現(xiàn)代動物分類學導論

內(nèi)容概要

正如人類社會在各方面的進步一樣，科學技術各領域在近20年來所呈現(xiàn)出的面貌是加速發(fā)展而不只是發(fā)展，動物分類學也是如此。雖然動物分類工作者并未普遍認為這個領域近年來發(fā)生了革命性的變化，但是各個方向上不同程度進展的總和卻是驚人的。如何使初學者能夠更快地了解動物分類學的全貌與現(xiàn)狀，并有效率地開展工作，這是一個挑戰(zhàn)。本書以“新技術為分類學所用”為原則，整理了動物分類學的傳統(tǒng)內(nèi)容，系統(tǒng)性地介紹了分子系統(tǒng)學等新技術方面的基本內(nèi)容，同時非常重視這兩部分內(nèi)容之間的聯(lián)系，并對一些重點內(nèi)容展開論述。
本書可作為動物學相關專業(yè)的研究生和生物科學高年級本科生以及相關領域工作者的參考書。

書籍目錄

序一
序二
前言
第一部分 動物分類學初步
第1章 動物分類學簡史
1.1 林奈之前
1.2 林奈與布豐
1.3 拉馬克與居維葉及其他學者
1.4 達爾文與華萊士
1.5 邁爾與亨尼希
1.6 分支分類學派、進化分類學派與數(shù)值分類學派
1.7 今天的動物分類學
第2章 系統(tǒng)學的項目設計、樣本采集與保存
2.1 針對問題的形態(tài)特征或分子標記選取
2.1.1 種群結構研究
2.1.2 種間界限與種群間雜交研究
2.1.3 高級階元系統(tǒng)發(fā)育研究
2.2 針對類群行為特點的采集方法
2.2.1 采集策略
2.2.2 采集方法
2.3 針對個體結構特點的保存方法
第二部分 動物分類學的經(jīng)典內(nèi)容和α分類的新內(nèi)容
第3章 《國際動物命名法規(guī)》第四版概述
3.1 雙名法及若干相關問題
3.2 《法規(guī)》對于電子出版物的態(tài)度
3.3 可用名
3.4 優(yōu)先權和有效名
3.5 各階元的名稱構成及使用
3.5.1 科級分類單元
3.5.2 屬級分類單元
3.5.3 種級分類單元
3.6 異名關系
3.7 同名關系
3.8 模式
3.8.1 科級分類單元
3.8.2 屬級分類單元
3.8.3 種級分類單元
3.9 展望
第4章 動物分類學的經(jīng)典工作內(nèi)容
4.1 鑒定
4.2 描述、繪圖和照相
4.3 修訂及新命名分類單元的記述
4.4 階元層級與分類系統(tǒng)
4.5 檢索表
4.6 地理分布
第5章 形態(tài)學新技術的引入
5.1 數(shù)字化繪圖
5.2 電子顯微鏡
5.3 激光共聚焦顯微鏡
5.4 微型斷層掃描
5.5 幾何形態(tài)學
5.6 全形態(tài)
5.7 分類學的網(wǎng)絡化時代
第6章 無法統(tǒng)一的物種概念
6.1 生物學類的物種概念
6.2 生物學物種概念在現(xiàn)實中的困難
6.3 系統(tǒng)發(fā)育類的物種概念
第7章 分子鑒定:DNA條形編碼
7.1 標記的選定
7.2 鑒定的算法
7.3 結果的采用
7.4 BOLD數(shù)據(jù)庫規(guī)范簡介
7.4.1 項目立項的規(guī)范
7.4.2 數(shù)據(jù)提交的規(guī)范
7.5 DNA條形碼能否助力譜系物種概念和譜系命名法規(guī)?
7.5.1 譜系命名法規(guī)概述
7.5.2 Barcoding、PSC和Phylocode
7.6 轉基因生物與合成生物學
第三部分 生物地理學概述
第8章 物種形成:種群遺傳和地理
8.1 種化方式與地理之間的關系
8.2 種群遺傳分異與生態(tài)因素的協(xié)同
8.3 種群遺傳動態(tài)
第9章 物種地理分布格局:地質與生態(tài)
9.1 物種分異與地質歷史的協(xié)同
9.1.1 第四紀及其之前的歷史梗概
9.1.2 第四紀冰期與間冰期
9.1.3 人類的擴散遷移及其影響
9.2 階元級別與分布格局形成機制的解釋
9.2.1 擴散理論
9.2.2 泛生物地理學
9.2.3 分支生物地理學
9.3 生態(tài)因子對物種分布的限制
第四部分 系統(tǒng)發(fā)育
第10章 系統(tǒng)發(fā)育系統(tǒng)學與分支分析
10.1 相似與同源
10.2 類群相關概念
10.3 特征相關概念
