微生物功能基因組學(xué)

內(nèi)容概要

　　100多種微生物基因組DNA測序工作的完成，同時還有超過200多個測序計劃在進(jìn)行之中，極大地拓寬了研究人員采用遺傳學(xué)、生物化學(xué)和生物信息學(xué)工具進(jìn)行研究的思路，并且誕生了一個全新的研究領(lǐng)域——微生物功能基因組學(xué)。這些進(jìn)展為理解那些可用于人類基因組研究的關(guān)鍵原理奠定了基礎(chǔ)?！　∽鳛槲⑸锕δ芑蚪M研究領(lǐng)域的第一部綜合性著作，本書很好地整合了關(guān)于基因網(wǎng)絡(luò)與功能、利用基因組數(shù)據(jù)與技術(shù)處理許多生物學(xué)問題的基因組范圍的研究成果，可以滿足人們對這方面知識的渴求。本書包含以下主題：　　·基因組學(xué)：簡介，歷史，研究范圍和面臨的挑戰(zhàn)　　·微生物多樣性與基因組學(xué)　　·用于基因組注釋和基因功能預(yù)測的計算方法　　·DNA微陣列技術(shù)及其在基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析。突變分析和微生物檢測中的應(yīng)用　　·誘變——-研究基因功能的基因組工具　　·模式生物，病原菌和環(huán)境中重要微生物的功9B基因組學(xué)　　·基因組學(xué)對抗菌藥物發(fā)現(xiàn)及毒理學(xué)的影響　　本書站在這個激動人心又不斷發(fā)展的領(lǐng)域的前沿，對微生物功能基因組學(xué)涉及的各項技術(shù)的原理、方法和應(yīng)用進(jìn)行了詳細(xì)的介紹，對于該領(lǐng)域的研究進(jìn)展給予了及時和代表性的描述與總結(jié)?！　∠嘈疟緯鴮τ趶氖挛⑸锘A(chǔ)研究（分子生物學(xué)、基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、生物信息學(xué)），應(yīng)用領(lǐng)域研究（如微生物制藥、工業(yè)微生物、醫(yī)學(xué)微生物、環(huán)境微生物）的專業(yè)人員均有很好的參考價值；同時，對于希望了解微生物功能基因組學(xué)的范疇和研究方法等基本內(nèi)容的讀者。本書的內(nèi)容和寫作方式也很容易理解和為初學(xué)者所接受。

