化學(xué)信息學(xué)

前言

　　化學(xué)信息學(xué)是一門化學(xué)、化工與信息科學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)交叉的新興學(xué)科，它采用信息學(xué)方法來解決化學(xué)問題。由于計(jì)算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)已經(jīng)廣泛地應(yīng)用到各個(gè)化學(xué)研究領(lǐng)域，許多化學(xué)研究學(xué)科都與化學(xué)信息密切相關(guān)。大量的傳統(tǒng)學(xué)科與信息科學(xué)結(jié)合發(fā)展成為新興的邊緣學(xué)科，共同構(gòu)成了信息化社會(huì)的基礎(chǔ)。近年來，借助于計(jì)算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)，在化學(xué)實(shí)驗(yàn)中使用大量的新儀器和新方法，從而得到了大量的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。信息的急劇膨脹與人們有限的學(xué)習(xí)時(shí)間及吸收能力形成了巨大的矛盾，反過來又要求使用計(jì)算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)對(duì)海量信息進(jìn)行高速和精確的處理和利用，對(duì)化學(xué)信息處理提出更高和更迫切的要求，以達(dá)到產(chǎn)生和處理的相對(duì)平衡?；瘜W(xué)信息的收集、處理、管理和利用，必不可少地要借助信息學(xué)的方法和技術(shù)。于是，化學(xué)信息學(xué)隨著計(jì)算機(jī)在化學(xué)中的廣泛應(yīng)用和化學(xué)信息網(wǎng)絡(luò)化的不斷發(fā)展而引起化學(xué)家的廣泛關(guān)注和高度重視。今天，化學(xué)信息學(xué)已經(jīng)成為藥物和生命科學(xué)研究不可缺少的熱門工具?！　≌怯捎谌藗冋J(rèn)識(shí)到化學(xué)信息學(xué)對(duì)于現(xiàn)代化學(xué)研究的重要性，近年來國外部分大學(xué)正嘗試在化學(xué)教育中系統(tǒng)地增加化學(xué)信息學(xué)課程?；瘜W(xué)信息學(xué)的發(fā)展將推動(dòng)傳統(tǒng)的化學(xué)教育模式的改革。2003年德國的Johann Gasteiger和Thomas Engel出版了“Chemoinformatics A Textbook”一書，該教科書系統(tǒng)、全面、深入淺出地介紹了化學(xué)信息學(xué)的各個(gè)研究領(lǐng)域及其研究現(xiàn)狀和今后的發(fā)展動(dòng)向。最近，梁逸曾等已經(jīng)將該書翻譯為《化學(xué)信息學(xué)教程》，由化學(xué)工業(yè)出版社出版。在國內(nèi)，化學(xué)信息學(xué)的教學(xué)已經(jīng)引起高度的重視，中國教育部理科化學(xué)教學(xué)指導(dǎo)委員會(huì)已將化學(xué)信息學(xué)列入高等學(xué)校化學(xué)專業(yè)和應(yīng)用化學(xué)專業(yè)的化學(xué)教學(xué)基本內(nèi)容。目前，已經(jīng)有多所大學(xué)都已開設(shè)化學(xué)信息學(xué)或相關(guān)的課程，并出版了數(shù)種化學(xué)信息學(xué)教材?！　』瘜W(xué)信息學(xué)作為一門新的教學(xué)課程，其課程的要求、內(nèi)容、教學(xué)方式和教材等是課程建設(shè)的一項(xiàng)新任務(wù)。國外化學(xué)信息學(xué)的教學(xué)側(cè)重于專業(yè)方向教學(xué)，交叉性強(qiáng)，涵蓋廣。在國內(nèi)，化學(xué)信息學(xué)是化學(xué)系各專業(yè)方向的必修課程之一，由于課時(shí)的限制，其教學(xué)內(nèi)容多側(cè)重于化學(xué)文獻(xiàn)學(xué)，其他的相關(guān)內(nèi)容多分別歸屬于另外的課程，并已經(jīng)另有專著出版。本書以化學(xué)信息資源檢索和化學(xué)結(jié)構(gòu)信息可視化為重點(diǎn)，強(qiáng)調(diào)現(xiàn)代數(shù)據(jù)庫檢索技術(shù)的使用，全面地介紹了數(shù)據(jù)庫檢索的基礎(chǔ)知識(shí)、常用文摘數(shù)據(jù)庫、常用全文數(shù)據(jù)庫、常用電子期刊、特種信息資源和常用化學(xué)事實(shí)數(shù)據(jù)庫等內(nèi)容。另外，本書重點(diǎn)介紹了化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化、分子模型的構(gòu)建及著名的分子圖形軟件的使用。為了教學(xué)的需要，本書也介紹了重要的印刷類化學(xué)文獻(xiàn)信息?！　”緯鴥?nèi)容新穎，所介紹的應(yīng)用軟件大多是目前的最新版本，包括 Chem3D 9.0、 ChemDraw 9.0、HyperChem 7.52、Adobe Acrobat 7.01、Reference Manager 11、EndNote 8.02、DS ViewerPro 5.0和MDL CrossFire Commander 7.0等功能強(qiáng)大的著名軟件。在本書所介紹的內(nèi) 容中，Reference Manager和EndNote是著名的文獻(xiàn)管理軟件，MDL CrossFire Commander 7.0 是著名的 Beilstein/Gmelin數(shù)據(jù)庫檢索平臺(tái)，Current Contents是ISI的低價(jià)位產(chǎn)品，而 DS ViewerPro 和 HyperChem 均是優(yōu)秀的三維分子圖形軟件。對(duì)它們的使用，目前鮮有詳細(xì)和全面的介紹。另外，本書詳細(xì)介紹了CA on CD和Web of Science 的使用。多數(shù)高等院校師生可方便地使用本書所介紹的大部分?jǐn)?shù)據(jù)庫、電子期刊和分子圖形軟件。本書具有較強(qiáng)的實(shí)用性和普及性，可作為高等院校的化學(xué)、化工和材料及相關(guān)專業(yè)本科生、研究生的教材，也可供科學(xué)研究工作者、專業(yè)技術(shù)人員和圖書情報(bào)工作者了解和掌握信息檢索與管理等相關(guān)知識(shí)學(xué)習(xí)參考?！　”緯诰帉戇^程中得到廈門大學(xué)化學(xué)系周朝暉教授、李耀群教授和廈門大學(xué)網(wǎng)絡(luò)中心郭嘉老師的指正，也得到化學(xué)工業(yè)出版社的熱心支持和大力幫助，化學(xué)系本科生楊靜、陳善慈等同學(xué)幫助進(jìn)行部分素材的制作，在此表示衷心的感謝。由于時(shí)間短促，書中難免存在遺漏和不妥之處，敬請(qǐng)讀者批評(píng)指正。

