現(xiàn)代蛋白質工程實驗指南

內容概要

　　現(xiàn)代蛋白質工程是將分子生物學、蛋白質結構與功能分析、理論計算，以及生物化學有機結合的學科，其目標是快速及高效率地發(fā)展和改進實用的或有價值的蛋白質?！冬F(xiàn)代蛋白質工程實驗指南》分為兩個部分，第一部分主要介紹了蛋白質理性設計的策略，包括理論計算方法，利用一些很有說服力的例證說明所設計蛋白質的全新特性，闡述了如何設計具有目標特性的蛋白質，并選擇了很多如蛋白質一蛋白質相互作用、DNA結合、抗體模擬，以及酶活性設計等具體實例；第二部分蛋白質的定向進化技術主要介紹了包括進化?設計的一般方法、進化庫質量的統(tǒng)計評估、核酸混編的新方法，以及不同的選擇篩選策略等。同時也給出了不同特性體外定向進化的一些實例，如蛋白質折疊類型、折疊熱穩(wěn)定性以及酶活性等。
　　《現(xiàn)代蛋白質工程實驗指南》適合蛋白質科學各個層次的科研工作者，特別是從事相關領域研究的高年級大學生及研究生參考使用。

書籍目錄

譯者序
前言
原作者及其單位
第一部分 蛋白質工程中的設計與計算策略
　1 采用計算方法的組合式蛋白質設計策略
　2 大腸桿菌中非天然氨基酸的整體摻人
　3 盤繞?旋結構的設計和優(yōu)化技巧
　4 基于鈣調素與熒光蛋白融合的鈣指示劑
　5 人造鋅指蛋白的設計和合成
　6 獨體——基于纖連蛋白類型Ⅲ結構域框架的抗體模擬
　7 位點特異性核酸內切酶的蛋白質工程
第二部分 蛋白質工程中的進化策略
　8 蛋白質庫的設計和篩選——概率計算
　9 基于極性與非極性氨基酸的“二元組圖”進行蛋白質設計
　10 利用核苷酸交換和剪切技術進行DNA碎裂和定向進化
　11 簡并寡核苷酸基因混編
　12 M13噬菌體衣殼蛋白改造在改良噬菌體展示技術中的應用
　13 核糖體失活展示系統(tǒng)
　14 分隔式自我復制：聚合酶和其他酶的定向進化的一個新方法
　15 Raf蛋白Ras結合結構域的簡并進化庫合成以及利用片段互補法快速篩選二氫葉酸還原酶的快速折疊且穩(wěn)定的克隆
　16 應用末端截切、進化、再延長技術提高酶穩(wěn)定性的方法
索引

章節(jié)摘錄

　　1.1.3 蛋白質設計的概率性方法　　在蛋白質涉及的范圍內，我們用定點氨基酸概率而不是特定的序列來描述“概率性蛋白質設計”。相對于定向的或決定論方法，概率性方法是常用于對問題只有部分信息場合的定量科學。對蛋白質設計，折疊過程的復雜性和不確定性促成了這樣的概率性方法。蛋白質折疊是一個復雜的動態(tài)過程，有無數(shù)的相互作用規(guī)定折疊狀態(tài)。每一個導致穩(wěn)定的非共價鍵相互作用在大小上都是可以相互比較的，似乎沒有哪一個具有壓倒優(yōu)勢，以致于在折疊中起決定作用。定量化這些相互作用的辦法，必定是近似的（見注1）。概率性設計方法也直接提供非常有用的序列信息，特別是在結構上重要的氨基酸。氨基酸概率可以引導特定序列的設計，也能夠凸顯能容忍突變、對結構只有微小影響的位點；在幾輪蛋白質設計之后，這樣的位點可以成為用來改變的目標。　　概率性方法可以以幾種方式應用于蛋白質設計。序列應該以符合計算出的概率方式生成。首先，最直接的選擇是一個共用序列，或在每一個位點用最可能的氨基酸組成的.序列。在必要時，可以重復地計算，逐次地增加蛋白質中（已經(jīng)確定的）的殘基。用這樣的方法，已得到114個殘基的雙核金屬蛋白和一個完整膜蛋白的可溶性變體。其次，計算概率可用于引導對序列的搜索，已提出基于MonteCarlo的方法。 ……

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