21世紀(jì)計算機化學(xué)叢書

前言

化學(xué)作為中心科學(xué)，研究內(nèi)涵越來越豐富，應(yīng)用也越來越深入。同時，信息技術(shù)的快速發(fā)展，更促使化學(xué)信息系統(tǒng)的開發(fā)技術(shù)不斷更新。伴隨這個進程，化學(xué)信息也被賦予了太多的含義，使得化學(xué)信息系統(tǒng)不得不覆蓋眾多的領(lǐng)域，數(shù)據(jù)類型、表現(xiàn)方式也多種多樣，粗略看來，就有以下特征。（1）類型廣泛既有文獻、數(shù)據(jù)，又有圖形、圖像（如圖譜、分子結(jié)構(gòu)、電子云、反應(yīng)式等）。（2）處理多樣既有計量學(xué)處理（投影、降維、傅里葉變換），又有信息學(xué)處理（分子結(jié)構(gòu)的匹配、結(jié)構(gòu)描述參數(shù)及相似性計算），還有能量計算、結(jié)構(gòu)優(yōu)化等。（3）界面特殊除了一般的文本、超文本，還需處理圖譜、分子結(jié)構(gòu)式、化學(xué)反應(yīng)式的輸入輸出等。（4）功能復(fù)雜文獻檢索、數(shù)據(jù)查詢、圖譜或結(jié)構(gòu)匹配、在線計算等。（5）應(yīng)用廣泛搜索引擎、信息管理、檢索服務(wù)?；瘜W(xué)信息系統(tǒng)可以概括為“以化學(xué)數(shù)據(jù)庫和化學(xué)在線計算為核心的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)系統(tǒng)”，因此，相應(yīng)的設(shè)計、開發(fā)工作需要綜合運用多方面的知識和技術(shù)。一個化工廠的信息管理系統(tǒng)，通常只需按常規(guī)的網(wǎng)站來設(shè)置，即使需要處理若干種分子結(jié)構(gòu)或者圖譜，也完全可以用圖片來處理。再比如，谷歌或百度這樣的搜索引擎，并不能接受用戶輸入的二維或三維分子結(jié)構(gòu)來進行檢索。因此，化學(xué)信息系統(tǒng)所需要的很多功能，是傳統(tǒng)的信息系統(tǒng)無法實現(xiàn)的，而必須開發(fā)底層的、有針對性的算法或模塊。書名含有“化學(xué)信息”的著作，大致有兩類：一類是化學(xué)文獻、情報檢索，而近年來則轉(zhuǎn)向介紹化學(xué)相關(guān)網(wǎng)站、數(shù)據(jù)庫的服務(wù)內(nèi)容、使用方法等，如李曉霞的《Internet上的化學(xué)化工資源》；另一類是化學(xué)信息學(xué)，內(nèi)容主要是研究如何通過分子的圖譜數(shù)據(jù)、拓?fù)涮卣骱土炕瘏?shù)等研究其物理化學(xué)性質(zhì)或者生物活性，如德國J Gasteiger主編的《Chemoinformatics：A Textbook》。本書或許可以算是第三類，即以化學(xué)信息的共享為目標(biāo)，介紹化學(xué)信息系統(tǒng)的開發(fā)技術(shù)。本書概要介紹了信息的基本知識，闡述了信息開放共享的重要性。針對化學(xué)信息的特點，選擇不同類型的化學(xué)信息系統(tǒng)實例，講述其系統(tǒng)設(shè)計思路和開發(fā)方法。對實際研發(fā)有重要的指導(dǎo)作用，適合計算機與化學(xué)領(lǐng)域的科研、教學(xué)參考。不過，書中既沒有什么秘訣能讓讀者快速掌握某種信息開發(fā)技術(shù)，也不可能面面俱到地評述所有的信息共享模式；所能做的，是盡量幫助讀者追溯化學(xué)對象的設(shè)計思想，分析信息系統(tǒng)的構(gòu)成框架，從而避開花樣繁多的開發(fā)語言、設(shè)計模式的困擾，練習(xí)從比較底層的角度來觀察和理解一個個看似紛繁、實則有序的化學(xué)信息系統(tǒng)。希望讀者今后面對自己的實際需求時，在設(shè)計理念和開發(fā)技術(shù)方面，能做出與時俱進的合理選擇，創(chuàng)造出更多的專門適應(yīng)化學(xué)研究需要的模式和技巧。本書所講解的化學(xué)信息的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、算法和開發(fā)實例，大都源自本實驗室的研究工作，部分參考了國內(nèi)外的報道。南開大學(xué)劉沖、張樹眾老師為本書部分章節(jié)提供了重要的參考資料，并對部分文字進行了核校。在此，筆者對從事化學(xué)信息系統(tǒng)開發(fā)的各位同行表示感謝。筆者學(xué)淺，難免疏漏，不妥之處，還望海涵。喬園園2011年5月于天津南開大學(xué)

內(nèi)容概要

　　化學(xué)信息系統(tǒng)即“以化學(xué)數(shù)據(jù)庫和化學(xué)在線計算為核心的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)系統(tǒng)”?；瘜W(xué)信息的數(shù)據(jù)類型、表現(xiàn)方式多種多樣，既有文獻、數(shù)據(jù)，又有圖形、圖像。在用戶界面方面，則需處理圖譜、分子結(jié)構(gòu)式和化學(xué)反應(yīng)式等。因此，相應(yīng)的設(shè)計、開發(fā)工作需要綜合運用多方面的知識和技術(shù)。本書簡要介紹了信息的基本知識，闡述了信息的重要性。圍繞化學(xué)信息對象，介紹了數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)與算法，分析了系統(tǒng)架構(gòu)模式；針對化學(xué)信息的特點，選擇不同類型的化學(xué)信息系統(tǒng)實例講述了其系統(tǒng)設(shè)計思路和開發(fā)方法，對實際研發(fā)有重要的指導(dǎo)作用。
 本書適合化學(xué)、化工、生物化學(xué)、藥物化學(xué)以及相關(guān)專業(yè)的科技人員、高校師生參考。

