非編碼RNA

內(nèi)容概要

非編碼RNA是不參與蛋白質(zhì)編碼的RNA的總稱。雖然不參與蛋白質(zhì)的編碼，但是非編碼RNA卻是RNA實(shí)現(xiàn)功能的關(guān)鍵。    本書(shū)從分子生物學(xué)、生物技術(shù)、生物信息學(xué)和分子醫(yī)學(xué)等對(duì)非編碼RNA 進(jìn)行了多角度的介紹。首先對(duì)非編碼RNA的結(jié)構(gòu)、性質(zhì)和功能進(jìn)行了一個(gè)總體評(píng)述，目的是討論非編碼RNA的作用和由來(lái)；然后對(duì)基因組中非編碼RNA 識(shí)別的不同方法，形成獨(dú)特種類的染色質(zhì)相關(guān)RNA，H19基因，miRNA，RNA 干擾，不同的類型應(yīng)激誘導(dǎo)的ncRNA，snoRNA等內(nèi)容進(jìn)行了介紹。    本書(shū)適用于生物技術(shù)、醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)領(lǐng)域從事RNA相關(guān)研究的技術(shù)人員，也可供相關(guān)專業(yè)研究生參考。

書(shū)籍目錄

前言第1章 核糖核酸調(diào)節(jié)子概述　1.1 引言　1.2 核糖核酸的特性　1.3 編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物　1.4 RNA調(diào)節(jié)子的功能　1.5 展望　參考文獻(xiàn)第2章 內(nèi)含子和非編碼RNA：真核生物復(fù)雜性的隱含層　2.1 引言　2.2 非編碼RNA代表了哺乳動(dòng)物及幾乎所有復(fù)雜生物基因組的主要產(chǎn)物　2.3 內(nèi)含子和ncRNA是否代表了基因表達(dá)的第二個(gè)層次　2.4 內(nèi)含子　2.5 非編碼RNA　2.6 非編碼RNA的起源和命名法　2.7 “基因”的新定義——一個(gè)具有順式作用調(diào)節(jié)元件的轉(zhuǎn)錄集合　2.8 涉及RNA的復(fù)雜遺傳現(xiàn)象　2.9 RNA結(jié)合和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白　2.10 ncRNA的可能功能　2.11 一個(gè)新的遺傳學(xué)　參考文獻(xiàn)第3章 基于計(jì)算發(fā)現(xiàn)非編碼RNA　3.0 摘要　3.1 引言　3.2 蛋白質(zhì)編碼基因和ncRNA基因的發(fā)現(xiàn)　3.3 用戶定制的ncRNA基因發(fā)現(xiàn)程序　3.4 可重新配置的ncRNA基因發(fā)現(xiàn)程序　3.5 從頭開(kāi)始的ncRNA基因發(fā)現(xiàn)——在沒(méi)有序列或結(jié)構(gòu)先驗(yàn)知識(shí)的情況下尋找基因　3.6 ncRNA基因預(yù)測(cè)程序的現(xiàn)狀與展望　致謝　參考文獻(xiàn)第4章 Xist RNA與染色質(zhì)結(jié)合并導(dǎo)致基因沉默　4.0 摘要　4.1 引言　4.2 Xist基因　4.3 胚胎中Xist介導(dǎo)基因沉默的起始　4.4 Xist表達(dá)的調(diào)控——計(jì)數(shù)和選擇X染色體　4.5 Xist發(fā)揮功能的機(jī)制　4.6 一種Xist功能模型　4.7 關(guān)于進(jìn)化的思考　4.8 結(jié)語(yǔ)　參考文獻(xiàn)第5章 果蠅中的劑量補(bǔ)償作用：核蛋白體復(fù)合物介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄上調(diào)　5.1 概述　5.2 劑量補(bǔ)償作用的不同機(jī)制　