復雜疾病遺傳學研究方法

內(nèi)容概要

本書是基于21世紀世界生物醫(yī)學領(lǐng)域發(fā)生的巨大進步和編者的研究積累而編寫的。人類基因組計劃的完成、單體型計劃的完成和全基因組關(guān)聯(lián)不斷發(fā)現(xiàn)多種人類復雜疾病的致病基因，人類對于疾病的認識進入了一個嶄新的階段。本書第一至第六章，主要介紹了復雜疾病關(guān)聯(lián)研究的設(shè)計、資料收集、生物信息數(shù)據(jù)庫查詢、基因分型技術(shù)和資料人機等基本知識；第七章至第十二章，介紹了包括全基因組關(guān)聯(lián)研究在內(nèi)的復雜疾病關(guān)聯(lián)研究方法學進展，內(nèi)容包括復雜疾病關(guān)聯(lián)研究存在的問題、人類單體型計劃與其對復雜疾病研究的意義，系統(tǒng)介紹了全基因組關(guān)聯(lián)研究的最新進展，如設(shè)計原理、遺傳標記選擇、統(tǒng)計分析原理、多重比較以及重復問題。

書籍目錄

緒言　一、復雜疾病關(guān)聯(lián)研究概述　二、GWA研究設(shè)計相關(guān)問題　三、GWA的遺傳標記　四、基因組拷貝數(shù)變異第一章 復雜疾病遺傳資源收集　一、概述　二、遺傳資源收集第二章 生物信息數(shù)據(jù)庫的查詢第三章 應(yīng)用Oligo軟件進行PCR引物設(shè)計　一、引物設(shè)計的原則　二、常用的參數(shù)　三、引物設(shè)計的具體原則　四、應(yīng)用Oligo6.0進行引物設(shè)計的步驟第四章 SNP檢測方法概述　一、聚合酶鏈式反應(yīng)－限制性片段長度多態(tài)性(PCR-RFLP)　二、聚合酶鏈式反應(yīng)－單鏈DNA構(gòu)象多態(tài)性分析法(PCR－SSCP)　三、Taqman法　四、變性高壓液相色譜法(DHPLC)　五、測序　六、DNA芯片法　第五章 聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)技術(shù)總結(jié)　一、PCR技術(shù)的基本原理　二、PCR反應(yīng)體系與反應(yīng)條件　三、PCR反應(yīng)特點　四、PCR擴增產(chǎn)物的分析　五、PCR反應(yīng)過程中污染的控制及可能出現(xiàn)的問題第六章 調(diào)查資料的入機　一、利用VisualFoxPro6.0錄人數(shù)據(jù)　二、利用Excel錄人數(shù)據(jù)　三、利用Access窗體功能錄入數(shù)據(jù)第七章 復雜疾病關(guān)聯(lián)研究中的若干問題　一、關(guān)聯(lián)研究中的混雜　二、候選基因的確定　三、中間表型的應(yīng)用　四、SN尸的選擇　五、單體型分析　六、關(guān)聯(lián)研究結(jié)果的判定第八章 傳統(tǒng)關(guān)聯(lián)研究遺傳統(tǒng)計分析　一、Hardy-Weinllerg平衡及檢驗　二、位點間連鎖不平衡強度分析　三、單體型分析第九章 單體型分析：復雜疾病基因定位的新希望　一、EM算法　二、Clark’s算法　三、Phase　四、混合DNA樣本(DNAP001)的單體型分析第十章 連鎖分析的方法學概述　一、連鎖分析的基本原理　二、家系收集　三、實驗室技術(shù)第十一章 全基因組關(guān)聯(lián)研究遺傳統(tǒng)計分析　一、GWA研究統(tǒng)計分析原理　二、GWA研究多重假設(shè)檢驗調(diào)整　三、人群混雜　四、GWA研究的重復第十二章 SNP檢測技術(shù)進展與全基因組關(guān)聯(lián)研究

章節(jié)摘錄

　　人類對疾病或者疾病性狀的認識最早可以追溯到1956年對ABO血型遺傳基礎(chǔ)的發(fā)現(xiàn)（Clarke C.ABO blood groups and secretor charactet.in duodenal ulcer.BMI，1956）。在過去半個世紀，人類對復雜疾病遺傳基礎(chǔ)的認識有了很大提高。20世紀80年代，運用第一代遺傳標記RFLP研究主要限于基于候選基因策略的單個位點研究，其局限性在于無法發(fā)現(xiàn)未知基因與疾病的關(guān)聯(lián)。90年代第二代遺傳標記微衛(wèi)星（mici-osatellite）的出現(xiàn)，以家系為基礎(chǔ)的單基因遺傳病致病基因連鎖定位研究取得了顯著的成果，大量單基因病的具有主基因效應(yīng)的致病基因得到確認。這些基因在人群中頻率非常低，對于復雜性狀而言，這些罕見基因突變所能解釋的變異非常少，人群歸因危險度分數(shù)（popljlation attributable haction，PAF）常低于10％，對于復雜性狀疾病的致病基因的發(fā)現(xiàn)效果并不理想。隨著人類全基因組計劃的完成，第三代遺傳標記單核苷酸多態(tài)SNP被發(fā)現(xiàn)是人類基因組內(nèi)分布最為廣泛的基因序列變異，并被迅速、廣泛應(yīng)用到復雜疾病和性狀的研究中，發(fā)現(xiàn)了許多與復雜疾病和性狀關(guān)聯(lián)的SNPs。這一階段的研究也存在一些重要問題（見：復雜疾病關(guān)聯(lián)研究若干問題.遺傳學報，2004），比如假陽性較高、研究結(jié)果很難重復等。隨著國際人類基因組計劃測序完成和基于人類基因組分布最為廣泛的序列變異——單核苷酸多態(tài)性（Single nLmleotidepolymor.phism，SNP）的單體型圖譜構(gòu)建完成，人類遺傳學研究最近正在進入一個新的時期。

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