比較基因組學(xué)手冊(cè)

內(nèi)容概要

　　《比較基因組學(xué)手冊(cè)：原理與方法》是一本實(shí)用的工具書，涵蓋了比較功能基因組學(xué)這個(gè)新興領(lǐng)域中的基礎(chǔ)知識(shí)和應(yīng)用實(shí)例?！侗容^基因組學(xué)手冊(cè)：原理與方法》撰寫中注重介紹下列內(nèi)容：比較基因組學(xué)的概念和方法：基因組學(xué)和基因表達(dá)分析的基本原理；比較分析的生物信息學(xué)方法；基因組學(xué)和轉(zhuǎn)譯組學(xué)的分析方法；豐富的網(wǎng)絡(luò)資源。

書籍目錄

上篇　基因組特性第1章　原核生物1.1　引言1.2　形態(tài)和分類1.3　基因組的形狀和大小1.4　基因數(shù)目和組成方式1.5　堿基組成1.6　密碼子的使用1.7　復(fù)制和表達(dá)第2章　真核生物2.1　引言2.2　真核生物的分類與時(shí)間尺度2.3　基因組的形狀和大小2.4　堿基組分2.5　復(fù)制、修復(fù)和重組2.6　基因表達(dá)2.6.1　轉(zhuǎn)錄與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控2.6.2　遺傳密碼和密碼子的使用2.6.3　翻譯與翻譯后修飾2.7　完整測(cè)序的真核生物基因組2.7.1　釀酒酵母基因組2.7.2　粟酒裂殖酵母基因組2.7.3　線蟲基因組2.7.4　黑腹果蠅基因組2.7.5　擬南芥基因組2.7.6　水稻基因組2.7.7　人基因組第3章　細(xì)胞器3.1　線粒體3.1.1　一般結(jié)構(gòu)和功能3.1.2　DNA與遺傳系統(tǒng)3.1.3　基因組的特征3.2　葉綠體和其他質(zhì)體中篇　方法學(xué)第4章　基因組學(xué)中的分子生物學(xué)技術(shù)4.1　基因組DNA測(cè)序4.1.1　DNA測(cè)序技術(shù)4.1.2　人類基因組計(jì)劃4.2　轉(zhuǎn)錄組分析4.2.1　基因表達(dá)分析4.2.2　表達(dá)序列標(biāo)簽4.2.3　基因表達(dá)序列分析4.2.4　差異顯示4.2.5　表現(xiàn)度示差分析4.2.6　DNA微陣列4.3　蛋白質(zhì)組分析4.3.1　二維凝膠電泳4.3.2　蛋白質(zhì)鑒定4.3.3　蛋白質(zhì)-DNA和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的研究4.3.4　生物芯片法分析蛋白質(zhì)組第5章　基因組時(shí)代的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)5.1　引言5.2　基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫(kù)和專業(yè)化的數(shù)據(jù)庫(kù)5.3　數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)5.4　數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接與互通性5.5　數(shù)據(jù)庫(kù)注釋5.6　檢索系統(tǒng)5.6.1　SRS5.6.2　Entrez5.6.3　其他檢索系統(tǒng)5.7　核酸數(shù)據(jù)庫(kù)5.8　蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)5.9　其他蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)5.10　基因組數(shù)據(jù)庫(kù)和資源5.11　基因數(shù)據(jù)庫(kù)與資源5.12　轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)5.13　代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)5.14　突變數(shù)據(jù)庫(kù)5.15　線粒體數(shù)據(jù)庫(kù)和資源第6章　基因組序列分析的計(jì)算方法6.1　引言6.2　點(diǎn)陣圖6.3　兩序列比對(duì)6.3.1　Needleman-Wunsch全局比對(duì)算法6.3.2　Smith-Waterman算法6.3.3　cDNA以及基因組DNA序列的比對(duì)6.3.4　基因組比對(duì)6.3.5　清除序列庫(kù)中的冗余序列6.3.6　同源序列相似度的計(jì)算6.4　數(shù)據(jù)庫(kù)搜索6.4.1　FASTA6.4.2　