現(xiàn)代動(dòng)物分類學(xué)導(dǎo)論

內(nèi)容概要

正如人類社會(huì)在各方面的進(jìn)步一樣，科學(xué)技術(shù)各領(lǐng)域在近20年來(lái)所呈現(xiàn)出的面貌是加速發(fā)展而不只是發(fā)展，動(dòng)物分類學(xué)也是如此。雖然動(dòng)物分類工作者并未普遍認(rèn)為這個(gè)領(lǐng)域近年來(lái)發(fā)生了革命性的變化，但是各個(gè)方向上不同程度進(jìn)展的總和卻是驚人的。如何使初學(xué)者能夠更快地了解動(dòng)物分類學(xué)的全貌與現(xiàn)狀，并有效率地開展工作，這是一個(gè)挑戰(zhàn)。本書以“新技術(shù)為分類學(xué)所用”為原則，整理了動(dòng)物分類學(xué)的傳統(tǒng)內(nèi)容，系統(tǒng)性地介紹了分子系統(tǒng)學(xué)等新技術(shù)方面的基本內(nèi)容，同時(shí)非常重視這兩部分內(nèi)容之間的聯(lián)系，并對(duì)一些重點(diǎn)內(nèi)容展開論述。
本書可作為動(dòng)物學(xué)相關(guān)專業(yè)的研究生和生物科學(xué)高年級(jí)本科生以及相關(guān)領(lǐng)域工作者的參考書。

