探索基因組學、蛋白質(zhì)組學和生物信息學

內(nèi)容概要

本書圍繞對基因組學、蛋白質(zhì)組學和生物信息學的概括描述，向讀者介紹了近幾年來生物學以及醫(yī)學生物學研究方法上的發(fā)展，以及這些方法在研究思維上的深遠影響。作者以通俗易懂的語言將這三個方面組成一個研究、探索問題的互動平臺，使讀者對生物信息學有一個系統(tǒng)的認識和了解，利于更深入的研究。內(nèi)容主要包括基因組序列、基因組變異、基因組表達、DNA芯片、蛋白質(zhì)組學、全基因組學以及基因組學在醫(yī)學病例中的應用等，同時穿插問題探討、數(shù)學備忘錄等使內(nèi)容更加豐富。    本書可作生物學專業(yè)本科生、研究生的生物信息學教材或教學輔導書，亦可供分子生物學、生物化學、細胞生物學以及醫(yī)學、藥學等領域的科研人員參考。

書籍目錄

譯者序序前言致謝第一部分  基因組序列　第1章  我的孩子究竟怎么了？  　1.1  首先要關心的問題    　1.1.1  第一階段：臨床表現(xiàn)　    1.1.2  第二階段：家庭病史研究  　  1.1.3  第三階段：染色體組型及連鎖分析    　1.1.4  第四階段：DNA序列分析　    數(shù)學備忘錄1.1  什么是E值？  　  本節(jié)小結(jié)  　1.2  了解這一疾病的下一步工作    　1.2.1  我們需要一個動物模式系統(tǒng)　    1.2.2  同時檢索出的另一種蛋白究竟是什么？  　  1.2.3  Utrophin蛋白是否也參與了肌營養(yǎng)不良癥的形成？    　1.2.4  Dystrophin蛋白究竟具有什么樣的功能？　    數(shù)學備忘錄1.2  這幅圖究竟有什么特別？  　  1.2.5  為什么DMD的病人在出生3年后就會發(fā)生肌肉壞死？    　1.2.6  是否可能患有DMD癥卻不出現(xiàn)肌營養(yǎng)不良的癥狀呢？　    1.2.7  如果他們的dystrophin基因是正常的，那他們?yōu)槭裁磿霈F(xiàn)肌營養(yǎng)不良的癥狀呢？  　  數(shù)學備忘錄1.3  很不可能是什么意思？    　1.2.8  肌肉營養(yǎng)障礙的研究領域在何處？　    1.2.9  6個造成肌肉營養(yǎng)障礙的分子起因的議題  　  1.2.10  會議的開始　    1.2.11  結(jié)構(gòu)上的弱點  　  1.2.12  功能缺失型突變    　1.2.13  新范例：肌肉營養(yǎng)不良的非結(jié)構(gòu)性的致病原因　    數(shù)學備忘錄1.4  cGMP的產(chǎn)生是否增多了？  　  1.2.14  最后一場演講    　本節(jié)小結(jié)  你最終的想法    本章總結(jié)　第2章  基因組序列的獲取和分析  　2.1  基因組是如何被測序的？    　2.1.1  什么是基因組學？    　2.1.2  基因組是如何被測序的？　    數(shù)學備忘錄2.1  你可以從一個點圖中了解什么？　    數(shù)學備忘錄2.2  你怎樣尋找模體？　    2.1.3  我們可以從DNA序列中預測蛋白質(zhì)功能嗎？　    數(shù)學備忘錄2.3  什么是“positives”，它們和E-value有何關系？　    2.1.4  這些蛋白質(zhì)什么形狀？  　  2.1.5  結(jié)構(gòu)提示了功能嗎？　    2.1.6  為什么數(shù)據(jù)庫中有那么多不完整序列？　    2.1.7  在線注釋基因組　    2.1.8  一個基因可以產(chǎn)生多少蛋白？　    2.1.9  基因組能否不改變DNA序列來改變基因表達　    2.1.10  DNA的第五種堿基是什么？甲基胞嘧啶　    2.1.11  印跡，甲基化和癌癥　    本節(jié)小結(jié)　  2.2  我們從單細胞基因組中學到了什么？　    2.2.1  為什么我有這么多的粉刺？　    2.2.2  哪一個基因?qū)е路鄞?？?   2.2.3  我們體內(nèi)所有細菌都是有害的嗎？　    2.2.4  微生物基因組是否可以依賴于人類基因？　    2.2.5  最小基因數(shù)可能是多少？　    2.2.6  所有病毒基因組都小于細菌基因組嗎？　    2.2.7  Mimivirus是活的嗎？　    2.2.8  基因組是否反映生物的生態(tài)位（ecological niche）？  　  數(shù)學備忘錄2.4  你能估計點陣圖中倒置次數(shù)嗎？　    2.2.9  為什么MED4的基因組這么?。俊?   2.2.10  多大的基因組變化導致新的物種？　    2.2.11  什么生物導致瘧疾（Malaria）？　    2.2.12  瘧原蟲有什么樣的基因組？　    2.2.13  預測的蛋白質(zhì)組同樣不尋常嗎？　    2.2.14  是否存在真核生物的模式基因組？　    2.2.15  研究者對未來基因組研究作何預測？  　  2.2.16  酵母基因組的尾聲　　  本節(jié)小結(jié)  單細胞基因組分析　  2.3  我們從多細胞生物基因組中學到了什么？  　  2.3.1  動物基因組更難完成嗎？    　……　第3章  進化論和醫(yī)學研究中的比較基因組學　第4章  基因組變異第二部分  基因組表達　第5章  為什么我們不能只通過服食一顆藥丸來實現(xiàn)減肥計劃　第6章  DNA芯片的基礎研究　第7章  DNA芯片的應用研究　第8章  蛋白質(zhì)組學第三部分  全基因組視角　第9章  為什么我們不能治愈更多的疾病　第10章  單基因中的基因組回路　第11章  整合基因組回路　第12章  全基因組回路建模詞匯表