10.3.1 性狀選取與性狀狀態(tài)
10.3.2 性狀評價與性狀加權
10.3.3 性狀的區(qū)分
10.4 樹圖相關概念
10.4.1 Hennig論證
10.4.2 簡約原則與樹長
10.4.3 樹的搜索
10.4.4 樹的合意
10.4.5 樹的評價與檢驗
10.4.6 若干問題
10.5 主干種
10.6 分支圖與分類系統(tǒng)
10.6.1 Hennig的同等級別法
10.6.2 Wiley等(1991)提出的三個規(guī)則
10.6.3 9個約定
10.7 樹的其他用途
10.8 分子系統(tǒng)發(fā)育
10.9 不同信息來源結果的整合
10.9.1 古DNA和古蛋白質
10.9.2 超級樹
10.10 基于形態(tài)信息與基于分子信息的分支分析研究
第11章 分子系統(tǒng)學的實驗部分
11.1 核酸提取
11.1.1 DNA的提取
11.1.2 線粒體基因組的純化分離
11.1.3 RNA的提取
11.2 PCR技術、純化回收與克隆
11.2.1 一般的PCR
11.2.2 巢式PCR
11.2.3 增效PCR
11.2.4 TAIL-PCR
11.2.5 反轉錄PCR
11.2.6 長PCR
11.2.7 純化回收與克隆
11.3 序列測定與拼接和申報
11.3.1 Sanger法測序原理
11.3.2 短片段直接測序
11.3.3 高通量測序
11.3.4 單分子測序
11.3.5 序列拼接和申報
第12章 分子系統(tǒng)學的生物信息學部分
12.1 序列數(shù)據(jù)庫建立
12.1.1 序列數(shù)據(jù)的收集
12.1.2 標本信息與序列信息的整合
12.2 序列格式與轉換
12.2.1 序列格式類型
12.2.2 常用的轉換軟件
12.3 線粒體基因組分析
12.3.1 動物線粒體基因組簡況
12.3.2 蛋白質編碼基因、rDNA和tRNA
12.4 EST與核基因組分析
12.4.1 EST
12.4.2 核基因組
12.5 短片段序列比對
12.5.1 短片段序列比對的一般方案
12.5.2 空位的問題以及POY軟件所做的比對
12.5.3 蛋白質編碼基因的手工比對
12.6 rRNA二級結構分析與應用
12.6.1 RNA二級結構模型的手動構建
12.6.2 RNA二級結構的熱力學運算與結果合意
12.6.3 tRNA的二級結構及應用
12.6.4 rDNA內(nèi)含子與長度變異區(qū)段
12.6.5 基于rRNA二級結構的rDNA手工比對
12.6.6 長度變異和插入缺失作為共有衍征
第13章 分子系統(tǒng)學的建樹原則與算法
13.1 最大簡約法真的缺少模型么?
13.1.1 最大簡約法與優(yōu)化式簡約
13.1.2 布萊默支持指數(shù)
13.2 最大似然法與進化模型
13.2.1 似然原則與最大似然法
13.2.2 分子序列進化模型的類型
13.2.3 堿基替換模型的確定
13.2.4 rRNA二級結構中的堿基對替換模型
13.2.5 氨基酸替換模型
13.3 貝葉斯分析及其并行化
13.3.1 實現(xiàn)貝葉斯分析的原理
13.3.2 貝葉斯分析的并行化
13.4 數(shù)據(jù)不相合性檢測
13.5 系統(tǒng)誤差與隨機誤差
13.6 一個老套卻仍然現(xiàn)實的問題:聯(lián)合還是合意?
第五部分 形態(tài)進化的分子系統(tǒng)學思考
第14章 分子鐘與中性進化
14.1 分子鐘
14.1.1 模型與檢驗
14.1.2 在形態(tài)進化研究中的應用
14.2 中性進化
14.2.1 模型與檢驗
14.2.2 在形態(tài)進化研究中的應用
第15章 進化發(fā)育:分子與形態(tài)之間的橋梁
15.1 生物發(fā)生律與馮貝爾法則
15.2 動物身體模式的建成
15.3 與局部形態(tài)相關的基因
15.4 無中生有:有希望的怪物
15.5 有中生有:結構演化與新功能
15.6 表觀遺傳
15.7 個體發(fā)育與系統(tǒng)發(fā)育
15.8 發(fā)育或形態(tài)特征作為共有衍征
15.9 原位雜交簡介
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