內(nèi)容概要

　　《化學(xué)信息學(xué)》以化學(xué)信息資源檢索和化學(xué)結(jié)構(gòu)信息可視化為重點(diǎn)，強(qiáng)調(diào)現(xiàn)代數(shù)據(jù)庫檢索技術(shù)的使用，全面地介紹了化學(xué)信息與數(shù)據(jù)庫檢索的基礎(chǔ)知識(shí)、常用文摘數(shù)據(jù)庫、常用全文數(shù)據(jù)庫、常用電子期刊、特種信息資源、常用化學(xué)事實(shí)數(shù)據(jù)庫及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)的管理等內(nèi)容?！　×硗猓痘瘜W(xué)信息學(xué)》重點(diǎn)介紹了化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化、分子模型的構(gòu)建及著名的分子圖形軟件的使用。為了教學(xué)的需要，本書也介紹了重要的印刷類化學(xué)文獻(xiàn)信息?！　　痘瘜W(xué)信息學(xué)》內(nèi)容新穎，實(shí)用性強(qiáng)，適用面廣，可作為高等院校有關(guān)專業(yè)的本科生、研究生教材，也可作為科學(xué)研究工作者、專業(yè)技術(shù)人員和圖書情報(bào)工作者了解掌握信息檢索與管理的學(xué)習(xí)參考。

