免疫信息學(xué)

前言

　　本書闡述的是免疫信息學(xué)相關(guān)內(nèi)容及其在免疫原性預(yù)測中日益重要的作用。所謂免疫原性，即當(dāng)病原體暴露于免疫系統(tǒng)監(jiān)視下時，誘導(dǎo)特異性免疫應(yīng)答的能力。免疫信息學(xué)是將基于計算機科學(xué)的信息技術(shù)應(yīng)用于免疫系統(tǒng)中分子之間相互作用的一門學(xué)科，近年來，免疫信息學(xué)在科學(xué)前沿領(lǐng)域和實際應(yīng)用方面的發(fā)展為世人矚目，除用于免疫原性的預(yù)測之外，還可參與解決免疫學(xué)的幾乎所有問題。盡管許多人對免疫信息學(xué)在疫苗發(fā)現(xiàn)和研究中的實際應(yīng)用尚存疑問，但能理解并充分利用其潛能的人已將該方法視為一種重要工具。《免疫信息學(xué)——計算機輔助預(yù)測免疫原性》一書是渴望緊跟此新興技術(shù)者的入門讀物。本書并不打算無所不包，而是重點關(guān)注免疫信息學(xué)中的重要領(lǐng)域，試圖讓讀者對免疫信息學(xué)的地位及其發(fā)展趨勢有所了解。我們希望本書不僅能吸引讀者，而且可為免疫信息學(xué)在免疫學(xué)和疫苗學(xué)中的應(yīng)用提供深厚的背景知識。由于系統(tǒng)生物學(xué)正高速發(fā)展并影響著其他領(lǐng)域，毫無疑問，生物科學(xué)包括免疫學(xué)的未來必然屬于那些有能力將生物科學(xué)的實驗和理論緊密結(jié)合的人，因為他們能一直輕松地將實驗技術(shù)和計算科學(xué)相結(jié)合。作為一門交叉學(xué)科，免疫信息學(xué)要取得支配地位尚需時日，但這天終將到來，正如那些身穿白大褂、只知道手持吸液管反對自動化的勒德分子（Luddite）和只會傻瞪著電腦屏幕的笨拙的人最后都將被時代拋棄?？茖W(xué)研究作為一個整體，應(yīng)當(dāng)盡可能全身心地接受免疫信息學(xué)帶來的變化。相信假以時日，人們對免疫信息學(xué)的懷疑和排斥就將消除，因此，翻開《免疫信息學(xué)——計算機輔助預(yù)測免疫原性》這本書吧，獲取其中的智慧，品味其中的精華，收集深刻的見解，同時忘記其中諸多的瑕疵、矛盾、缺點及遺漏，銘記最重要的是從中學(xué)習(xí)并盡量享受學(xué)習(xí)的樂趣。

內(nèi)容概要

隨著基因組學(xué)、計算機技術(shù)以及免疫學(xué)的快速發(fā)展，免疫信息學(xué)已經(jīng)成為一個新興的且逐步完善的研究領(lǐng)域。免疫信息學(xué)分析就是利用免疫學(xué)的規(guī)律，對免疫學(xué)實驗結(jié)果進行預(yù)測，再通過有效的免疫學(xué)實驗進行驗證，從而大幅度地減少免疫學(xué)研究的工作量，節(jié)約研究成本，促進現(xiàn)代免疫學(xué)的發(fā)展。本書系統(tǒng)介紹了免疫信息學(xué)的概念、產(chǎn)生和發(fā)展、相關(guān)數(shù)據(jù)庫、研究方法及其應(yīng)用等，特別著重于抗原性的預(yù)測、分析和計算機輔助疫苗設(shè)計，并介紹了一些復(fù)雜軟件的使用方法，因此理論性和實用性都很強?！　”緯ㄎ挥诿庖咝畔W(xué)初學(xué)者，尤其適合本科生、研究生，對于免疫學(xué)研究工作者也有很大的參考價值。