BLAST6.4.3　BLAST和FASTA程序包6.4.4　過(guò)濾不需要的序列匹配塊6.4.5　重復(fù)序列匹配的過(guò)濾6.4.6　比對(duì)分值的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義6.5　多序列比對(duì)6.6　可識(shí)別遠(yuǎn)源相關(guān)蛋白或蛋白質(zhì)模塊的比對(duì)譜6.7　序列的組裝方法6.7.1　序列的凈化6.7.2　序列的聚類6.7.3　構(gòu)建一致序列6.7.4　用電子PCR繪制序列圖譜6.7.5　基因組和EST項(xiàng)目的序列組裝6.7.6　構(gòu)建用于基因索引的組裝序列6.8　生物序列的語(yǔ)言學(xué)分析6.8.1　馬爾可夫鏈?zhǔn)缴镄蛄?.8.2　生物序列語(yǔ)言的復(fù)雜度6.8.3　基因組重復(fù)序列的識(shí)別6.8.4　生物序列中的模式搜索6.8.5　識(shí)別染色體序列中的啟動(dòng)子區(qū)域6.8.6　發(fā)掘識(shí)別基因調(diào)控元件和蛋白質(zhì)模塊組件的模式6.8.7　基因預(yù)測(cè)6.8.8　基因組序列中CpG島的識(shí)別6.8.9　密碼子使用策略分析6.9　RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)6.10　蛋白質(zhì)序列分析6.10.1　蛋白質(zhì)一級(jí)序列的分析6.10.2　預(yù)測(cè)跨膜蛋白螺旋6.10.3　蛋白質(zhì)信號(hào)肽的識(shí)別及亞細(xì)胞定位的預(yù)測(cè)6.10.4　蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)6.10.5　預(yù)測(cè)卷曲螺旋和螺旋一轉(zhuǎn)角一螺旋結(jié)構(gòu)6.10.6　蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)6.10.7　蛋白質(zhì)折疊的識(shí)別與分類6.10.8　蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)的基因組比較工具6.11　進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育分析6.11.1　同源序列間遺傳距離的評(píng)價(jià)6.11.2　分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)下篇　比較基因組學(xué)第7章　分子進(jìn)化7.1　引言7.2　基因組尺寸的進(jìn)化7.3　堿基組分在進(jìn)化中的作用7.4　原核基因組的進(jìn)化7.5　從原核生物到真核生物7.5.1　真核細(xì)胞的起源7.5.2　線粒體基因組的進(jìn)化7.5.3　質(zhì)體的起源與進(jìn)化7.6　從單細(xì)胞到多細(xì)胞7.7　核基因組的進(jìn)化7.7.1　內(nèi)含子7.7.2　基因數(shù)目和蛋白質(zhì)數(shù)目7.7.3　非編碼元件7.7.4　基因家族的擴(kuò)展7.7.5　基因組倍增7.7.6　結(jié)論第8章　分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)8.1　引言8.2　分子鐘8.3　相似性測(cè)量：直系同源與旁系同源8.4　基因組學(xué)時(shí)代的分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)8.5　遠(yuǎn)源物種間的相互關(guān)系：進(jìn)化樹8.6　后生動(dòng)物的系統(tǒng)發(fā)育8.6.1　細(xì)胞器分類學(xué)與核分類學(xué)8.6.2　哺乳動(dòng)物系統(tǒng)發(fā)育附錄　本書引用的URL參考文獻(xiàn)索引譯后記

編輯推薦

　　《比較基因組學(xué)手冊(cè)：原理與方法》對(duì)于生物醫(yī)學(xué)、藥學(xué)等相關(guān)領(lǐng)域的研究人員也有閱讀參考價(jià)值。從事遺傳學(xué)、分子生物學(xué)、發(fā)育生物學(xué)和進(jìn)化生物學(xué)的研究工作的高校師生及其他研究人員，從書中可以獲悉各類基因組的重要特征以及許多很實(shí)用的基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)方法。

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