5.3 劑量補(bǔ)償作用的基本原則　5.4 通過(guò)染色質(zhì)修飾的雄性特異的高轉(zhuǎn)錄　5.5 雄性特異劑量補(bǔ)償實(shí)現(xiàn)依賴于性別致死抑制子的缺失　5.6 DCC的組成　5.7 roX RNA是染色質(zhì)進(jìn)入位點(diǎn)　5.8 DCC的有序組裝　5.9 MSL蛋白的特殊功能以及它們之間的相互作用　5.10 roX RNA是劑量補(bǔ)償所必需的　5.11 模型和展望　參考文獻(xiàn)第6章 H19印跡RNA的結(jié)構(gòu)、調(diào)節(jié)和功能　6.0 摘要　6.1 引言　6.2 調(diào)節(jié)性RNA　6.3 H19的印跡　6.4 H19的組織特異性表達(dá)　6.5 H19的保守序列　6.6 H19與生長(zhǎng)控制　6.7 H19 RNA是否有功能？　參考文獻(xiàn)第7章 microRNA　7.0 摘要　7.1 引言　7.2 miRNA的發(fā)現(xiàn)和分離　7.3 miRNA的特征　7.4 lin-4的作用機(jī)制　7.5 參與miRNA產(chǎn)生與功能的蛋白質(zhì)　7.6 尋找miRNA的靶位點(diǎn)　7.7 人工miRNA　7.8 結(jié)語(yǔ)　參考文獻(xiàn)第8章 siRNA和miRNA：微小，但是強(qiáng)大　8.0 摘要　8.1 micoRNA　8.2 小干擾RNA　8.3 siRNA引發(fā)RNAi的應(yīng)用　參考文獻(xiàn)第9章 植物中的轉(zhuǎn)錄后基因沉默　9.0 摘要　9.1 引言　9.2 多條途徑產(chǎn)生雙鏈RNA起始植物PTGS　9.3 從dsRNA到RNA降解途徑的沉默模型　9.4 PTGS在植物中的作用　9.5 結(jié)論　參考文獻(xiàn)第10章 RNA指導(dǎo)的DNA甲基化及染色質(zhì)修飾　10.0 摘要　10.1 引言　10.2 同源依賴的基因沉默　10.3 RNA指導(dǎo)的DNA甲基化(RdDM)現(xiàn)象的發(fā)現(xiàn)及其特征　10.4 RdDM的分子機(jī)制　10.5 RNA指導(dǎo)的染色質(zhì)修飾　10.6 RNA沉默的進(jìn)化機(jī)制　10.7 展望　致謝　參考文獻(xiàn)第11章 腦特異的非信使RNA　11.0 摘要　11.1 引言　11.2 腦內(nèi)的大分子nmRNA　11.3 腦內(nèi)的snmRNA　11.4 展望　致謝　參考文獻(xiàn)第12章 snoRNA世界的新領(lǐng)域　12.0 摘要　12.1 引言　12.2 修飾指導(dǎo)snoRNA的兩大家族　12.3 snoRNP的生成　12.4 指導(dǎo)snRNA修飾的新snoRNA　12.5 尋找RNA靶點(diǎn)時(shí)發(fā)現(xiàn)的孤兒snoRNA　12.6 腦特異的印跡snoRNA　12.7 修飾指導(dǎo)snoRNA的古菌同源物　12.8 古菌tRNA同樣是靶點(diǎn)　12.9 結(jié)語(yǔ)　致謝　補(bǔ)充證據(jù)　參考文獻(xiàn)第13章 植物細(xì)胞中非編碼RNA或短可讀框編碼RNA研究的新進(jìn)展　13.0 摘要　13.1 存在于植物和動(dòng)物中沒(méi)有長(zhǎng)ORF的mRNA　13.2 僅含有sORF的mRNA參與植物的生長(zhǎng)和發(fā)育　13.3 作用的可能機(jī)制　13.4 展望：小調(diào)控RNA和sORF編碼的寡肽作為新基因表達(dá)調(diào)控子　參考文獻(xiàn)第14章 發(fā)育活化和應(yīng)激誘導(dǎo)的非編碼黑腹果蠅hsrw基因整合其他核轉(zhuǎn)錄物的翻譯后加工　　14.0 摘要　14.1 引言　14.2 