書籍目錄

序一
序二
前言
第一部分 動(dòng)物分類學(xué)初步
第1章 動(dòng)物分類學(xué)簡(jiǎn)史
1.1 林奈之前
1.2 林奈與布豐
1.3 拉馬克與居維葉及其他學(xué)者
1.4 達(dá)爾文與華萊士
1.5 邁爾與亨尼希
1.6 分支分類學(xué)派、進(jìn)化分類學(xué)派與數(shù)值分類學(xué)派
1.7 今天的動(dòng)物分類學(xué)
第2章 系統(tǒng)學(xué)的項(xiàng)目設(shè)計(jì)、樣本采集與保存
2.1 針對(duì)問(wèn)題的形態(tài)特征或分子標(biāo)記選取
2.1.1 種群結(jié)構(gòu)研究
2.1.2 種間界限與種群間雜交研究
2.1.3 高級(jí)階元系統(tǒng)發(fā)育研究
2.2 針對(duì)類群行為特點(diǎn)的采集方法
2.2.1 采集策略
2.2.2 采集方法
2.3 針對(duì)個(gè)體結(jié)構(gòu)特點(diǎn)的保存方法
第二部分 動(dòng)物分類學(xué)的經(jīng)典內(nèi)容和α分類的新內(nèi)容
第3章 《國(guó)際動(dòng)物命名法規(guī)》第四版概述
3.1 雙名法及若干相關(guān)問(wèn)題
3.2 《法規(guī)》對(duì)于電子出版物的態(tài)度
3.3 可用名
3.4 優(yōu)先權(quán)和有效名
3.5 各階元的名稱構(gòu)成及使用
3.5.1 科級(jí)分類單元
3.5.2 屬級(jí)分類單元
3.5.3 種級(jí)分類單元
3.6 異名關(guān)系
3.7 同名關(guān)系
3.8 模式
3.8.1 科級(jí)分類單元
3.8.2 屬級(jí)分類單元
3.8.3 種級(jí)分類單元
3.9 展望
第4章 動(dòng)物分類學(xué)的經(jīng)典工作內(nèi)容
4.1 鑒定
4.2 描述、繪圖和照相
4.3 修訂及新命名分類單元的記述
4.4 階元層級(jí)與分類系統(tǒng)
4.5 檢索表
4.6 地理分布
第5章 形態(tài)學(xué)新技術(shù)的引入
5.1 數(shù)字化繪圖
5.2 電子顯微鏡
5.3 激光共聚焦顯微鏡
5.4 微型斷層掃描
5.5 幾何形態(tài)學(xué)
5.6 全形態(tài)
5.7 分類學(xué)的網(wǎng)絡(luò)化時(shí)代
第6章 無(wú)法統(tǒng)一的物種概念
6.1 生物學(xué)類的物種概念
6.2 生物學(xué)物種概念在現(xiàn)實(shí)中的困難
6.3 系統(tǒng)發(fā)育類的物種概念
第7章 分子鑒定:DNA條形編碼
7.1 標(biāo)記的選定
7.2 鑒定的算法
7.3 結(jié)果的采用
7.4 BOLD數(shù)據(jù)庫(kù)規(guī)范簡(jiǎn)介
7.4.1 項(xiàng)目立項(xiàng)的規(guī)范
7.4.2 數(shù)據(jù)提交的規(guī)范
7.5 DNA條形碼能否助力譜系物種概念和譜系命名法規(guī)?
7.5.1 譜系命名法規(guī)概述
7.5.2 Barcoding、PSC和Phylocode
7.6 轉(zhuǎn)基因生物與合成生物學(xué)
第三部分 生物地理學(xué)概述
第8章 物種形成:種群遺傳和地理
8.1 種化方式與地理之間的關(guān)系
8.2 種群遺傳分異與生態(tài)因素的協(xié)同
8.3 種群遺傳動(dòng)態(tài)
第9章 物種地理分布格局:地質(zhì)與生態(tài)
9.1 物種分異與地質(zhì)歷史的協(xié)同
9.1.1 第四紀(jì)及其之前的歷史梗概
9.1.2 第四紀(jì)冰期與間冰期
9.1.3 人類的擴(kuò)散遷移及其影響
9.2 階元級(jí)別與分布格局形成機(jī)制的解釋
9.2.1 擴(kuò)散理論
9.2.2 泛生物地理學(xué)
9.2.3 分支生物地理學(xué)
9.3 生態(tài)因子對(duì)物種分布的限制
第四部分 系統(tǒng)發(fā)育
第10章 系統(tǒng)發(fā)育系統(tǒng)學(xué)與分支分析
10.1 相似與同源
10.2 類群相關(guān)概念
10.3 特征相關(guān)概念
10.3.1 性狀選取與性狀狀態(tài)
10.3.2 性狀評(píng)價(jià)與性狀加權(quán)
10.3.3 性狀的區(qū)分
10.4 樹圖相關(guān)概念
10.4.1 Hennig論證
10.4.2 簡(jiǎn)約原則與樹長(zhǎng)
10.4.3 樹的搜索
10.4.4 樹的合意
10.4.5 樹的評(píng)價(jià)與檢驗(yàn)
10.4.6 若干問(wèn)題
10.5 主干種
10.6 分支圖與分類系統(tǒng)
10.6.1 Hennig的同等級(jí)別法
10.6.2 Wiley等(1991)提出的三個(gè)規(guī)則
10.6.3 9個(gè)約定
10.7 樹的其他用途
10.8 分子系統(tǒng)發(fā)育
10.9 不同信息來(lái)源結(jié)果的整合
10.9.1 古DNA和古蛋白質(zhì)
10.9.2 超級(jí)樹
10.10 基于形態(tài)信息與基于分子信息的分支分析研究
第11章 分子系統(tǒng)學(xué)的實(shí)驗(yàn)部分
11.1 核酸提取
11.1.1 DNA的提取
11.1.2 線粒體基因組的純化分離
11.1.3 RNA的提取
11.2 PCR技術(shù)、純化回收與克隆
11.2.1 一般的PCR
11.2.2 巢式PCR
11.2.3 增效PCR
11.2.4 TAIL-PCR
11.2.5 反轉(zhuǎn)錄PCR
11.2.6 長(zhǎng)PCR
11.2.7 純化回收與克隆
11.3 序列測(cè)定與拼接和申報(bào)
11.3.1 Sanger法測(cè)序原理
11.3.2 短片段直接測(cè)序
11.3.3 高通量測(cè)序
11.3.4 單分子測(cè)序
11.3.5 序列拼接和申報(bào)
第12章 分子系統(tǒng)學(xué)的生物信息學(xué)部分
12.1 序列數(shù)據(jù)庫(kù)建立
12.1.1 序列數(shù)據(jù)的收集
12.1.2 標(biāo)本信息與序列信息的整合
12.2 序列格式與轉(zhuǎn)換
12.2.1 序列格式類型
12.2.2 常用的轉(zhuǎn)換軟件
12.3 線粒體基因組分析
12.3.1 動(dòng)物線粒體基因組簡(jiǎn)況
12.3.2 蛋白質(zhì)編碼基因、rDNA和tRNA
12.4 EST與核基因組分析
12.4.1 EST
12.4.2 核基因組
12.5 短片段序列比對(duì)
12.5.1 短片段序列比對(duì)的一般方案
12.5.2 空位的問(wèn)題以及POY軟件所做的比對(duì)
12.5.3 蛋白質(zhì)編碼基因的手工比對(duì)
12.6 rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析與應(yīng)用
12.6.1 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)模型的手動(dòng)構(gòu)建
12.6.2 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的熱力學(xué)運(yùn)算與結(jié)果合意
12.6.3 tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)及應(yīng)用
12.6.4 rDNA內(nèi)含子與長(zhǎng)度變異區(qū)段
12.6.5 基于rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的rDNA手工比對(duì)
12.6.6 長(zhǎng)度變異和插入缺失作為共有衍征
第13章 分子系統(tǒng)學(xué)的建樹原則與算法
13.1 最大簡(jiǎn)約法真的缺少模型么?
13.1.1 最大簡(jiǎn)約法與優(yōu)化式簡(jiǎn)約
13.1.2 布萊默支持指數(shù)
13.2 最大似然法與進(jìn)化模型
13.2.1 似然原則與最大似然法
13.2.2 分子序列進(jìn)化模型的類型
13.2.3 堿基替換模型的確定
13.2.4 rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)中的堿基對(duì)替換模型
13.2.5 氨基酸替換模型
13.3 貝葉斯分析及其并行化
13.3.1 實(shí)現(xiàn)貝葉斯分析的原理
13.3.2 貝葉斯分析的并行化
13.4 數(shù)據(jù)不相合性檢測(cè)
13.5 系統(tǒng)誤差與隨機(jī)誤差
13.6 一個(gè)老套卻仍然現(xiàn)實(shí)的問(wèn)題:聯(lián)合還是合意?
第五部分 形態(tài)進(jìn)化的分子系統(tǒng)學(xué)思考
第14章 分子鐘與中性進(jìn)化
14.1 分子鐘
14.1.1 模型與檢驗(yàn)
14.1.2 在形態(tài)進(jìn)化研究中的應(yīng)用
14.2 中性進(jìn)化
14.2.1 模型與檢驗(yàn)
14.2.2 在形態(tài)進(jìn)化研究中的應(yīng)用
第15章 進(jìn)化發(fā)育:分子與形態(tài)之間的橋梁
15.1 生物發(fā)生律與馮貝爾法則
15.2 動(dòng)物身體模式的建成
15.3 與局部形態(tài)相關(guān)的基因
15.4 無(wú)中生有:有希望的怪物
15.5 有中生有:結(jié)構(gòu)演化與新功能
15.6 表觀遺傳
15.7 個(gè)體發(fā)育與系統(tǒng)發(fā)育
15.8 發(fā)育或形態(tài)特征作為共有衍征
15.9 原位雜交簡(jiǎn)介
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