基因表達序列標簽

內(nèi)容概要

本手冊以基因表達序列標簽（Expressed Sequence Tag，EST）的處理分析流程為主線，結(jié)合大量實例，以“跟我學(xué)”的方式較為系統(tǒng)地介紹了EST測序，EST數(shù)據(jù)分析平臺的構(gòu)建，EST的文獻檢索和數(shù)據(jù)庫查詢，EST序列的聚類組裝，EST的功能分類、代謝途徑及基因產(chǎn)物的詮釋等方面所涉及的方法和常用軟件。此外，還介紹了如何利用大量的網(wǎng)上和專業(yè)軟件來從基因和蛋白質(zhì)水平分析基因及其蛋白產(chǎn)物的基本特性和功能。從核苷酸水平介紹了開放閱讀框?qū)ふ?、基因功能預(yù)測、基因結(jié)構(gòu)分析、選擇性剪切分析、基因多態(tài)性位點分析、基憊因表達調(diào)控區(qū)域分析、序列GC含量和密碼子使用偏性統(tǒng)計，以及酶切位點和引物設(shè)計等內(nèi)容。從氨基酸水平介紹了理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)域、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)和系統(tǒng)進化等方面的分析。本手冊充分發(fā)揮網(wǎng)絡(luò)優(yōu)勢，借助圖文講解，內(nèi)容前沿新穎，為從事生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機科學(xué)等領(lǐng)域的科研及教學(xué)人員提供了一本十分有用的工具書，也是幫助讀者掌握基因和EST數(shù)據(jù)分析方法的實驗指導(dǎo)教材。

書籍目錄

第1章　基因表達序列標簽（EST）及其應(yīng)用　1.1　簡介　1.2　EST的應(yīng)用　1.3　EST測序分析流程　1.4參考文獻第2章EST數(shù)據(jù)分析平臺的構(gòu)建　2.1　簡介　2.2　硬件設(shè)備　2.3　Unix/Linux操作系統(tǒng)及其常用命令　2.4　常用EST數(shù)據(jù)分析軟件的安裝　2.5　參考文獻第3章　EST信息檢索及常用數(shù)據(jù)庫　3.1　簡介　3.2　文獻檢索　3.3　文獻管理　3.4　EST數(shù)據(jù)庫　3.5　參考文獻第4章　EST聚類，常見問題及解決方法　4.1　簡介　4.2　EST序列聚類方法　4.3　EST聚類中常見的問題及解決方法　4.4　參考文獻第5章　EST數(shù)據(jù)注釋及多序列比對　5.2　序列比對（BLAST）　5.3　InterPro　5.4　多序列比對（Clustal　W）　5.5　參考文獻第6章　EST功能分類與代謝途徑分析　6.1　簡介　6.2　EST功能分類　6.3　EST代謝途徑分析　6.4　EST對應(yīng)基因產(chǎn)物系統(tǒng)分析　6.5　參考文獻第7章　基因核苷酸序列分析　7.1　簡介　7.2　基因開放閱讀框的識別　7.3　內(nèi)含子／外顯子剪切位點識別　7.4　基因調(diào)控區(qū)域分析　7.5　密碼子使用偏性分析　7.6　限制性核酸內(nèi)切酶位點分析　7.7　核苷酸序列綜合分析軟件　7.8　參考文獻第8章　蛋白質(zhì)序列分析　8.1　簡介　8.2　蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析　8.3　蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測　8.4　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域　8.5　蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測　8.6　分子系統(tǒng)發(fā)育分析　8.7　參考文獻索引

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