書籍目錄

1 概述
　1.1信息系統(tǒng)概述
　1.2化學(xué)信息系統(tǒng)概況
　　1.2.1化學(xué)信息系統(tǒng)的主要類型
　　1.2.2用戶界面
2 化學(xué)信息的開放
　2.1信息系統(tǒng)的開放
　　2.1.1信息的保護與開放
　　2.1.2期刊文獻數(shù)據(jù)庫的開放機制
　　2.1.3開源軟件的開放機制
　　2.1.4生物信息學(xué)的發(fā)展
　2.2化學(xué)信息的開放發(fā)展
　　2.2.1數(shù)據(jù)文件格式
　　2.2.2軟件與編程語言
　　2.2.3新的環(huán)境與平臺
3 信息系統(tǒng)設(shè)計基礎(chǔ)
　3.1網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用發(fā)展歷程
　 3.1.1從遠(yuǎn)程網(wǎng)到因特網(wǎng)
　　3.1.2從桌面應(yīng)用程序到網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序
　　3.1.3從遠(yuǎn)程登錄到C/S和B/S模式
　　3.1.4從文件服務(wù)器到數(shù)據(jù)庫服務(wù)器
　　3.1.5從分布式到網(wǎng)格和云
　3.2網(wǎng)絡(luò)運行環(huán)境
　　3.2.1網(wǎng)絡(luò)通信協(xié)議
　　3.2.2服務(wù)器的軟件環(huán)境
　　3.2.3客戶端的軟件環(huán)境
　3.3軟件開發(fā)技術(shù)
　　3.3.1開源軟件開發(fā)技術(shù)
　　3.3.2開源軟件標(biāo)準(zhǔn)化
　　3.3.3網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序的開發(fā)
　3.4內(nèi)容管理系統(tǒng)
　　3.4.1角色劃分
　　3.4.2功能類型
　　3.4.3設(shè)計模式
　　3.4.4開源選擇
　　3.4.5應(yīng)用需求與發(fā)展
4 化學(xué)信息數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)與算法
　4.1化學(xué)圖譜
　　4.1.1圖譜文件與數(shù)據(jù)庫
　　4.1.2圖譜檢索算法
　4.2分子結(jié)構(gòu)
　　4.2.1分子拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的表達
　　4.2.2分子結(jié)構(gòu)的檢索與匹配
　4.3化學(xué)反應(yīng)
　　4.3.1化學(xué)反應(yīng)的表達
　　4.3.2反應(yīng)物與產(chǎn)物的關(guān)系
　4.4南開軟件開發(fā)包
　　4.4.1圖譜通用數(shù)據(jù)處理開發(fā)包
　　4.4.2有機分子拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)開發(fā)包
5 化學(xué)信息系統(tǒng)的開發(fā)實例
　5.1化學(xué)信息導(dǎo)航系統(tǒng)
　　5.1.1設(shè)計與開發(fā)路線
　　5.1.2系統(tǒng)構(gòu)成與功能
　　5.1.3Mashup開發(fā)模式
　5.2核磁共振譜儀管理系統(tǒng)
　　5.2.1功能設(shè)計
　　5.2.2開發(fā)技術(shù)
　　5.2.3其他配套措施
　5.3有機結(jié)構(gòu)與反應(yīng)查詢系統(tǒng)
　　5.3.1功能分析
　　5.3.2開發(fā)技術(shù)
　　5.3.3計算機輔助有機合成
　5.4虛擬組合分子庫系統(tǒng)
　　5.4.1衍生策略
　　5.4.2機制與流程
　　5.4.3開發(fā)技術(shù)
　　5.4.4商業(yè)軟件
　5.5其他化學(xué)信息系統(tǒng)
6 新技術(shù)與應(yīng)用的展望
　6.1復(fù)雜信息協(xié)議
　6.2富應(yīng)用程序
　6.3從軟件到服務(wù)
參考文獻
　　　　

編輯推薦

這本《化學(xué)信息系統(tǒng)開發(fā)技術(shù)(精)》由喬園園所著，概要介紹了信息的基本知識，闡述了信息開放共享的重要性。針對化學(xué)信息的特點，選擇不同類型的化學(xué)信息系統(tǒng)實例，講述其系統(tǒng)設(shè)計思路和開發(fā)方法。對實際研發(fā)有重要的指導(dǎo)作用，適合計算機與化學(xué)領(lǐng)域的科研、教學(xué)參考。不過，書中既沒有什么秘訣能讓讀者快速掌握某種信息開發(fā)技術(shù)，也不可能面面俱到地評述所有的信息共享模式；所能做的，是盡量幫助讀者追溯化學(xué)對象的設(shè)計思想，分析信息系統(tǒng)的構(gòu)成框架，從而避開花樣繁多的開發(fā)語言、設(shè)計模式的困擾，練習(xí)從比較底層的角度來觀察和理解一個個看似紛繁、實則有序的化學(xué)信息系統(tǒng)。希望讀者今后面對自己的實際需求時，在設(shè)計理念和開發(fā)技術(shù)方面，能做出與時俱進的合理選擇，創(chuàng)造出更多的專門適應(yīng)化學(xué)研究需要的模式和技巧。

圖書封面

評論、評分、閱讀與下載

---

    21世紀(jì)計算機化學(xué)叢書 PDF格式下載

---