ChemOffice 2008實用教程

前言

　　在信息技術(shù)日益發(fā)展的今天，化學(xué)化工軟件已成為相關(guān)專業(yè)工作者日常工作中不可或缺的基本工具。它不僅可以解決化學(xué)計算中的復(fù)雜問題，而且可以利用虛擬的程序模擬化學(xué)世界的微觀結(jié)構(gòu)，并可以將微觀結(jié)構(gòu)的光譜形態(tài)等形象直觀地展示出來，因此熟悉常用化學(xué)化工軟件并掌握其使用方法便成為相關(guān)專業(yè)工作者必備的技能之一?！　hemOffice Ultra是美國劍橋軟件公司研究和開發(fā)的一款化學(xué)專業(yè)應(yīng)用軟件，是目前世界上最優(yōu)秀的桌面化學(xué)軟件之一。它集強(qiáng)大的應(yīng)用功能于一身，提供了優(yōu)秀的化學(xué)輔助系統(tǒng)，可使化學(xué)工作者的日常工作更加便捷。經(jīng)過多年的發(fā)展，ChemOffice系列軟件已經(jīng)成為國內(nèi)、外化學(xué)化工領(lǐng)域的常用軟件。迄今為止，該軟件已經(jīng)發(fā)布了11個版本，目前最新版本為CambridgeSoft ChemOffice Ultra 2008（簡稱ChemOffice 2008）?！　hemOffice 2008主要包括ChemDraw（化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖）、Chem3D（分子模擬分析繪圖）和ChemFinder（化學(xué)信息搜尋整合系統(tǒng)）模塊，此外還加入了E-Notebook、BioAssay Pro、量化軟件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面，ChemSAR、Server Excel、ClogP、BioViz、CombiChem/Excel等一系列完整的軟件。　　在ChemOffice 2008套件中，ChemDraw模塊是世界上最受歡迎的化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖軟件之一，是繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)最快速、最精確的工具，是各期刊雜志指定的化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖格式軟件；Chem3D模塊是提供工作站級的3D分子輪廓圖及分子軌道的特性分析，并能和數(shù)種量子化學(xué)軟件結(jié)合在一起的軟件；ChemFinder模塊是進(jìn)行化學(xué)信息搜尋整合系統(tǒng)的軟件，它既可以建立、儲存及搜索化學(xué)數(shù)據(jù)庫，也可以與ChemDraw、Chem3D聯(lián)合使用，還可以使用現(xiàn)成的化學(xué)數(shù)據(jù)庫?！　∧壳埃珻hemOffice在國內(nèi)的應(yīng)用主要集中于ChemDraw、Chem3D及ChemFinder模塊，本書即由此入手，分3部分對ChemOffice進(jìn)行介紹。其中，第1～4章主要介紹ChemDraw基礎(chǔ)知識、如何繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式、反應(yīng)式、反應(yīng)流程圖等多個方面的內(nèi)容，以及如何采用ChemDraw對化學(xué)結(jié)構(gòu)式進(jìn)行相關(guān)的物理、化學(xué)性質(zhì)方面的表征等；第5～8章主要介紹Chem3D基礎(chǔ)知識、如何繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式的立體結(jié)構(gòu)形式，以及用MOPAC、Gaussian或GAMESS運(yùn)行半經(jīng)驗計算以及預(yù)測分子軌道的形狀等；第9章主要介紹如何利用ChemFinder查詢現(xiàn)有的化學(xué)信息、建立本地化學(xué)查詢數(shù)據(jù)庫等多方面的應(yīng)用?！　”緯鴮嵗S富，圖文并茂，使軟件的使用方法更為直觀易懂，方便用戶學(xué)習(xí)。本書可作為化學(xué)化工專業(yè)人員學(xué)習(xí)ChemOffice 2008的入門與提高的書籍，也可作為大專院校應(yīng)用化學(xué)、材料學(xué)、生物醫(yī)藥等專業(yè)教師及學(xué)生、科研部門的化學(xué)工作者、各單位化學(xué)技術(shù)人員及化學(xué)界的其他相關(guān)人士學(xué)習(xí)ChemOffice 2008的教材或教學(xué)參考書。