書籍目錄

譯者序 前言 　1 免疫信息學(xué)與計算機輔助預(yù)測免疫原性：導(dǎo)論 第1部分 數(shù)據(jù)庫 　2 國際免疫遺傳學(xué)信息系統(tǒng)(1MGT) 　3 IMGT／HLA數(shù)據(jù)庫 　4 免疫多態(tài)性數(shù)據(jù)庫：IPD 　5 T細(xì)胞表位查詢和預(yù)測數(shù)據(jù)庫：SYFPEITHI 　6 T細(xì)胞表位、MHC結(jié)合肽和TAP結(jié)合肽的搜尋及描圖 　7 Bcipep數(shù)據(jù)庫中B細(xì)胞表位的搜尋及描圖 　8 半抗原、載體蛋白和抗半抗原抗體的檢索 第2部分 HLA超型鑒定 　9 基于GRID／CPCA和層次聚類法的HLA超型分類 　10 HLA-A2超型的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ) 　11 基于MHC結(jié)合肽庫定義MHC超型 　12 基于肽結(jié)合凹槽靜電分布圖的HLA-I類等位基因分型 第3部分 肽與MHC結(jié)合能力的預(yù)測 　13 特征參數(shù)法預(yù)測MHC結(jié)合肽 　14 機器學(xué)習(xí)技術(shù)預(yù)測MHC結(jié)合肽 　15 人工智能方法預(yù)測T細(xì)胞表位 　16 小鼠MHC-多肽親和力的預(yù)測 　17 3D-QSAR模型預(yù)測MHC-多肽親和力 　18 基于MHC分子模型預(yù)測表位肽 　19 基于支持向量機預(yù)測MHC結(jié)合肽 　20 應(yīng)用SVRMHC方法預(yù)測多肽與MHC分子的結(jié)合親和力 　21 基于結(jié)構(gòu)及分子模擬預(yù)測HLA結(jié)合肽 　22 基于結(jié)構(gòu)預(yù)測MHC結(jié)合肽操作指南 　23 MHC-I及MHC-II與肽結(jié)合的靜態(tài)能分析 　24 分子動力學(xué)模擬 　25 一種預(yù)測MHC-II類分子結(jié)合肽的迭代方法 　26 MHC-II類分子結(jié)合肽綜合預(yù)測方法 　27 基于貝葉斯神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的MHC-II類分子-肽復(fù)合物非線性預(yù)測模型 第4部分 免疫系統(tǒng)其他特性的預(yù)測 　28 TAPPred法預(yù)測抗原中的TAP結(jié)合肽 　29 B細(xì)胞表位的預(yù)測方法 　30 一種MHC分子結(jié)構(gòu)功官皂相似性分析平臺：HistoCheck 　31 免疫相關(guān)性毒力因子的預(yù)測 索引 彩圖

章節(jié)摘錄

　　關(guān)于免疫原性的許多問題依然存在：導(dǎo)致免疫原性的內(nèi)在分子機制是什么？對于細(xì)胞免疫，表位免疫原性是由多肽和MHC結(jié)合的半衰期（解離率）決定，還是由MI-{C一多肽結(jié)合親和力決定？與抗原提呈細(xì)胞表面的MHC多肽數(shù)量有關(guān)，還是由形成的免疫突觸的持續(xù)作用決定？需要強調(diào)的是，免疫原性并不是單由肽與MHC分子的結(jié)合發(fā)揮功能，而是由機體識別的一系列信號構(gòu)成，多肽只是其中之一。肽的結(jié)合是必要的，但并不是唯一的?！　∫欢螘r間以來，數(shù)據(jù)庫成了生物信息學(xué)的通用語言.雖然生物相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)類型可能改變，但是數(shù)據(jù)庫的使用、構(gòu)建和操作都反映了生物信息學(xué)的同一特征，免疫信息學(xué)的數(shù)據(jù)庫也具有同樣的特征，這些在其對后基因組生物科學(xué)的支持可以得到證實。21世紀(jì)，免疫學(xué)進入信息經(jīng)濟時代，數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)得以廣泛傳播。以上所述，雖然對免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫沒有特別新的東西，但是免疫信息學(xué)的深入發(fā)展顯示了生物信息學(xué)在免疫學(xué)中的應(yīng)用開始擴展和成熟?！　±?，IMGT數(shù)據(jù)庫（將在第2-4章描述）已關(guān)注免疫重要相關(guān)大分子的序列分析很多年了。定位于表位功能或者以記錄表位MHC分子親和力為主的數(shù)據(jù)庫相對較新，但也已初具規(guī)模。

圖書封面

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