計(jì)算機(jī)化學(xué)實(shí)踐基礎(chǔ)教程

內(nèi)容概要

《計(jì)算機(jī)化學(xué)實(shí)踐基礎(chǔ)教程》從計(jì)算機(jī)化學(xué)新手的實(shí)際要求出發(fā)，針對學(xué)生在日常學(xué)習(xí)計(jì)算機(jī)化學(xué)過程中可能會(huì)碰到的各種問題以回答的方式進(jìn)行講解，并在講解中使用大量對新手有幫助的操作技巧和方法?！队?jì)算機(jī)化學(xué)實(shí)踐基礎(chǔ)教程》為讀者安排了如下內(nèi)容：化學(xué)信息庫、分子結(jié)構(gòu)繪制及顯示、Linux基礎(chǔ)知識(shí)、幾款常用化學(xué)分子模擬軟件、文件傳輸、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、數(shù)據(jù)處理及科學(xué)作圖、文本編輯、圖形處理、動(dòng)畫及課件制作、程序編寫、每一個(gè)章節(jié)成體系，靠工作主線聯(lián)系章節(jié)。

作者簡介

胡建平，1978年生，博士，教授，湖南永州人。1999年畢業(yè)于吉林大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物制藥專業(yè)；2008年畢業(yè)干北京工業(yè)大學(xué)生命科學(xué)與生物工程學(xué)院生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)，獲得北京工業(yè)大學(xué)優(yōu)秀博士學(xué)位論文獎(jiǎng)。從2000年至今，一直從事生物大分子結(jié)構(gòu)及動(dòng)力學(xué)的計(jì)算機(jī)模擬和分子設(shè)計(jì)研究。目前主要致力于蛋白質(zhì)一配體的相互作用與復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白質(zhì)折疊機(jī)理與功能研究，以及計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)與篩選等方面的研究工作。在國內(nèi)外期刊及會(huì)議上發(fā)表學(xué)術(shù)論文60余篇，SCI檢索30余篇。主持2項(xiàng)國家自然科學(xué)基金、2項(xiàng)教育部等省部級(jí)基金和4項(xiàng)教育廳等市廳級(jí)基金。目前是中國生物物理學(xué)會(huì)會(huì)員，四川省“生物有機(jī)化學(xué)與表面科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”主要成員，樂山師范學(xué)院校級(jí)研究機(jī)構(gòu)“分子設(shè)計(jì)中心”主任。

書籍目錄

前言 第一章化學(xué)信息學(xué)網(wǎng)絡(luò)資源 第一節(jié)化學(xué)信息學(xué)數(shù)據(jù)庫 第二節(jié)電子圖書閱讀工具——AdobeAcrobat 第三節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 第四節(jié)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫——WebofScience 參考文獻(xiàn) 第二章分子結(jié)構(gòu)繪制及顯示 第一節(jié)小分子結(jié)構(gòu)繪制及創(chuàng)建——ChemDraw 第二節(jié)小分子結(jié)構(gòu)顯示——Chem3D 第三節(jié)生物大分子結(jié)構(gòu)顯示——VMD 第四節(jié)生物大分子結(jié)構(gòu)顯示——Spdbv 參考文獻(xiàn) 第三章Linux基礎(chǔ) 第一節(jié)Linux簡介 第二節(jié)文件操作命令 第三節(jié)目錄操作及聯(lián)機(jī)幫助命令 第四節(jié)進(jìn)程及其管理 第五節(jié)文本編輯 參考文獻(xiàn) 第四章分子模擬 第一節(jié)分子對接——AutoDock 第二節(jié)分子動(dòng)力學(xué)模擬——AMBER 第三節(jié)量子化學(xué)計(jì)算——Gaussian 參考文獻(xiàn) 第五章數(shù)據(jù)傳輸 第一節(jié)常規(guī)下載——FlashGet 第二節(jié)數(shù)據(jù)上傳——CuteFTP 第三節(jié)遠(yuǎn)程連接——Xmanager 參考文獻(xiàn) 第六章數(shù)據(jù)分析與繪圖 第一節(jié)數(shù)據(jù)分析——Excel 第二節(jié)數(shù)據(jù)繪圖——Origin 第三節(jié)統(tǒng)計(jì)軟件——SPSS 參考文獻(xiàn) 第七章圖像處理 第一節(jié)簡單繪圖——畫圖附件 第二節(jié)圖像編輯——Photoshop 第三節(jié)圖像繪制——CorelDraw 參考文獻(xiàn) 第八章計(jì)算機(jī)應(yīng)用基礎(chǔ) 第一節(jié)文本編輯——Word 第二節(jié)文本列操作——UltraEdit 第三節(jié)流程圖繪制——Visio 第四節(jié)演示文稿制作——PowerPoint 參考文獻(xiàn) 第九章Perl語言初步 第一節(jié)Perl安裝及啟動(dòng) 第二節(jié)Perl的基本語法 第三節(jié)Perl的使用實(shí)例 參考文獻(xiàn) 第十章HIV—1整合酶與L708，906抑制劑結(jié)合模式及運(yùn)動(dòng)性的研究 第一節(jié)計(jì)算方法 第二節(jié)結(jié)果與討論 第三節(jié)與《計(jì)算機(jī)化學(xué)實(shí)踐基礎(chǔ)教程》的關(guān)聯(lián) 參考文獻(xiàn) 附錄