書籍目錄

第一章 化學(xué)信息概論第一節(jié) 化學(xué)信息與化學(xué)信息學(xué)一、化學(xué)信息學(xué)的產(chǎn)生和發(fā)展二、化學(xué)信息學(xué)的研究領(lǐng)域三、信息資源檢索的意義與作用四、化學(xué)信息學(xué)的課程內(nèi)容第二節(jié) 電子信息和數(shù)據(jù)庫一、電子信息二、數(shù)據(jù)庫三、在線化學(xué)數(shù)據(jù)庫第三節(jié) 信息檢索的方法和步驟一、信息檢索方法二、信息檢索效果的評(píng)價(jià)三、信息檢索技術(shù)四、信息檢索步驟第二章 印刷類化學(xué)文獻(xiàn)信息第一節(jié) 圖書分類法簡介一、圖書館的重要地位和作用二、圖書館圖書的分類系統(tǒng)第二節(jié) 重要工具書、專著和大全一、工具書二、專著和大全第三節(jié) 重要化學(xué)期刊簡介一、綜合性自然科學(xué)期刊二、化學(xué)學(xué)科綜合性期刊三、專業(yè)性化學(xué)期刊四、綜論類期刊第四節(jié) 化學(xué)文摘（Chemical Abstracts）一、CA類目二、文摘編排順序和格式三、文摘著錄內(nèi)容和格式四、CA中的索引五、CA檢索的注意事項(xiàng)第三章 常用文摘數(shù)據(jù)庫第一節(jié) ISI數(shù)據(jù)庫一、ISI數(shù)據(jù)庫簡介二、科學(xué)引文索引（SCI）三、Web of Knowledge第二節(jié) Current Contents數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)簡介二、瀏覽文獻(xiàn)三、檢索文獻(xiàn)四、檢索結(jié)果及處理第三節(jié) Web of Science數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索三、檢索結(jié)果及處理第四節(jié) INSPEC數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索第五節(jié) BIOSIS Previews數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索第六節(jié) Chemical Abstract數(shù)據(jù)庫一、化學(xué)文摘社（CAS）二、CA on CD數(shù)據(jù)庫第七節(jié) EI Village 2數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索三、檢索結(jié)果及處理第四章 常用全文數(shù)據(jù)庫第一節(jié) ProQuest數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索三、檢索結(jié)果及處理第二節(jié) EBSCO數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索三、檢索結(jié)果及處理第三節(jié) Science Direct數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、期刊瀏覽和檢索三、數(shù)據(jù)庫檢索四、檢索結(jié)果及處理第四節(jié) 中國期刊全文數(shù)據(jù)庫一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫專欄目錄三、數(shù)據(jù)庫檢索四、檢索結(jié)果及處理第五節(jié) 萬方數(shù)據(jù)化期刊一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索第五章 常用電子期刊第一節(jié) Elsevier Science Onsite一、概述二、瀏覽三、檢索方法四、檢索結(jié)果及處理第二節(jié) SpringerLink一、概述二、瀏覽三、檢索方法四、檢索結(jié)果及處理第三節(jié) Wiley InterScience一、概述二、瀏覽三、檢索方法四、檢索結(jié)果及處理第四節(jié) Kluwer Online一、概述二、瀏覽三、檢索方法四、檢索結(jié)果及處理第五節(jié) American Chemical Society一、概述二、瀏覽三、檢索方式四、檢索結(jié)果及處理第六節(jié) Royal Society of Chemistry一、概述二、瀏覽三、檢索方法四、檢索結(jié)果及處理第七節(jié) American Institute of Physics一、概述二、瀏覽三、檢索方法四、檢索結(jié)果及處理第八節(jié) PDF文檔的創(chuàng)建一、Adobe Acrobat簡介二、PDF文檔的特點(diǎn)三、PDF文檔的創(chuàng)建四、Adobe Acrobat的其他功能第六章 特種信息資源第一節(jié) 專利數(shù)據(jù)庫一、專利基礎(chǔ)二、中國專利數(shù)據(jù)庫三、美國專利數(shù)據(jù)庫四、歐洲專利數(shù)據(jù)庫第二節(jié) 會(huì)議文獻(xiàn)檢索（ISI Proceedings）一、會(huì)議文獻(xiàn)概述二、ISI Proceedings的使用第三節(jié) 學(xué)位論文檢索一、PQDD博碩士學(xué)位論文二、CALIS學(xué)位論文庫第四節(jié) 論文評(píng)價(jià)與引文索引檢索一、論文評(píng)價(jià)二、引文索引三、期刊引文報(bào)告（Journal Citation Reports）第五節(jié) Reference Manager的使用一、RM簡介二、文獻(xiàn)數(shù)據(jù)的導(dǎo)入三、RM的檢索四、RM與Microsoft Word的結(jié)合使用第六節(jié) EndNote的使用一、EndNote簡介二、EndNote文獻(xiàn)庫的操作三、EndNote的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)導(dǎo)入四、EndNote的在線檢索五、EndNote和Word結(jié)合使用第七章 常用化學(xué)事實(shí)數(shù)據(jù)庫第一節(jié) CrossFile Beilstein/Gmelin的使用一、數(shù)據(jù)庫簡介二、檢索程序界面三、數(shù)據(jù)庫檢索四、檢索結(jié)果及處理五、應(yīng)用實(shí)例第二節(jié) NIST Chemistry WebBook一、數(shù)據(jù)庫簡介二、數(shù)據(jù)庫檢索三、檢索結(jié)果及處理第三節(jié) 科學(xué)搜索引擎SCIRUS一、概述二、檢索方法三、檢索結(jié)果及處理第八章 化學(xué)結(jié)構(gòu)的可視化第一節(jié) 化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化一、化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示二、二維化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化三、三維化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化四、大分子化學(xué)結(jié)構(gòu)的表示和可視化五、分子表面的顯示六、化學(xué)結(jié)構(gòu)的網(wǎng)絡(luò)表示第二節(jié) ISIS/Draw的使用一、簡介二、操作界面三、分子結(jié)構(gòu)圖的繪制四、電子轉(zhuǎn)移和原子特征的表示五、化學(xué)反應(yīng)式的繪制六、其他功能第三節(jié) ChemDraw的使用一、簡介二、操作界面三、二維分子結(jié)構(gòu)的繪制四、其他功能第九章 三維分子模型設(shè)計(jì)第一節(jié) 分子力學(xué)和分子建模一、分子力學(xué)基本原理二、分子力場參數(shù)化三、三維分子模型的構(gòu)建第二節(jié) DS ViewerPro的使用一、簡介二、操作界面三、分子模型的繪制四、分子模型的顯示五、其他功能第三節(jié) Chem3D的使用一、簡介二、操作界面三、分子模型的操作四、分子模型的構(gòu)建五、分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的測定六、分子的計(jì)算七、分子表面和分子軌道圖形的顯示第四節(jié) HyperChem的使用一、簡介二、工具欄的使用三、菜單命令四、使用實(shí)例參考文獻(xiàn) 

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　  其它版本請(qǐng)見：《化學(xué)信息學(xué)（第2版）》

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