復(fù)雜疾病遺傳學(xué)研究方法

內(nèi)容概要

本書(shū)是基于21世紀(jì)世界生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域發(fā)生的巨大進(jìn)步和編者的研究積累而編寫(xiě)的。人類(lèi)基因組計(jì)劃的完成、單體型計(jì)劃的完成和全基因組關(guān)聯(lián)不斷發(fā)現(xiàn)多種人類(lèi)復(fù)雜疾病的致病基因，人類(lèi)對(duì)于疾病的認(rèn)識(shí)進(jìn)入了一個(gè)嶄新的階段。本書(shū)第一至第六章，主要介紹了復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究的設(shè)計(jì)、資料收集、生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)查詢、基因分型技術(shù)和資料人機(jī)等基本知識(shí)；第七章至第十二章，介紹了包括全基因組關(guān)聯(lián)研究在內(nèi)的復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究方法學(xué)進(jìn)展，內(nèi)容包括復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究存在的問(wèn)題、人類(lèi)單體型計(jì)劃與其對(duì)復(fù)雜疾病研究的意義，系統(tǒng)介紹了全基因組關(guān)聯(lián)研究的最新進(jìn)展，如設(shè)計(jì)原理、遺傳標(biāo)記選擇、統(tǒng)計(jì)分析原理、多重比較以及重復(fù)問(wèn)題。

書(shū)籍目錄

緒言　一、復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究概述　二、GWA研究設(shè)計(jì)相關(guān)問(wèn)題　三、GWA的遺傳標(biāo)記　四、基因組拷貝數(shù)變異第一章 復(fù)雜疾病遺傳資源收集　一、概述　二、遺傳資源收集第二章 生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢第三章 應(yīng)用Oligo軟件進(jìn)行PCR引物設(shè)計(jì)　一、引物設(shè)計(jì)的原則　二、常用的參數(shù)　三、引物設(shè)計(jì)的具體原則　四、應(yīng)用Oligo6.0進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的步驟第四章 SNP檢測(cè)方法概述　一、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)－限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(PCR-RFLP)　二、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)－單鏈DNA構(gòu)象多態(tài)性分析法(PCR－SSCP)　三、Taqman法　四、變性高壓液相色譜法(DHPLC)　五、測(cè)序　六、DNA芯片法　第五章 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)總結(jié)　一、PCR技術(shù)的基本原理　二、PCR反應(yīng)體系與反應(yīng)條件　三、PCR反應(yīng)特點(diǎn)　四、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的分析　五、PCR反應(yīng)過(guò)程中污染的控制及可能出現(xiàn)的問(wèn)題第六章 調(diào)查資料的入機(jī)　一、利用VisualFoxPro6.0錄人數(shù)據(jù)　二、利用Excel錄人數(shù)據(jù)　三、利用Access窗體功能錄入數(shù)據(jù)第七章 復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究中的若干問(wèn)題　一、關(guān)聯(lián)研究中的混雜　二、候選基因的確定　三、中間表型的應(yīng)用　四、SN尸的選擇　五、單體型分析　六、關(guān)聯(lián)研究結(jié)果的判定第八章 傳統(tǒng)關(guān)聯(lián)研究遺傳統(tǒng)計(jì)分析　一、Hardy-Weinllerg平衡及檢驗(yàn)　二、位點(diǎn)間連鎖不平衡強(qiáng)度分析　三、單體型分析第九章 單體型分析：復(fù)雜疾病基因定位的新希望　一、EM算法　二、Clark’s算法　三、Phase　四、混合DNA樣本(DNAP001)的單體型分析第十章 連鎖分析的方法學(xué)概述　一、連鎖分析的基本原理　二、家系收集　三、實(shí)驗(yàn)室技術(shù)第十一章 全基因組關(guān)聯(lián)研究遺傳統(tǒng)計(jì)分析　一、GWA研究統(tǒng)計(jì)分析原理　二、GWA研究多重假設(shè)檢驗(yàn)調(diào)整　三、人群混雜　四、GWA研究的重復(fù)第十二章 SNP檢測(cè)技術(shù)進(jìn)展與全基因組關(guān)聯(lián)研究

章節(jié)摘錄

　　人類(lèi)對(duì)疾病或者疾病性狀的認(rèn)識(shí)最早可以追溯到1956年對(duì)ABO血型遺傳基礎(chǔ)的發(fā)現(xiàn)（Clarke C.ABO blood groups and secretor charactet.in duodenal ulcer.BMI，1956）。在過(guò)去半個(gè)世紀(jì)，人類(lèi)對(duì)復(fù)雜疾病遺傳基礎(chǔ)的認(rèn)識(shí)有了很大提高。20世紀(jì)80年代，運(yùn)用第一代遺傳標(biāo)記RFLP研究主要限于基于候選基因策略的單個(gè)位點(diǎn)研究，其局限性在于無(wú)法發(fā)現(xiàn)未知基因與疾病的關(guān)聯(lián)。90年代第二代遺傳標(biāo)記微衛(wèi)星（mici-osatellite）的出現(xiàn)，以家系為基礎(chǔ)的單基因遺傳病致病基因連鎖定位研究取得了顯著的成果，大量單基因病的具有主基因效應(yīng)的致病基因得到確認(rèn)。這些基因在人群中頻率非常低，對(duì)于復(fù)雜性狀而言，這些罕見(jiàn)基因突變所能解釋的變異非常少，人群歸因危險(xiǎn)度分?jǐn)?shù)（popljlation attributable haction，PAF）常低于10％，對(duì)于復(fù)雜性狀疾病的致病基因的發(fā)現(xiàn)效果并不理想。隨著人類(lèi)全基因組計(jì)劃的完成，第三代遺傳標(biāo)記單核苷酸多態(tài)SNP被發(fā)現(xiàn)是人類(lèi)基因組內(nèi)分布最為廣泛的基因序列變異，并被迅速、廣泛應(yīng)用到復(fù)雜疾病和性狀的研究中，發(fā)現(xiàn)了許多與復(fù)雜疾病和性狀關(guān)聯(lián)的SNPs。這一階段的研究也存在一些重要問(wèn)題（見(jiàn)：復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究若干問(wèn)題.遺傳學(xué)報(bào)，2004），比如假陽(yáng)性較高、研究結(jié)果很難重復(fù)等。隨著國(guó)際人類(lèi)基因組計(jì)劃測(cè)序完成和基于人類(lèi)基因組分布最為廣泛的序列變異——單核苷酸多態(tài)性（Single nLmleotidepolymor.phism，SNP）的單體型圖譜構(gòu)建完成，人類(lèi)遺傳學(xué)研究最近正在進(jìn)入一個(gè)新的時(shí)期。

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