水產(chǎn)基因組學(xué)技術(shù)

前言

人類基因組計劃的完成讓全世界為之振奮，也引發(fā)了一場基因組學(xué)革命。伴隨這場革命的是生命科學(xué)領(lǐng)域研究方式的完全改變；這場由基因組學(xué)引起的革命，也不例外地影響到水產(chǎn)基因組學(xué)和水產(chǎn)遺傳學(xué)總體上的研究。最近10年，在全世界還沒有一個大規(guī)模的水產(chǎn)基因組測序計劃！1997年秋天，在曼徹斯特的達(dá)爾茅斯成立的第一個水產(chǎn)基因組工作小組，可能是水產(chǎn)基因組學(xué)官方主導(dǎo)的一個開端。今天，有幾個重要水產(chǎn)養(yǎng)殖物種的全基因組測序工作即將開始，這對水產(chǎn)養(yǎng)殖遺傳學(xué)家、育種工作者、漁業(yè)管理人員等提出了新的挑戰(zhàn)，那就是如何最有效地利用目前已有的大量基因組數(shù)據(jù)信息，如何在水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)上管理和運用迅速發(fā)展的基因組技術(shù)。  本書目的是為將來的水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)科學(xué)家介紹基因組技術(shù)，也為農(nóng)業(yè)科學(xué)專業(yè)的學(xué)生提供合適的參考書。寫這本書，有這樣幾個緊迫的原因。首先，你很容易找到有關(guān)基因組學(xué)的書籍，但很難發(fā)現(xiàn)非常詳盡介紹基因組學(xué)技術(shù)概念和基本原理的書籍。本人的學(xué)術(shù)背景是農(nóng)業(yè)，但我近年來主要從事基礎(chǔ)基因組學(xué)的研究，本人的經(jīng)驗，加上為研究生講授農(nóng)業(yè)基因組學(xué)課程的經(jīng)歷，使我能有效地抓住基因組學(xué)的關(guān)鍵問題，即對基因組技術(shù)的理解是必需的，假如能對基因組技術(shù)的基本原理有非常清楚的解釋，將會更加有幫助，因為許多學(xué)生沒有系統(tǒng)地學(xué)習(xí)過分子生物學(xué)、遺傳學(xué)、生物化學(xué)、生物信息學(xué)等。其次，大多數(shù)基因組學(xué)書籍利用經(jīng)典的模式動物來介紹純粹的基因組學(xué)方法，沒有考慮到基因組技術(shù)在某些實際情況下潛在的應(yīng)用前景，在如何把基礎(chǔ)的基因組學(xué)運用到人類健康研究之外的領(lǐng)域方面，亦存在嚴(yán)重的不足；本書詳盡介紹了基因組技術(shù)以及這些技術(shù)在水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)上的應(yīng)用。最后，水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁撈對象有其獨特的生物學(xué)特性，目前的基因組技術(shù)需要適當(dāng)?shù)母倪M(jìn)和調(diào)整以后才能更好地運用。盡管本書沒有任何章節(jié)是有關(guān)起源于水產(chǎn)養(yǎng)殖或漁撈對象的全新的基因組技術(shù)，但幾乎每一章節(jié)都是介紹基因組技術(shù)在水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)或農(nóng)業(yè)上的具體運用。  本書共分29章，分別由來自全世界的著名科學(xué)家撰寫，他們在基因組學(xué)、水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)領(lǐng)域均富有經(jīng)驗，能從獨特的角度探討基因組技術(shù)。這對于專業(yè)研究人員、研究科學(xué)家、農(nóng)業(yè)專業(yè)的研究生和本科生、水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)專業(yè)的學(xué)生，將有最好的幫助。本書主要關(guān)注水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)，也適合動物科學(xué)、家禽科學(xué)、農(nóng)學(xué)、園藝學(xué)、昆蟲學(xué)和植物病理學(xué)的學(xué)生。我完全同意本書的一個作者，來自弗吉尼亞理工大學(xué)的Eric Hallerman博士寫作本書時的感受，正如他在給我的電子郵件中寫到的，“這章節(jié)最終成了非常必要的一個章節(jié)，我從寫作中得到了比預(yù)期還要多的收獲，我最終學(xué)到很多，這也是我同意參加的部分原因（教授學(xué)生是參加本書的主要動機）”。是的，更加有效地教授學(xué)生同樣也是我在準(zhǔn)備此書漫長過程中的主要的動機和熱情來源。

內(nèi)容概要

　　本書云集了當(dāng)前國際上從事水產(chǎn)動物基因組學(xué)研究的一線科學(xué)家，基于理論聯(lián)系實際的原則，根據(jù)水產(chǎn)動物基因組的特點，詳細(xì)介紹了基因組學(xué)各種技術(shù)及其原理，涵蓋了水產(chǎn)動物基因組標(biāo)記技術(shù)、基因組作圖技術(shù)和全基因組測序技術(shù)等各個方面。
　　本書極具權(quán)威性和適應(yīng)性，可作為水產(chǎn)養(yǎng)殖、動物育種、海洋生物技術(shù)、生物學(xué)等專業(yè)的教學(xué)用書，更是從事分子育種、海洋生物技術(shù)等研究人員必備的工具書。
　　本書極具權(quán)威性和適應(yīng)性，可作為水產(chǎn)養(yǎng)殖、動物育種、海洋生物技術(shù)、生物學(xué)等專業(yè)的教學(xué)用書，更是從事分子育種、海洋生物技術(shù)等研究人員必備的工具書。

