生物信息與數(shù)據(jù)處理

內(nèi)容概要

本書(shū)包括3方面的內(nèi)容：(1)以互聯(lián)網(wǎng)為基礎(chǔ)的生物資源檢索，主要講述因特網(wǎng)資源類(lèi)型、因特網(wǎng)資源的查找方式，并簡(jiǎn)要介紹因特網(wǎng)中一些重要的生物學(xué)站點(diǎn)，此外還重點(diǎn)介紹了與生物相關(guān)的網(wǎng)絡(luò)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的使用方法，以及通過(guò)相關(guān)文獻(xiàn)管理軟件構(gòu)建自己的數(shù)據(jù)庫(kù)的方法；(2)互聯(lián)網(wǎng)中生物數(shù)據(jù)庫(kù)，包括常用的核酸蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)、基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，同時(shí)重點(diǎn)介紹了以文本為搜索依據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方式和以序列相似性為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索方法； (3)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的基本原則、統(tǒng)計(jì)的基本方法以及生物統(tǒng)計(jì)作圖軟件的使用方法。書(shū)中設(shè)計(jì)了9個(gè)上機(jī)實(shí)驗(yàn)，便于學(xué)生通過(guò)實(shí)際操作掌握生物文獻(xiàn)檢索、互聯(lián)網(wǎng)生物資源搜索以及生物統(tǒng)計(jì)軟件的使用方法。    本書(shū)的目的在于通過(guò)對(duì)計(jì)算機(jī)和互聯(lián)網(wǎng)相關(guān)知識(shí)的介紹，使學(xué)生掌握互聯(lián)網(wǎng)生物資源獲取及分析方法，以增強(qiáng)學(xué)生自主學(xué)習(xí)能力，拓寬學(xué)生知識(shí)領(lǐng)域，為今后科研實(shí)踐打好基礎(chǔ)。本書(shū)作為講義已經(jīng)過(guò)5輪教學(xué)實(shí)踐，具有系統(tǒng)性強(qiáng)、技術(shù)方法新、內(nèi)容豐富、結(jié)構(gòu)緊湊、實(shí)用性強(qiáng)等特點(diǎn)，適合于生物科學(xué)、生物技術(shù)及相關(guān)專(zhuān)業(yè)的本科生和研究生使用，也可供研究人員參考。

書(shū)籍目錄

第1章 緒論  1.1 計(jì)算機(jī)在生命科學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用  1.2 學(xué)習(xí)本課程的目的與意義  1.3 學(xué)習(xí)本課程的基本方法第2章 因特網(wǎng)與網(wǎng)上生物學(xué)資源  2.1 因特網(wǎng)概述  2.2 因特網(wǎng)的相關(guān)概念、提供的服務(wù)類(lèi)型和軟件  2.3 網(wǎng)上生物學(xué)信息資源分類(lèi)  2.4 計(jì)算機(jī)檢索原理  2.5 計(jì)算機(jī)檢索基本原理  2.6 生物文獻(xiàn)檢索途徑第3章 搜索引擎與生物學(xué)資源導(dǎo)航站點(diǎn)  3.1 Internet上WWW生物資源的查詢(xún)途徑  3.2 搜索引擎的查詢(xún)方法  3.3 非WWW生物資源檢索途徑  3.4 因特網(wǎng)涉及生物學(xué)習(xí)的資源介紹  3.5 引用Internet資源的注意事項(xiàng) 第4章 因特網(wǎng)上的生物學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)  4.1 文獻(xiàn)搜索引擎  4.2 生物相關(guān)文摘型數(shù)據(jù)庫(kù)  4.3 全文數(shù)據(jù)庫(kù)介紹  4.4 會(huì)議論文數(shù)據(jù)庫(kù)  4.5 學(xué)位論文數(shù)據(jù)庫(kù)  4.6 專(zhuān)利數(shù)據(jù)庫(kù)  4.7 標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)  4.8 獲取原文的方法總結(jié)第5章 特定文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建  5.1 文獻(xiàn)管理軟件的共同特點(diǎn)  5.2 Reference Manager軟件的使用  5.3 國(guó)產(chǎn)文獻(xiàn)管理軟件——醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)王簡(jiǎn)介第6章 文獻(xiàn)閱讀與綜述撰寫(xiě)  6.1 文獻(xiàn)閱讀的意義和方法   6.2 科技綜述的寫(xiě)作第7章 常用核酸蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)介紹  7.1 常用核酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)及文件格式  7.2 其他注釋序列數(shù)據(jù)庫(kù)  7.3 基因組和特殊物種數(shù)據(jù)庫(kù)  7.4 其他數(shù)據(jù)庫(kù)第8章 生物數(shù)據(jù)庫(kù)檢索  8.1 利用SRS(序列檢索系統(tǒng))搜索數(shù)據(jù)庫(kù)   8.2 利用Entrez進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)搜索  8.3 DBGET/LinkDB第9章 以序列相似性為準(zhǔn)則的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索  9.1 序列相似性搜索  9.2 氨基酸取代矩陣  9.3 數(shù)據(jù)庫(kù)搜索：FASTA和BLAST  9.4 序列過(guò)濾  9.5 反復(fù)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索和PSl—BLAST第10章 PRISM統(tǒng)計(jì)分析軟件的使用  10.1 常用統(tǒng)計(jì)軟件介紹  10.2 GraptlPad Prism使用介紹上機(jī)實(shí)驗(yàn)  實(shí)驗(yàn)1 常用搜索引擎及專(zhuān)業(yè)搜索引擎的使用  實(shí)驗(yàn)2 PLlbMed的使用  實(shí)驗(yàn)3 常用文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)及專(zhuān)業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索  實(shí)驗(yàn)4 利用文獻(xiàn)管理軟件構(gòu)建文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)  實(shí)驗(yàn)5 常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索  實(shí)驗(yàn)6 利用Erltrez、SRS工具檢索相關(guān)核酸蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)  實(shí)驗(yàn)7 利用Blast進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)相似性搜索  實(shí)驗(yàn)8 利用Grapt-iPad Prism 4進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析及作圖  實(shí)驗(yàn)9 依給定題目進(jìn)行文獻(xiàn)檢索并完成文獻(xiàn)綜述的寫(xiě)作

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