章節(jié)摘錄

版權(quán)頁：   插圖：   （1）極小基組（Minimal Basis set）。STO—3G，每一個(gè)基函數(shù)中含有3個(gè)高斯函數(shù)，于是就有了3G的名稱，STO代表Slater型的軌道。 （2）分裂基組（Split valence Basis set）。每個(gè)原子內(nèi)層軌道用一個(gè)STO—KG逼近，每個(gè)原子價(jià)層軌道用2個(gè)或3個(gè)新的具有不同指數(shù)的STO—KG逼近。如6—31G，其中每個(gè)內(nèi)層軌道用1個(gè)STO—6G逼近，而每個(gè)原子價(jià)層軌道用1個(gè)STO—3G和1個(gè)STO—IG逼近。 （3）雙基組（Double—zeta Basis Set）。對每個(gè)軌道都用2個(gè)STO逼近，內(nèi)層軌道取較大的n值（為了逼近歧點(diǎn)性質(zhì)），外層軌道取較小的n值；如D95和D95V。 （4）極化基組（Polarization Basis Set）。分裂基組允許軌道改變其大小，但不能改變形狀。極化基組則取消了這樣的限制，增加了角動(dòng)量。例如，在碳原子上增加d軌道的成分，在過渡金屬上增加f軌道成分，在氫原子上增加P軌道成分。常用的極化基組是6—31G（d），也稱為6—31G，這個(gè)基組來源于6—31G基組，并在其基礎(chǔ)上，對于重原子增加了d軌道的成分。另一個(gè)常用的極化基組是6—31G（d，p），也稱為6—31G，在前一個(gè)極化基組的基礎(chǔ)上，再在氫原子軌道中加入了p軌道的成分。 （5）彌散函數(shù)（Dilluse Function）。對于含有孤對電子的分子及陰離子，在較遠(yuǎn)處仍有可觀的電子密度。為了反映這個(gè)化學(xué)事實(shí)，可以對非氫原子在極化基組的基礎(chǔ)上再增加軌道指數(shù)特別小的s、Px、Py、Pz這4個(gè)高度擴(kuò)展的Gauss函數(shù)，記為6—31+G：如果在氫原子上再增加一個(gè)高度擴(kuò)展的S型Gauss函數(shù)，則記為6—31++G基組。 （6）高角動(dòng)量基組（High Angular Momentum Basis Set）?，F(xiàn)在使用的更大的基組，是在分裂基組基礎(chǔ)上增加多個(gè)角動(dòng)量。例如，6—31G（2d）就是在6—31G基礎(chǔ)上增加2個(gè)d軌道的函數(shù)，而6—311++G（3dr，3pd）則增加了更多的極化函數(shù)，包括3個(gè)分裂的價(jià)鍵基組，在重原子和氫原子上增加的彌散函數(shù)，在重原子上增加的3個(gè)d函數(shù)和一個(gè)f函數(shù)，在氫原子上增加的3個(gè)p函數(shù)和1個(gè)d函數(shù)。這樣的基組在電子相關(guān)方法中，對于描述電子之間的作用有很重要意義，這些基組一般不用于HF計(jì)算。 （7）第三周期以上原子的基組（Basis Sets for Post—third—row Atom）。第三周期以上原子的基組很難處理。由于存在非常大的核，原子核附近的電子通過有效核電勢方法（膺勢場ECP）進(jìn)行了近似，這一處理同時(shí)也包含了相對論效應(yīng)。這其中，LANL2DZ是最有名的基組，它對第一行原子是D95V，對Na—Bi是Los Alamos ECP加上DZ。 （8）Dunning相關(guān)一致基組（Dunning’s Correlation Consisted Basis Set）。cc—pVDZ、cc—pVTZ、ccc—VQZ、cc—pVSZ、cc—pV62，分別為雙—zeta，三—zeta，四—zeta，五—zeta，六zeta，為了提高計(jì)算效率，這些基組刪除了多余的函數(shù)并進(jìn)行了旋轉(zhuǎn)，這些基組可以通過給基組關(guān)鍵字添加“AUG—”前綴來增加彌散函數(shù)。

編輯推薦

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