果蠅中93D或入hsrw基因表現(xiàn)出獨(dú)特和保守的可誘導(dǎo)性，但顯然不產(chǎn)生蛋白質(zhì)　　14.3 果蠅中入hsrw基因具有獨(dú)特的保守結(jié)構(gòu)，卻很少有堿基序列保守　14.4 hsrw基因產(chǎn)生多個(gè)非編碼轉(zhuǎn)錄物　14.5 hsrw基因在發(fā)育過(guò)程中廣泛表達(dá)　14.6 hsrw基因啟動(dòng)子區(qū)是復(fù)合體　14.7 盡管是非編碼轉(zhuǎn)錄物，hsrw是有功能的　14.8 hsrw轉(zhuǎn)錄物的功能　14.9 未來(lái)展望　致謝　參考文獻(xiàn)第15章 adapt基因的RNA轉(zhuǎn)錄物作為核糖核酸調(diào)節(jié)子　15.0 摘要　15.1 背景　15.2 adapt15和adapt33的鑒定　15.3 adapt15和adapt33的作用機(jī)制　15.4 結(jié)語(yǔ)　參考文獻(xiàn)第16章 顯性非編碼微衛(wèi)星擴(kuò)展紊亂中RNA的致病機(jī)制　16.0 摘要　16.1 引言　16.2 Ⅰ型肌強(qiáng)直性營(yíng)養(yǎng)不良：基因的發(fā)現(xiàn)和致病模型的提出　16.3 8型脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)　16.4 10型脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)　16.5 DM1、SCA8和SCA10之間臨床和分子上的差別　16.6 Ⅱ型肌強(qiáng)直性營(yíng)養(yǎng)不良　16.7 肌強(qiáng)直性營(yíng)養(yǎng)不良中RNA的致病機(jī)制　16.8 其他非編碼擴(kuò)展失調(diào)　16.9 總結(jié)　參考文獻(xiàn)第17章 由細(xì)菌染色體編碼的非編碼RNA　17.0 摘要　17.1 概述　17.2 引言　17.3 持家sRNA　17.4 調(diào)控的反義RNA進(jìn)入兩種境地　17.5 反式編碼的反義RNA MicF是一個(gè)應(yīng)激反應(yīng)的調(diào)控因子　17.6 sRNA可以調(diào)控多個(gè)基因　17.7 一個(gè)調(diào)控RNA——兩個(gè)(或多個(gè))靶RNA　17.8 多個(gè)RNA作用于同一個(gè)靶　17.9 sRNA的另一個(gè)作用：破壞同一個(gè)操縱子下的基因協(xié)調(diào)表達(dá)　17.10 某些sRNA需要輔助蛋白　17.11 例外(？)：E.coli染色體順式編碼反義RNA　17.12 通過(guò)sRNA和蛋白質(zhì)間相互作用調(diào)控基因表達(dá)　17.13 sRNA的結(jié)構(gòu)　17.14 細(xì)胞中穩(wěn)定或不穩(wěn)定？　17.15 初級(jí)或加工后轉(zhuǎn)錄本　17.16 新sRNA的作用是什么？　17.17 通過(guò)什么樣的機(jī)制發(fā)揮作用？　17.18 有多少個(gè)sRNA？　17.19 結(jié)論　致謝　參考文獻(xiàn)第18章 我們數(shù)量眾多：非編碼調(diào)節(jié)RNA和Hfq　18.0 摘要　18.1 非編碼RNA　18.2 非編碼RNA在革蘭陰性菌中的功能　18.3 革蘭陽(yáng)性細(xì)菌中非編碼RNA　18.4 調(diào)節(jié)調(diào)節(jié)子。ncRNA如何被調(diào)節(jié)？　18.5 RNA結(jié)合蛋白Hfq與ncRNA　18.6 Hfq的功能如何？　18.7 Hfq如何與RNA相互作用？　18.8 結(jié)論　致謝　參考文獻(xiàn)中西文對(duì)照索引