章節(jié)摘錄

　　第一部分　基因組序列　　第1章　我的孩子究竟怎么了？　　在這一章里，我們將檢驗一種遺傳學情況。你的工作就是去分析那些提供給你的數(shù)據(jù)，闡明其中的機制，檢驗它們，從中找出那些需要進行改動的例外數(shù)據(jù)。通過這一案例研究來了解如何使用遺傳學研究染色體水平上的致病原因。注意采集的數(shù)據(jù)是如何被分析的，就像在這個案例中我們沿著眾多杰出的觀察家的足跡所作的那樣。這個案例被寫成一個短小的謎團，所以作為讀者的你就必須解開這一謎團，想像你自己就是這個故事中的那位醫(yī)生，然后盡你的力量去幫助那個孩子吧?！　?.1　首先要關心的問題　　本部分的信息共分為4個階段，每一階段中將給你一些數(shù)據(jù)然后要求你利用網(wǎng)絡資源來搜索尋找結(jié)論。這一過程將幫助增強分析能力，并且為你提供一個角度，使你發(fā)現(xiàn)基因組學不僅僅是一些方法的簡單疊加，而是已經(jīng)成為了研究生命現(xiàn)象的一種強有力的途徑。因此，在你往后看之前請先回答文中的問題探討?！　?.1.1　第一階段：臨床表現(xiàn)　　你是一名醫(yī)生，一位母親帶著她的6歲大的孩子來找你（由于這里只是一個虛構(gòu)的故事，所以我們不給出任何的人名，盡管在實際的情況中一個好的醫(yī)生將會使用姓名來指代他的病人）。在病歷表上，你可以看到這次就醫(yī)的原因是“消化不良”。在這之前你從沒有接觸過這個家庭，盡管這位母親在一家很小的地方公司里做全職工作，但書面資料表明他們甚至并沒有一份健康保險。當你走進診療室時，那位母親正坐在椅子上，而那個男孩子則在地板上玩著積木，你和他們打招呼，然后問那個男孩子他今天感覺如何，但你并沒有得到任何回答。

編輯推薦

　　基因組學這個名詞來自于基因組，基因組指的是生物體內(nèi)所有DNA的總和，基因組學是研究基因組的學科。本書通過從文獻中提取出研究例子，在解答這些研究案例所遇到的各種問題的同時，探索科學的內(nèi)容。該書涵蓋了現(xiàn)代生物學的大部分研究領域，如基因組學、蛋白質(zhì)組學和生物信息學。書中附有多幅包含許多數(shù)據(jù)的插圖及“在線數(shù)據(jù)庫”、“問題探討”和小節(jié)。該書還列舉了大量的真實而有說服力的研究事例，以激發(fā)讀者對基因組學、蛋白質(zhì)組學和生物信息學的學習興趣。

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