書籍目錄

第1章　基因組學(xué)1.1　引言1.2　定義和分類1.3　基因組學(xué)的歷史回顧1.4　研究功能基因組學(xué)的挑戰(zhàn)1.5　范圍和一般方法1.6　微生物功能基因組學(xué)在真核生物研究中的重要性1.7　總結(jié)推薦讀物第2章　微生物多樣性與基因組學(xué)2.1　引言2.2　生物化學(xué)多樣性2.3　基因多樣性2.4　描述原核生物多樣性的挑戰(zhàn)2.5　微生物基因組多樣性和全基因組測序2.6　總結(jié)推薦讀物第3章　計算基因組注釋3.1　引言3.2　編碼蛋白質(zhì)基因的預(yù)測3.3　編碼RNA基因的預(yù)測3.4　鑒定啟動子3.5　操縱子的鑒定3.6　基因的功能類別3.7　基因組中其他性質(zhì)的特性描述3.8　基因組尺度的基因作圖3.9　現(xiàn)有的基因組注釋系統(tǒng)3.10　總結(jié)推薦讀物第4章　微生物進(jìn)化的基因組學(xué)4.1　引言4.2　直向進(jìn)化同源基因的鑒定4.3　基因組中的分子鐘4.4　水平基因轉(zhuǎn)移的基因組4.5　基因重復(fù)、基因缺失和其他進(jìn)化過程的基因組學(xué)4.6　系統(tǒng)進(jìn)化樹4.7　最小基因組4.8　基于生活方式進(jìn)化的基因組學(xué)觀點4.9　基因組學(xué)有關(guān)線粒體進(jìn)化的觀點4.10　總結(jié)推薦讀物第5章　基因功能預(yù)測的計算方法5.1　引言5.2　基因功能推斷的方法5.3　從基因序列到功能5.4　序列基序的鑒定5.5　以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的功能預(yù)測5.6　非同源的方法進(jìn)行功能推斷5.7　在系統(tǒng)水平上的功能推斷5.8　總結(jié)推薦讀物第6章　DNA微陣列技術(shù)6.1　引言6.2　微陣列的種類和優(yōu)點6.3　微陣列制造6.4　微陣列雜交和檢測6.5　微陣列圖像處理6.6　用微陣列技術(shù)去監(jiān)測基因表達(dá)6.7　總結(jié)推薦讀物第7章　微陣列基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析7.1　引言7.2　微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)的歸一化7.3　數(shù)據(jù)分析7.4　差異表達(dá)基因的識別7.5　共表達(dá)基因的識別7.6　基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析在途徑推理的應(yīng)用7.7　總結(jié)推薦讀物第8章　誘變8.1　引言8.2　轉(zhuǎn)座子誘變8.3　通過等位基因交換進(jìn)行定向突變8.4　反義mRNA分子導(dǎo)致基因沉默8.5　總結(jié)推薦讀物第9章　質(zhì)譜9.1　引言9.2　質(zhì)譜的基本原理9.3　蛋白質(zhì)和肽的質(zhì)譜基礎(chǔ)9.4　蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)組鑒定中的質(zhì)譜9.5　總結(jié)推薦讀物第10章　蛋白質(zhì)?配體相互作用的鑒定10.1　引言10.2　可讀框的高通量克隆10.3　酵母雙雜交選擇系統(tǒng)10.4　使用噬菌體展示來檢測蛋白質(zhì)?配體的相互作用10.5　在蛋白片段互補(bǔ)實驗中檢測相互作用10.6　利用質(zhì)譜儀研究蛋白質(zhì)?蛋白相互作用的圖譜10.7　蛋白表達(dá)譜以及相互作用中的蛋白質(zhì)陣列10.8　表面細(xì)胞質(zhì)基因組共振生物傳感器分析10.9　總結(jié)推薦讀物第11章　模式生物的功能基因組學(xué)：從新的視角看老問題11.1　引言11.2　大腸桿菌：模式真細(xì)菌11.3　枯草芽孢桿菌（Bacillus subtilis）：革蘭陽性菌的典范11.4　釀酒酵母：高等真核生物的模型11.5　模式真核生物的比較基因組學(xué)11.6　總結(jié)推薦讀物第12章　病原菌與環(huán)境中重要微生物的功能基因組分析12.1　引言12.2　通過基因組序列與功能注釋研究細(xì)菌的致病機(jī)理12.3　比較基因組學(xué)：研究細(xì)菌致病性的線索12.4　用信號物標(biāo)記突變來發(fā)現(xiàn)新的感染相關(guān)基因12.5　應(yīng)用微陣列描繪基因的功能和相互作用12.6　病原菌的蛋白質(zhì)組學(xué)12.7　環(huán)境中重要微生物的基因組測序以及功能分析12.8　總結(jié)推薦讀物第13章　基因組學(xué)對抗菌藥物發(fā)現(xiàn)及毒理學(xué)的影響13.1　引言13.2　抗生素藥物的發(fā)現(xiàn)：歷史回顧13.3　新藥開發(fā)所遇到的挑戰(zhàn)13.4　微生物基因組學(xué)和藥物靶點的篩選13.5　確定治療用途：藥物靶點篩選和驗證13.6　基因組學(xué)和毒理學(xué)：毒物基因組學(xué)的產(chǎn)生13.7　總結(jié)推薦讀物第14章　微陣列基因組技術(shù)在突變分析和微生物檢測中的應(yīng)用14.1　引言14.2　寡核苷酸微陣列用于突變分析14.3　微陣列用于自然環(huán)境中微生物的檢測14.4　總結(jié)推薦讀物第15章　展望未來：基因組學(xué)將超越單細(xì)胞學(xué)15.1　引言15.2　微生物學(xué)的信息基礎(chǔ)：基因組序列15.3　基因功能和表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)15.4　生態(tài)學(xué)和進(jìn)化15.5　系統(tǒng)水平理解微生物群落動力學(xué)15.6　總結(jié)推薦讀物

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