章節(jié)摘錄

　　第1章　核糖核酸調(diào)節(jié)概述　　1.1　引言　　生物體重要的功能之一是基因表達(dá)的調(diào)節(jié)。研究特異基因轉(zhuǎn)錄物的調(diào)節(jié)機(jī)制是了解環(huán)境改變、發(fā)育及疾病所致的生物學(xué)現(xiàn)象改變的關(guān)鍵因素。基因表達(dá)的調(diào)節(jié)模式異常復(fù)雜且極其多樣，然而對(duì)于每一個(gè)特定的基因都有各自特定的信號(hào)決定其表達(dá)的開(kāi)啟和關(guān)閉及表達(dá)產(chǎn)物量的多少。無(wú)論是為了適應(yīng)新環(huán)境還是適應(yīng)生物進(jìn)化所需的基因調(diào)節(jié)都具有很強(qiáng)的靈活性?！　≡缙诘挠^點(diǎn)認(rèn)為生物系統(tǒng)都是遵循著1958年Francis Crick提出的“分子生物學(xué)中心法則”　(central dogma of molecular biology)。中心法則講述了儲(chǔ)存在DNA中的遺傳信息表達(dá)的一般性的通路，DNA轉(zhuǎn)錄生成瞬時(shí)的信使RNA并在核糖體中在適體RNA(tRNA)的幫助下翻譯生成細(xì)胞生命活動(dòng)所需的酶蛋白和各種結(jié)構(gòu)功能蛋白質(zhì)。因此，核糖核酸被看作是執(zhí)行基本附屬功能的分子，而且許多蛋白質(zhì)編碼的基因定義了生物體的復(fù)雜性?；蜃鳛镈NA上的一段序列，編碼蛋白質(zhì)遵循著一個(gè)基因一種蛋白質(zhì)(多肽)的原則。在后來(lái)的研究中發(fā)現(xiàn)除了編碼蛋白質(zhì)的序列(外顯子)之外，基因還包括非翻譯的部分(內(nèi)含子)，而內(nèi)含子在剪接加工過(guò)程中被去除而不存在于初級(jí)轉(zhuǎn)錄物之中。許多例證都表明，可變剪接使得同一個(gè)基因轉(zhuǎn)錄物可以加工生成不同的蛋白質(zhì)。一個(gè)重要的突破點(diǎn)是研究發(fā)現(xiàn)一些小的RNA分子可以行使催化的功能。核糖核酸酶P的RNA和自我剪接內(nèi)含子能夠在蛋白質(zhì)缺失的情況下介導(dǎo)復(fù)合體化學(xué)反應(yīng)和RNA成熟。此后，應(yīng)運(yùn)而生的SELEX技術(shù)就是體外選擇具有催化功能結(jié)構(gòu)域和配體結(jié)合特性的RNA分子的技術(shù)。所有這些發(fā)現(xiàn)都有助于更好的識(shí)別RNA分子的化學(xué)特性及其所形成的復(fù)雜的三級(jí)結(jié)構(gòu)，這也是行使不同功能的蛋白質(zhì)之所以具有特殊結(jié)構(gòu)域的基礎(chǔ)。此外，早期研究進(jìn)展表明rRNA并不只是核糖體蛋白的結(jié)構(gòu)支架，在多肽的形成和核糖體其他許多功能方面還發(fā)揮著重要功能。

編輯推薦

　　本書(shū)是由波蘭科學(xué)院的Jan Barciszewski教授和德國(guó)自由大學(xué)的VolkerA.Erdmann教授主編的第一本全面系統(tǒng)闡述非編碼RNA研究領(lǐng)域和研究進(jìn)展的專著，該書(shū)從分子生物學(xué)、生物技術(shù)、生物信息學(xué)和分子醫(yī)學(xué)等對(duì)非編碼RNA進(jìn)行了多角度的介紹，具體內(nèi)容包括核糖核酸調(diào)節(jié)子概述、基于計(jì)算發(fā)現(xiàn)非編碼RNA、microRNA、植物中的轉(zhuǎn)錄后基因沉默、RNA指導(dǎo)的DNA甲基化及染色質(zhì)修飾等。該書(shū)可供從事相關(guān)工作的人員作為參考用書(shū)使用。

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