化學(xué)基因組學(xué)

內(nèi)容概要

本書由該領(lǐng)域的國際知名專家撰寫，是第一本全面的化學(xué)基因組學(xué)專著，全面討論了化學(xué)基因組學(xué)的各個專題，以及從相關(guān)計算機芯片到實驗等的相關(guān)技術(shù)。第一部分描述了化學(xué)基因組學(xué)的定義和基本概念，包括從計算機芯片化學(xué)基因組學(xué)到基于芯片／微陣列等的主要技術(shù)。第二部分專注于特殊技術(shù)，討論了小分子探針研究特異基因產(chǎn)物方法的出現(xiàn)和應(yīng)用實例。最后3章是藥物發(fā)現(xiàn)相關(guān)領(lǐng)域的研究實例，進(jìn)一步強調(diào)了化學(xué)基因組學(xué)是多個研究方向相互關(guān)聯(lián)的綜合性研究方法，如脂質(zhì)組學(xué)、神經(jīng)遞質(zhì)的藥學(xué)基因組學(xué)方向，以及DNA專利的近似線性配對算法。    本書可供藥物化學(xué)、分子生物學(xué)、生物信息學(xué)等專業(yè)科研人員參考，也可作為藥物化學(xué)專業(yè)教材使用。

書籍目錄

前言第1章  什么是化學(xué)基因組學(xué)?第2章  芯片上的化學(xué)基因組學(xué)  2.1 引言  2.2 將計算機技術(shù)應(yīng)用到化學(xué)基因組學(xué)    2.2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)    2.2.2 蛋白質(zhì)的同源模建    2.2.3 選擇適當(dāng)?shù)男》肿?   2.2.4 蛋白質(zhì)功能的預(yù)測  2.3 案例研究    2.3.1 同源模型構(gòu)建    2.3.2 基于蛋白質(zhì)序列的方法    2.3.3 基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的方法  參考文獻(xiàn)第3章  化學(xué)基因組學(xué)過程的優(yōu)化  3.1 引言  3.2 化學(xué)基因組學(xué)的化合物庫    3.2.1 化學(xué)基因組學(xué)化合物庫的設(shè)計    3.2.2 化合物質(zhì)量    3.2.3 數(shù)據(jù)分析及整合  3.3 篩選進(jìn)展：化學(xué)基因組學(xué)途徑    3.3.1 靶點的產(chǎn)生    3.3.2 分析平臺    3.3.3 離子通道篩選的化學(xué)基因組學(xué)方法    3.3.4 確立設(shè)計一個持久有效的分析過程    3.3.5 重要的動力學(xué)因素    3.3.6 分析過程的穩(wěn)定性以及驗證    3.3.7 小結(jié)  3.4 HTS技術(shù)及過程    3.4.1 選擇HTS平臺    3.4.2 該途徑的量度（n個靶點×y個化合物）      3.4.3 假陽性和假陰性可接受的比率    3.4.4 合適的精密度和準(zhǔn)確性    3.4.5 來自不同篩選階段的數(shù)據(jù)信息    3.4.6 HTS平臺與化合物處理的整合  3.5 結(jié)論  致謝  參考文獻(xiàn)第4章  化學(xué)基因組學(xué)中基于微芯片技術(shù)的高通量篩選  4.1 引言  4.2 微陣列    4.2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics）：DNA陣列    4.2.2 化學(xué)基因組學(xué)：小分子陣列    4.2.3 蛋白質(zhì)組學(xué)：大分子陣列    4.2.4 基于細(xì)胞的陣列：細(xì)胞組學(xué)方法    4.3 微流體  4.4 小結(jié)與展望  致謝  參考文獻(xiàn)第5章  小分子在化學(xué)基因組學(xué)中的應(yīng)用：有前景的高通量方法  5.1 引言  5.2 小分子在化學(xué)基因組學(xué)/蛋白質(zhì)組學(xué)中：單一化合物方法與文庫方法    5.2.1 單個化合物作為探詢配體    5.2.2 化合物庫  5.3 庫的設(shè)計與選擇    5.3.1 化學(xué)基因組學(xué)中小分子探針的設(shè)計    5.3.2 基于組合片段的設(shè)計    5.3.3 動態(tài)配體自組裝    5.3.4 用于產(chǎn)生選擇性GPCR配體的多結(jié)合位點方法    5.3.5 用于設(shè)計篩選片段的Graffinity方法    5.3.6 基于片段的高通量結(jié)晶    5.3.7 ADME傾向性的設(shè)計：透膜小分子庫  5.4 復(fù)用與高通量技術(shù)    5.4.1 高通量基于細(xì)胞的檢測（細(xì)胞陣列）    5.4.2 反向雙雜交體系      5.4.3 平行親和柱分離      5.4.4 平行凝膠排阻色譜法（parallel size-exclusion chromatography）：復(fù)雜混合物中快速親和選擇    5.4.5 化學(xué)微陣列    5.4.6 組合tehtering用液相平行合成  5.5 小結(jié)  致謝  參考文獻(xiàn)第6章  用于快速蛋白質(zhì)鑒定的多功能光探針  6.1 引言  6.2 主要光活性基團(tuán)的化學(xué)性質(zhì)  6.3 提高光親和標(biāo)記通量的生物素化重氮甲烷  6.4 在固態(tài)基質(zhì)上的光親和標(biāo)記  參考文獻(xiàn)第7章  定義脂質(zhì)組：一個新的治療靶標(biāo)  7.1 引言  7.2 治療學(xué)中主要的脂質(zhì)組學(xué)靶標(biāo)    7.2.1 磷酸肌醇    7.2.2 神經(jīng)鞘脂類    7.2.3 溶血磷脂類  7.3 脂質(zhì)組分析的方法    7.3.1 分析型脂質(zhì)組學(xué)    7.3.2 功能性脂質(zhì)組學(xué)  7.4 結(jié)語  參考文獻(xiàn)第8章  多巴胺能神經(jīng)遞質(zhì)相關(guān)的基因多態(tài)性的藥物毒理學(xué)表現(xiàn)  8.1 多巴胺系統(tǒng)的概述    8.1.1 多巴胺的合成、功能和代謝    8.1.2 主要多巴胺能系統(tǒng)及與精神病理學(xué)的關(guān)聯(lián)    8.1.3 多巴胺系統(tǒng)的遺傳藥理學(xué)  8.2 鑒定基因多態(tài)性的方法  8.3 多巴胺受體    8.3.1 多態(tài)的多巴胺D2受體基因      8.3.2 多巴胺D2受體的遺傳藥理學(xué)    8.3.3 多巴胺D3受體基因的多態(tài)性    8.3.4 多巴胺D3受體基因的遺傳藥理學(xué)    8.3.5 高多態(tài)的多巴胺D4受體基因    8.3.6 多巴胺D4受體的遺傳藥理學(xué)  8.4 多巴胺轉(zhuǎn)運體    8.4.1 多巴胺轉(zhuǎn)運體及其變異體    8.4.2 多巴胺轉(zhuǎn)運體的遺傳藥理學(xué)  參考文獻(xiàn)第9章  用于藥學(xué)產(chǎn)業(yè)中DNA專利申請評估的近似線性配對算法  9.1 引言  9.2 結(jié)果  9.3 結(jié)論  參考文獻(xiàn)

