筒型外膜蛋白質(zhì)生物信息學

內(nèi)容概要

筒型外膜蛋白質(zhì)是廣泛存在于革蘭氏陰性菌、線粒體和葉綠體外膜的結構類似筒型的蛋白質(zhì)，研究這種蛋白質(zhì)的結構和功能對于了解細胞內(nèi)物質(zhì)和能量的運作機理十分重要。本書用生物信息學的方法研究筒型外膜蛋白質(zhì)，詳細介紹了筒型外膜蛋白質(zhì)的基本結構和功能，包含結構模型、角度模型、側(cè)鏈旋轉(zhuǎn)異構體等，對目前已知三維結構的筒型外膜蛋白質(zhì)分為10種類型詳細介紹，還研究了筒型蛋白質(zhì)OmpA的折疊過程。分別用神經(jīng)網(wǎng)絡模型、隱馬氏模型及根據(jù)蛋白質(zhì)的物理化學特性抽象出的幾種結構辨識模型，分析了蛋白質(zhì)的結構。為了方便不同學科的讀者能夠較為順利地閱讀本書，其中涉及到的相關基礎知識均有適當介紹，包括蛋白質(zhì)基礎知識和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB 的相關內(nèi)容，神經(jīng)網(wǎng)絡模型和隱馬氏模型的基本內(nèi)容也有簡明闡述。    本書可作為生物學、計算機科學、信息科學、數(shù)學等領域的教師、學生和科研工作者的參者書。

作者簡介

孟朝暉，河海大學計算機及信息工程學院副教授，1968年生，1989年本科畢業(yè)、1992年碩士研究生畢業(yè)于西安交通大學數(shù)學系。從事計算機專業(yè)和通信專業(yè)的教學與科研工作，已發(fā)表9篇第一作者論文。目前的主要研究方向為：蛋白質(zhì)結構分析，生物信息學。

書籍目錄

第1章 蛋白質(zhì)簡介  1.1 氨基酸   1.2 肽鏈  1.3 肽鍵的空間結構與β-折疊第2章 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB  2.1 PDB數(shù)據(jù)格式  2.2 序列和原子坐標記錄  2.3 蛋白質(zhì)二級結構數(shù)據(jù)  2.4 注釋記錄  2.5 連接類記錄第3章 β-筒型外膜蛋白質(zhì)　3.1 β-筒型外膜蛋白質(zhì)的結構　3.2 良筒型外膜蛋白質(zhì)的功能　3.3 β-折疊股的N端和C端不對稱　3.4 角度模型　3.5 側(cè)鏈旋轉(zhuǎn)異構體第4章 β-筒型外膜蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)　4.1 OMPA超族　4.2 OMP超族　4.3 Autotransporter超族　4.4 OMPLA超族　4.5 Tsx超族　4.6 長鏈脂肪酸轉(zhuǎn)運蛋白族　4.7 寡糖轉(zhuǎn)運蛋白族　4.8 孔蛋白族　4.9 麥芽糖孔蛋白族　4.10 配體門控通道蛋白族　4.11 附錄第5章 β-筒型外膜蛋白質(zhì)的折疊　5.1 OmpA的SDS-OG-DMPC折疊過程　5.2 OmpA的UREA-DMPC折疊過程　5.3 OmpA折疊的3個中間過程　5.4 用熒光猝滅技術研究OmpA的折疊過程第6章 神經(jīng)網(wǎng)絡概述　6.1 生物神經(jīng)元簡介　6.2 人工神經(jīng)元　6.3 神經(jīng)網(wǎng)絡計算模型　6.4 感知機　6.5 BP神經(jīng)網(wǎng)絡第7章 蛋白質(zhì)結構的神經(jīng)網(wǎng)絡預測　7.1 z-坐標值神經(jīng)網(wǎng)絡預測法　7.2 β-結構的神經(jīng)網(wǎng)絡直接預測法第8章 隱馬氏模型基礎　8.1 HMM模型的基本概念　8.2 前向后向算法　8.3 Viterbi算法　8.4 Baum-Welch算法第9章 蛋白質(zhì)結構的隱馬氏模型預測　9.1 基于序列模體的HMM模型預測β-筒型蛋白質(zhì)結構　9.2 含4類子模型的HMM模型預測β-筒型蛋白質(zhì)結構　9.3 表示折疊股方向的HMM模型預測β-筒型蛋白質(zhì)結構第10章 基于物理化學性質(zhì)的結構辨識方法　10.1 通過構象參數(shù)規(guī)則辨識蛋白質(zhì)結構　10.2 4個指標辨識蛋白質(zhì)結構　10.3 基于殘基統(tǒng)計指標辨識蛋白質(zhì)結構　10.4 殘基在β-筒型蛋白質(zhì)不同位置的統(tǒng)計特性　10.5 筒型蛋白質(zhì)折疊股間的相互作用模式附錄參考文獻

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