內(nèi)容概要

本書主要介紹利用ChemOffice 2008進(jìn)行化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖、分子模擬以及化學(xué)信息搜尋整合等方面的內(nèi)容。其中，詳細(xì)介紹了繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式、反應(yīng)式、反應(yīng)流程圖，繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式的3D圖形，進(jìn)行半經(jīng)驗計算以及預(yù)測分子軌道的形狀、查詢現(xiàn)有的化學(xué)信息、建立本地化學(xué)查詢數(shù)據(jù)庫等多方面的內(nèi)容。各部分內(nèi)容的介紹既有軟件的應(yīng)用與操作方法和技巧，又融入了ChemOffice基礎(chǔ)知識和要點，還通過大量實例具體說明操作與繪圖過程，語言通俗易懂、實例豐富、圖文并茂，方便用戶學(xué)習(xí)。     本書可作為化學(xué)化工專業(yè)人員學(xué)習(xí)ChemOffice 2008入門與提高的書籍，也可作為大專院校應(yīng)用化學(xué)、材料學(xué)、生物醫(yī)藥等專業(yè)教師及學(xué)生、科研部門的化學(xué)工作者、各單位化學(xué)技術(shù)人員及化學(xué)界其他相關(guān)人士學(xué)習(xí)ChemOffice 2008的教材或教學(xué)參考書。

書籍目錄

第1章 ChemOffice基礎(chǔ)知識  　1.1 什么是ChemOffice  　1.2 發(fā)展歷史  　1.3 應(yīng)用領(lǐng)域  　1.4 組件  　　1.4.1 ChemDraw  　　1.4.2 Chem3D  　　1.4.3 ChemFinder  　1.5 新增功能  　1.6 如何獲得幫助  　1.7 安裝與啟動  　　1.7.1 系統(tǒng)配置要求  　　1.7.2 系統(tǒng)的安裝、啟動與退出  　1.8 其他化學(xué)繪圖軟件  第2章 ChemDraw操作基礎(chǔ)  　2.1 ChemDraw的工作環(huán)境  　　2.1.1 工作界面  　　2.1.2 標(biāo)題欄  　　2.1.3 菜單欄  　　2.1.4 工具欄  　　2.1.5 圖形工具箱  　　2.1.6 編輯/繪圖區(qū)  　2.2 文件基本操作  　2.3 繪圖操作基礎(chǔ)  　　2.3.1 圖形基本操作  　　2.3.2 “Undo”和“Redo”命令  　　2.3.3 插入對象  　2.4 自定義ChemDraw的工作界面  　　2.4.1 頁面參數(shù)的設(shè)置  　　2.4.2 文檔的設(shè)置  　　2.4.3 工具條的顯示與隱藏  第3章 利用ChemDraw繪制圖形  　3.1 繪圖工具  　　3.1.1 鍵工具簡介  　　3.1.2 繪圖工具的使用  　　3.1.3 繪圖實例  　3.2 文本的操作  　　3.2.1 文本的輸入  　　3.2.2 文本的編輯  　　3.2.3 原子標(biāo)記  　3.3 繪制箭頭、弧及其他圖形  　3.4 繪制結(jié)構(gòu)式  　　3.4.1 繪制普通化學(xué)結(jié)構(gòu)式  　　3.4.2 繪制反應(yīng)中間體  　　3.4.3 繪制復(fù)雜環(huán)結(jié)構(gòu)  　　3.4.4 繪制Fischer投影式  　　3.4.5 繪制透視圖  　　3.4.6 繪制Newman投影式  　　3.4.7 繪制立體化學(xué)結(jié)構(gòu)式  　3.5 繪制反應(yīng)式  　　　3.5.1 繪制反應(yīng)方程式  　　3.5.2 繪制反應(yīng)歷程  　3.6 軌道和化學(xué)符號  　　3.6.1 軌道工具簡介  　　3.6.2 軌道工具繪圖實例  　　3.6.3 化學(xué)符號工具簡介  　3.7 繪制生物分子  　　3.7.1 生物分子模板工具簡介  　　3.7.2 繪制DNA/RNA分子圖像  　　3.7.3 繪制β-麥芽糖酶（β-Maltose）結(jié)構(gòu)  　　3.7.4 繪制DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)  　3.8 繪制簡單的反應(yīng)設(shè)備  　3.9 繪制TLC圖形  　3.10 化學(xué)查詢工具  　　3.10.1 化學(xué)查詢工具簡介  　　3.10.2 化學(xué)查詢工具的使用  　3.11 高級繪圖技巧  　　3.11.1 結(jié)構(gòu)展開與調(diào)整  　　3.11.2 名稱與結(jié)構(gòu)之間的轉(zhuǎn)化  　　3.11.3 俗名的使用  　　3.11.4 多中心結(jié)構(gòu)與多連接標(biāo)記  　　3.11.5 圖形顏色調(diào)整  　　3.11.6 獲取結(jié)構(gòu)式的3D圖形  　3.12 綜合實例  　　3.12.1 苯親電取代反應(yīng)進(jìn)程－位能變化曲線圖的繪制  　　3.12.2 立體化學(xué)反應(yīng)歷程的繪制  第4章 ChemDraw的擴(kuò)展功能  第5章 Chem3D操作基礎(chǔ)  第6章 Chem3D模型的建立及操作  第7章 化學(xué)計算  第8章 Chem3D綜合實例  第9章 ChemFinder操作基礎(chǔ)

