筒型外膜蛋白質(zhì)生物信息學(xué)

內(nèi)容概要

筒型外膜蛋白質(zhì)是廣泛存在于革蘭氏陰性菌、線粒體和葉綠體外膜的結(jié)構(gòu)類似筒型的蛋白質(zhì)，研究這種蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能對(duì)于了解細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)和能量的運(yùn)作機(jī)理十分重要。本書用生物信息學(xué)的方法研究筒型外膜蛋白質(zhì)，詳細(xì)介紹了筒型外膜蛋白質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)和功能，包含結(jié)構(gòu)模型、角度模型、側(cè)鏈旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體等，對(duì)目前已知三維結(jié)構(gòu)的筒型外膜蛋白質(zhì)分為10種類型詳細(xì)介紹，還研究了筒型蛋白質(zhì)OmpA的折疊過程。分別用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型、隱馬氏模型及根據(jù)蛋白質(zhì)的物理化學(xué)特性抽象出的幾種結(jié)構(gòu)辨識(shí)模型，分析了蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。為了方便不同學(xué)科的讀者能夠較為順利地閱讀本書，其中涉及到的相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí)均有適當(dāng)介紹，包括蛋白質(zhì)基礎(chǔ)知識(shí)和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB 的相關(guān)內(nèi)容，神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型和隱馬氏模型的基本內(nèi)容也有簡明闡述。    本書可作為生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、信息科學(xué)、數(shù)學(xué)等領(lǐng)域的教師、學(xué)生和科研工作者的參者書。

作者簡介

孟朝暉，河海大學(xué)計(jì)算機(jī)及信息工程學(xué)院副教授，1968年生，1989年本科畢業(yè)、1992年碩士研究生畢業(yè)于西安交通大學(xué)數(shù)學(xué)系。從事計(jì)算機(jī)專業(yè)和通信專業(yè)的教學(xué)與科研工作，已發(fā)表9篇第一作者論文。目前的主要研究方向?yàn)椋旱鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)分析，生物信息學(xué)。

書籍目錄

第1章 蛋白質(zhì)簡介  1.1 氨基酸   1.2 肽鏈  1.3 肽鍵的空間結(jié)構(gòu)與β-折疊第2章 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB  2.1 PDB數(shù)據(jù)格式  2.2 序列和原子坐標(biāo)記錄  2.3 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)  2.4 注釋記錄  2.5 連接類記錄第3章 β-筒型外膜蛋白質(zhì)　3.1 β-筒型外膜蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)　3.2 良筒型外膜蛋白質(zhì)的功能　3.3 β-折疊股的N端和C端不對(duì)稱　3.4 角度模型　3.5 側(cè)鏈旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體第4章 β-筒型外膜蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)　4.1 OMPA超族　4.2 OMP超族　4.3 Autotransporter超族　4.4 OMPLA超族　4.5 Tsx超族　4.6 長鏈脂肪酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白族　4.7 寡糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白族　4.8 孔蛋白族　4.9 麥芽糖孔蛋白族　4.10 配體門控通道蛋白族　4.11 附錄第5章 β-筒型外膜蛋白質(zhì)的折疊　5.1 OmpA的SDS-OG-DMPC折疊過程　5.2 OmpA的UREA-DMPC折疊過程　5.3 OmpA折疊的3個(gè)中間過程　5.4 用熒光猝滅技術(shù)研究OmpA的折疊過程第6章 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)概述　6.1 生物神經(jīng)元簡介　6.2 人工神經(jīng)元　6.3 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)計(jì)算模型　6.4 感知機(jī)　6.5 BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)第7章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測　7.1 z-坐標(biāo)值神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測法　7.2 β-結(jié)構(gòu)的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)直接預(yù)測法第8章 隱馬氏模型基礎(chǔ)　8.1 HMM模型的基本概念　8.2 前向后向算法　8.3 Viterbi算法　8.4 Baum-Welch算法第9章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的隱馬氏模型預(yù)測　9.1 基于序列模體的HMM模型預(yù)測β-筒型蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)　9.2 含4類子模型的HMM模型預(yù)測β-筒型蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)　9.3 表示折疊股方向的HMM模型預(yù)測β-筒型蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)第10章 基于物理化學(xué)性質(zhì)的結(jié)構(gòu)辨識(shí)方法　10.1 通過構(gòu)象參數(shù)規(guī)則辨識(shí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)　10.2 4個(gè)指標(biāo)辨識(shí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)　10.3 基于殘基統(tǒng)計(jì)指標(biāo)辨識(shí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)　10.4 殘基在β-筒型蛋白質(zhì)不同位置的統(tǒng)計(jì)特性　10.5 筒型蛋白質(zhì)折疊股間的相互作用模式附錄參考文獻(xiàn)

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