章節(jié)摘錄

　　第1章　什么是化學(xué)基因組學(xué)？　　對于生物學(xué)的探索不僅要靠科學(xué)探索精神，更需要生物或者化學(xué)工具的操作系統(tǒng)的發(fā)展來推動。在20世紀(jì)后半葉，生物系統(tǒng)的研究已經(jīng)從細(xì)胞水平上升到分子水平。很多生物（包括人類）的全基因組測序的完成，使人們對生物的理解產(chǎn)生了翻天覆地的變化?，F(xiàn)在，著眼于生物體并在器官、組織、細(xì)胞、亞細(xì)胞及分子水平進(jìn)行剖析已經(jīng)不是人們關(guān)注的焦點，因為雖然已經(jīng)在分子水平的研究上達(dá)到了相當(dāng)精密的程度，但是關(guān)于這些分子之間的相互作用，以及如何整合在一起作為功能單位的機制還知之甚少?！　『芏嗷蛩缴系臄?shù)據(jù)和生物學(xué)工具在應(yīng)用上是很有價值的，包括小分子干擾RNA（siRNA）、反義技術(shù)（antisense）、基因敲除技術(shù)（knock-out）、轉(zhuǎn)基因技術(shù)（transgenics）、抗體技術(shù)（antibody）及群體遺傳學(xué)（population genet—ics）。這些技術(shù)手段可以針對一個靶基因，也可以針對多個靶基因應(yīng)用。然而，人類基因組中有約30 000個基因，上述技術(shù)不能很好地闡明每個基因的生物功能，同時耗時長，成本昂貴，以及耗費時間和資源。因此，這些生物學(xué)工具更基本的應(yīng)用可能是在基因組子集水平的研究上，以提供充分的數(shù)據(jù)進(jìn)行計算并驗證相關(guān)理論的可靠性。目前對于基因組的許多基因，通過干擾相關(guān)基因只能進(jìn)行很有限地預(yù)測分析并推斷某個基因的功能?！　≡趹?yīng)用這些技術(shù)確證已知藥物的特定蛋白靶標(biāo)前，藥學(xué)和基因組學(xué)長久以來都是兩個相對獨立的領(lǐng)域。對于藥物與靶點之間相互作用的研究，以及在分子水平上逐步深入地理解靶點在特定生物途徑中的作用角色，已使目前市場上的藥品數(shù)量和性質(zhì)都有很大的突破。然而，目前基因組中的基因只有很少一部分作為藥物的靶標(biāo)。雖然干擾基因組中一些基因之間的相互作用并不一定會帶來治療上的生理后果，但是并不代表全部重要的藥物靶點都已經(jīng)被確證了?！　　?/pre>








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