章節(jié)摘錄

　　第1章 ChemOffice基礎(chǔ)知識　　1.1　什么是ChemOff i ce　　美國劍橋公司的ChemOffice軟件是一款優(yōu)秀的化學(xué)軟件，它集強(qiáng)大的應(yīng)用功能于一身，目前正被無數(shù)科學(xué)工作者使用。ChemOffice軟件是針對專業(yè)化學(xué)繪圖所設(shè)計，可以繪制各式各樣的化學(xué)鍵、環(huán)、軌道等，并可以與軟件中的數(shù)據(jù)庫鏈接；對于不明的結(jié)構(gòu)組織，可以通過輸入適當(dāng)?shù)乃褜l件，查出可用的結(jié)構(gòu)式；可以將化合物名稱直接轉(zhuǎn)為結(jié)構(gòu)圖，省去繪圖的繁瑣；也可以對已知結(jié)構(gòu)的化合物命名，給出正確的化合物名稱。ChemOffice完整的應(yīng)用系統(tǒng)涉及各個研發(fā)領(lǐng)域，從合成路線、化合物庫設(shè)計、藥物合成、細(xì)胞試驗到結(jié)果和報告分析。另外，也可以利用此軟件所提供的樣板功能，大幅縮短制作文件所需花費(fèi)的時間。ChemOffice作為一款優(yōu)秀的化學(xué)軟件，將使化學(xué)研究人員的研究工作達(dá)到一個新的高度?！　?.2　發(fā)展歷史　　從1985年美國劍橋公司發(fā)布第一個ChemDraw 1.0以來，該公司幾乎每年都會推出包括Windows和Macintosh的新版本。但是除ChenDraw外，ChemOffice的其他組件只適合在Windows操作平臺下使用。Macintosh用戶可以購買ChemDraw軟件，其中包含最新、最有特點的ChemDraw版本。從l994年開始，ChemOffice的功能更加完善，所包含的組件基本涵蓋了桌面化學(xué)軟件的各個方面，如圖1—1所示。迄今為止，ChemOffice已經(jīng)發(fā)布了11個版本?！　∧壳?，ChemOffice的最新版本為ChemOffice 2008，主要包括ChemDraw（化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖）、Chem3D（分子模型及仿真）和ChemFinder（化學(xué)信息搜尋整合系統(tǒng)）。此外還加入了E-Notebook、BioAssay Pro、量化軟件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面、ChemSAR、Server Excel、CLogP、CombiChem/Excel等。ChemOffice Pr0還包含了全套ChemInf0數(shù)據(jù)庫，包括ChemACX、ChemACX—SC、Merck索引和ChemMSDX等一系列完整的軟件。

編輯推薦

　　優(yōu)秀的軟件：集成分子結(jié)構(gòu)繪制、計算、預(yù)測及數(shù)據(jù)庫的建立、檢索等功能　　全面的講解：涵蓋三個主要功能模塊，圖文并茂地介紹軟件的使用方法　　豐富的內(nèi)容：凝聚作者多年的學(xué)習(xí)心得、使用經(jīng)驗及技巧　　輕松的學(xué)習(xí)：內(nèi)容編排由淺及深，易學(xué)易用　　《ChemOffice 2008實用教程：化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖、分子模擬、數(shù)據(jù)整合》主要內(nèi)容　　ChemOffice基礎(chǔ)知識 軟件功能及其安裝、啟動方法　　ChemDraw操作基礎(chǔ) Chem Draw的工作界面、文件及繪圖的基本操作　　利用ChemDraw繪制圖形 利用鍵工具及各模板工具繪制結(jié)構(gòu)式、反應(yīng)式等　　ChemDraw的擴(kuò)展功能 預(yù)測分子的物理化學(xué)性質(zhì)、IR光譜、NMR譜圖及進(jìn)行結(jié)構(gòu)式與名稱間的轉(zhuǎn)換等　　Chem3D操作基礎(chǔ) Chem3D的工作環(huán)境、文件和圖形的基本操作　　Chem3D模型的建立及操作 繪制分子的3D模型，實現(xiàn)2D模型與3D模型之間的轉(zhuǎn)換　　化學(xué)計算 利用MOPAC、Gat．Jssiafl、GAMESS等運(yùn)行半經(jīng)驗計算以及預(yù)測分子軌道的形狀等　　Chem3D綜合實例 通過三個實例介紹利用Chem3D預(yù)測IR光譜、NMR譜圖及過渡態(tài)能量的計算方法　　ChemFinder操作基礎(chǔ) 檢索現(xiàn)有的化學(xué)信息、建立個性化的化學(xué)檢索數(shù)據(jù)庫等

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