(píng)論

　　譯者序　　2002年夏天，中信出版社交給我一本英文原著，是由皮埃爾·巴爾迪(Pierre Baldi)和索恩·布魯納克(Sφren Bruak)兩位教授編寫的《生物信息學(xué)——機(jī)器學(xué)習(xí)方法》(第2版)，MIT出版社于2001年出版。出版社的編輯同志告訴我，鑒于本書的學(xué)術(shù)價(jià)值及其在生物信息學(xué)領(lǐng)域的重要性，出版社已購(gòu)買了本書的中文版權(quán)，并準(zhǔn)備作為社里的重點(diǎn)圖書盡快在國(guó)內(nèi)翻譯出版。由于本書作者在生命科學(xué)、數(shù)學(xué)以及計(jì)算機(jī)科學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域都有相當(dāng)?shù)脑煸?，加之本書同時(shí)涉及了生物信息學(xué)的理論基礎(chǔ)和最前沿的實(shí)際應(yīng)用，出

編輯推薦

　　本書作者不僅給我們展示了當(dāng)今生物信息學(xué)大廈的縮影和構(gòu)筑大廈的工具，更重要的是作者帶領(lǐng)我們經(jīng)歷了如何構(gòu)筑這個(gè)大廈，如何搭建“腳手架”的過程，這無(wú)論對(duì)于修補(bǔ)這座廈還是構(gòu)建一座新的大廈都是非常重要的。

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