作者簡介

譯者：鮑寶龍 王志勇 張士璀 等 編者：（美國）劉占江

書籍目錄

第1章　基因組和基因組學(xué)的概念
第一篇　基因組標(biāo)記
　第2章　限制性片段長度多態(tài)性（RFLP）
　第3章　隨機擴增多態(tài)性DNA（RAPD）
　第4章　擴增片段長度多態(tài)性（AFLP）
　第5章　微衛(wèi)星標(biāo)記和標(biāo)記效用的評價
　第6章　單核苷酸多態(tài)性（SNP）
　第7章　等位酶和線粒體DNA標(biāo)記
　第8章　水產(chǎn)養(yǎng)殖中基于個體的基因型分析方法
　第9章　應(yīng)用DNA標(biāo)記進(jìn)行群體遺傳學(xué)分析
第二篇　基因組作圖
　第10章　水產(chǎn)生物的連鎖作圖
　第11章　水產(chǎn)生物經(jīng)濟數(shù)量性狀位點的檢測與分析
　第12章　水產(chǎn)生物的標(biāo)記輔助選擇
　第13章　大片段細(xì)菌克隆文庫的構(gòu)建和應(yīng)用
　第14章　細(xì)菌人工染色體文庫（BAC）為基礎(chǔ)的水產(chǎn)基因組物理圖的構(gòu)建
　第15章　利用BAC末端測序分析基因組物理特征
　第16章　基因組概貌：基因組重復(fù)結(jié)構(gòu)鑒定
　第17章　應(yīng)用熒光原位雜交分析基因組
　第18章　水產(chǎn)生物的輻射性雜交作圖
　第19章　比較基因組學(xué)與定位克隆
第三篇　基因組表達(dá)與功能分析
　第20章　基于表達(dá)序列標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄組分析
　第21章　基因芯片技術(shù)的基礎(chǔ)知識：基本原理及在水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)中的應(yīng)用
　第22章　鮭魚DNA芯片技術(shù)及其他用于功能基因組學(xué)研究的方法
　第23章　水域環(huán)境基因組學(xué)相關(guān)的大型數(shù)據(jù)集分析的計算性挑戰(zhàn)
　第24章　功能基因組學(xué)
第四篇　全基因組測序的前期準(zhǔn)備
　第25章　DNA測序技術(shù)
　第26章　全基因組測序
　第27章　生物信息學(xué)
第五篇　水產(chǎn)養(yǎng)殖動物基因組測序的特殊性
　第28章　硬骨魚類的重復(fù)基因組
　第29章　雙殼類基因組學(xué)：溜面臨的復(fù)雜性、挑戰(zhàn)及展望
參考文獻(xiàn)

章節(jié)摘錄

版權(quán)頁：插圖：（2）排除法由于似然法在開放系統(tǒng)中的缺點，一些研究者重新采用了排除分配法。排除法本質(zhì)上是將每個可能親本的基因型與子代進(jìn)行比較，當(dāng)在某一個位點上子代的兩個等位基因親本都不具備時，這個親本就被排除，最后只有兩個親本基因型能被保留不被排除。意思是說，只要有足夠的位點，所收集的非親本樣品將最終在至少一個位點上被排除掉。排除法有一些缺點。就遺傳信息而言排除法的代價非常高，絕大多數(shù)被排除的候選親本都是根據(jù)很少的有效位點獲得的低似然率加以排除的，由于每增加一個位點都將帶來更多的判讀錯誤（Jones & Ardren，2003），顯然很多基因型將包含至少一個錯誤，這種錯誤很容易引起應(yīng)有分配的喪失，尤其當(dāng)親本基因型判讀錯誤時。一些研究者建議允許一定的誤配，以避免上述問題。然而，誤配也可能來自真正的非親本基因型，因此，這種不嚴(yán)謹(jǐn)?shù)呐懦椒?，在減少了錯誤排除率的同時，也增加了保留非親本組合（即錯誤的分配）的概率。在缺乏確切估計未采集親本份額的資料的情況下，并不能對這兩種錯誤孰大孰小進(jìn)行簡單的評估。因此，選擇容忍許多誤配的做法是很主觀的。為減少由于排除法的嚴(yán)格性而導(dǎo)致的過度排除，有時會采用另一個辦法，即對一個近乎完美匹配的基因型進(jìn)行重新判讀，其主要目的是看看如此之少的判讀錯誤是否會是分配丟失的原因。盡管這個辦法可能有一定意義，但它傾向于自我說服，并且經(jīng)不起正確分析檢驗。簡單地說，排除法往往錯過相當(dāng)數(shù)量的真正親本，不適合嚴(yán)格的正確率評估。如果是基于一組信息量十分豐富的位點和極其準(zhǔn)確的基因型，排除法將非常有效，但除了在法醫(yī)學(xué)上之外，這兩個條件通常很難同時得到滿足。

編輯推薦

《水產(chǎn)基因組學(xué)技術(shù)》由化學(xué)工業(yè)出版社出版。

圖書封面

圖書標(biāo)簽Tags

無

評論、評分、閱讀與下載

---

    水產(chǎn)基因組學(xué)技術(shù) PDF格式下載

---