生物信息學(xué)應(yīng)用技術(shù)

內(nèi)容概要

本書從生物大分子轉(zhuǎn)化成生物數(shù)據(jù)（殘基序列、原子坐標(biāo)等）過程開始，介紹了生物信息數(shù)據(jù)及其存放的格式、數(shù)據(jù)庫的分析工具與檢索策略；結(jié)合當(dāng)前生物信息學(xué)技術(shù)發(fā)展趨勢，全書被按照序列－結(jié)構(gòu)－功能的思路進(jìn)行組織，為讀者認(rèn)識與分析生物學(xué)規(guī)律提供新的思路；背景、原理、方法和分析操作相結(jié)合，是一本實用的生物信息學(xué)實驗手冊與操作指南?！　”緯〔木?dāng)，講述簡明，面向生命科學(xué)各專業(yè)及部分基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的讀者，可供廣大生物信息學(xué)入門及提高的讀者參考使用。

書籍目錄

第1章　信息學(xué)與生物信息學(xué)技術(shù)　1.1　信號、信息、密碼與生物信息學(xué)技術(shù)　1.2　生物信息學(xué)技術(shù)特點　　1.2.1　生物信息的儲存與傳遞　　1.2.2　生物信息傳遞的密碼子　　1.2.3　信息和密碼的層次性　　1.2.4　信息傳遞中的“非等價”與多義表達(dá)　　1.2.5　內(nèi)含子、重復(fù)序列與DNA多態(tài)性　　1.2.6　基因突變和中性突變理論　1.3　生物系統(tǒng)的復(fù)雜性和生物信息學(xué)技術(shù)研究的局限性第2章　生物信息數(shù)據(jù)　2.1　核酸的序列與表示方式　2.2　蛋白質(zhì)的序列與表示方式　2.3　生物信息數(shù)據(jù)的存儲格式　　2.3.1　序列最簡單注釋的FASTA格式　　2.3.2　序列詳細(xì)注釋的GenBank格式　　2.3.3　序列詳細(xì)注釋的EMBL格式　2.4　生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的存儲格式第3章　生物信息數(shù)據(jù)庫　　3.1　生物信息數(shù)據(jù)庫概述　　3.1.1　數(shù)據(jù)庫　　3.1.2　生物信息數(shù)據(jù)庫　　3.1.3　生物信息數(shù)據(jù)庫分類及發(fā)展方向　3.2　核酸序列數(shù)據(jù)庫　　3.2.1　核酸序列基本數(shù)據(jù)庫　　3.2.2　核酸序列二級數(shù)據(jù)庫　3.3　蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫　　3.3.1　蛋白質(zhì)序列基本數(shù)據(jù)庫　　3.3.2　蛋白質(zhì)序列二級數(shù)據(jù)庫　3.4　生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫　　3.4.1　生物大分子結(jié)構(gòu)基本數(shù)據(jù)庫　　3.4.2　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)二級數(shù)據(jù)庫第4章　生物信息的檢索及策略　4.1　生物信息檢索及概述　　4.1.1　信息檢索概念　　4.1.2　檢索系統(tǒng)的類型　　4.1.3　生物檢索系統(tǒng)　　4.1.4　信息檢索策略　4.2　NCBI數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)Enterz　　4.2.1 美國國家生物技術(shù)信息中心NCBI　　4.2.2　NCBI數(shù)據(jù)庫　　4.2.3　Enterz簡介　　4.2.4　Enterz系統(tǒng)檢索規(guī)則與策略　　4.2.5　Enterz檢索策略的定制　4.3　EBI的數(shù)據(jù)庫檢索策略系統(tǒng)SRS第5章　序列的分析與相似性搜索　5.1　序列分析與相似性搜索概述　　5.2　序列比對　　5.2.1　序列比對的原理　　5.2.2　記分規(guī)則　　　5.2.3　序列比對算法　　5.2.4　多序列比對算法　5.3　基于相似性分析的數(shù)據(jù)庫搜索　　5.3.1　局域比對搜索工具BLAST　　5.3.2　BLAST的檢索程序與功能　5.4　序列分析軟件　　5.4.1　本地機(jī)上進(jìn)行序列的簡單分析　　5.4.2　利用序列相似性搜索對蛋白質(zhì)序列的功能注釋與分析第6章　系統(tǒng)發(fā)育分析與分子進(jìn)化　6.1　生物分類與系統(tǒng)分析概述　　6.1.1　生物分類系統(tǒng)　　6.1.2　系統(tǒng)發(fā)育分類學(xué)　　6.1.3　生物進(jìn)行過程　　6.1.4　系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)行樹：進(jìn)行關(guān)系的表示方法　　6.1.5　系統(tǒng)進(jìn)化的分析方法　　6.1.6　分子進(jìn)化與中性學(xué)說　　6.1.7　分子進(jìn)化研究的重要意義　……第7章　生物大分子三維結(jié)構(gòu)的可視化分析第8章　同源模建及分子動力學(xué)模擬分析第9章　Origin數(shù)據(jù)分析與圖表繪制軟件第10章　Reference Manager參考文獻(xiàn)管理軟件參考文獻(xiàn)

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