未培養(yǎng)微生物

內容概要

自然界中存在的微生物物種數量可能以數百萬計，但以純培養(yǎng)物得以分離并加以描述的僅有幾千種。造成這一巨大差異的主要原因是超過99％的所有環(huán)境微生物令人感到迷惑地無法在實驗室中生長。微生物不可培養(yǎng)性這一現(xiàn)象披認為是基礎和應用微生物學領域的一個主要挑戰(zhàn)，找到一種可以觸及大部分未培養(yǎng)微生物的方法可能會改變今天我們所知道的生物學和生物技術的許多方面。
Slava
S．Epstein教授編著的《未培養(yǎng)微生物(精)》描述了這一現(xiàn)象的發(fā)現(xiàn)、目前對未培養(yǎng)微生物生理和分子本質的假設、最新“智取”未培養(yǎng)微生物的方法以及大多數未培養(yǎng)微生物在醫(yī)學和生物技術的重要性?！段磁囵B(yǎng)微生物(精)》揭示了未培養(yǎng)微生物的隱藏世界、它們無與倫比的多樣性和巨大的應用潛力。

書籍目錄

未培養(yǎng)微生物多樣性的統(tǒng)計性估測
1引言
2豐度數據
2.1參數豐度模型
2.2非參數豐度模型
2.3基于覆蓋度的估計
2.4討論
3發(fā)生率數據
3.1參數發(fā)生率模型
3.2發(fā)生率非參數模型
3.3基于覆蓋度的發(fā)生率非參數模型
3.4含有協(xié)變量的模型
4評論
附錄：軟件
參考文獻
大規(guī)模平行測序表征?生物種群結構
1微生物多樣性和可棲息性
2對微生物分類學和生態(tài)學的分子影響
3大量平行DNA焦磷酸測序和微生物多樣性
4rRNA高可變區(qū)焦磷酸序列的生物信息學解釋
5微生物多樣性和“稀有生物圈”的拓展性展望
6大規(guī)模平行DNA測序和微生物種群結構的未來調查
參考文獻
用微陣列技術檢測和鑒定未培養(yǎng)微生物
1引言
2微芯片的類型
2.1系統(tǒng)發(fā)育寡核苷酸芯片(POAs)
2.3群落基因組芯片
2.4宏基因組芯片
2.5全基因組開放閱讀框芯片
2.6同位素芯片
2.7其他類型的芯片
3微芯片的應用
3.1微生物檢測
3.2微生物種群動力學和活性
3.3微生物鑒定
4芯片分析所面臨的挑戰(zhàn)及其局限性
4.1依賴于已培養(yǎng)生物和／或已知序列的分析
4.2芯片分析的靈敏度
4.3特異性
4.4芯片的定量性
4.5數據分析和標準化
5結束語
參考文獻
天然實驗室：來自未培養(yǎng)甲烷營養(yǎng)菌的經驗
1引言
2厭氧嗜甲烷菌的發(fā)現(xiàn)
3海底厭氧嗜甲烷菌的鑒定及定量
4從原位觀測到體外富集
4.1尋找AOM熱點
4.2能量限制：甲烷及硫酸鹽的供應及終產物的移除
4.3最適溫度與pH
4.4避氧
4.5其他生長需求
4.6ANME與伴生菌富集的抑制或解偶聯(lián)
5展望：其他分離技術
參考文獻
不可培養(yǎng)微生物的單細胞全基因組擴增
1引言
2細胞分離方法
2.1微液滴捕獲法
2.2技術
2.3熒光激活細胞分類技術(FACS)
2.4微流控術
3單個細胞的DNA分離和擴增
4測序和基因組裝配
5從基因組學到生物學
參考文獻
生長緩慢異養(yǎng)微生物的生理生態(tài)適應性及培養(yǎng)的結果
1引言
2資源和營養(yǎng)限制的生長
2.1生物量水平的營養(yǎng)限制
2.2生長速率的營養(yǎng)限制
3對營養(yǎng)限制的生理適應
4效率 Vs.快速生長
5生長緩慢作為增加可培養(yǎng)能力的一項策略
6為什么有大平板計數異常(GPCA)？
7總結
參考文獻
可育但不可培養(yǎng)細菌
1引言
2霍亂弧菌和其他物種的可育但不可培養(yǎng)狀態(tài)
3VBNC細胞的計數方法
4霍亂暴發(fā)模型
參考文獻
微生物不可培養(yǎng)性的普適性模型
1引言
2不可培養(yǎng)微生物的原位培養(yǎng)
2.1方法一：擴散室(Diffusion
Chamber)
2.2方法二：分離芯片(Ichip)
3不可培養(yǎng)微生物的體外生長及其馴化
3.1獲得不可培養(yǎng)物種的可培養(yǎng)變種
3.2微生物的共生生長和共培養(yǎng)
4不可培養(yǎng)機制：MSC33的個案研究
5微生物的種群中的異質性
6對大平板計數異?，F(xiàn)象的解釋
6.1模型
6.2模型對不可培養(yǎng)現(xiàn)象及更多現(xiàn)象的解釋
6.3探索者模型的含義
7結論
參考文獻
未培養(yǎng)微生物的宏基因組和新抗生素發(fā)現(xiàn)
1次級代謝物與抗生素
1.1次級代謝物介紹
1.2新抗生素將來自于何處？
1.3微生物多樣性和宏基因組學
2以土壤DNA用于藥物發(fā)現(xiàn)的早期宏基因組實驗
2.1hsp70、gyrA、纖維素酶及其他
2.2eDNA文庫和異源表達
2.3信號、抗性、Turbomycins和Terragines
3從eDNA中克隆次級代謝生物合成途徑的進展.
3.1次級代謝物途徑集約模型
3.2“制約”宏基因組
3.3更好的載體
3.4更好的宿主
3.5文庫的大小
3.6最新篩選
4結論
參考文獻
耐受性菌株、生物被膜和可培養(yǎng)性問題
1耐受性細胞的發(fā)現(xiàn)
2生物被膜與耐受性菌株的復蘇
參考文獻
把概念推向極限：不可培養(yǎng)細菌與太空生物學
1微生物培養(yǎng)
2表型生長
3生命指征
4無生長發(fā)生時的生命檢測
5生命的動力學指征
6地球以外樣品中尋找生命
7不可培養(yǎng)的外星生命
8有關生命起源及生命的早期進化的建議：思考素材
參考文獻
譯者后記

圖書封面

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