R語言及Bioconductor在基因組分析中的應(yīng)用

內(nèi)容概要

本書是國內(nèi)第一本系統(tǒng)介紹R語言及Bioconductor軟件包的圖書。R是一種計(jì)算機(jī)程序設(shè)計(jì)語言，也是一個(gè)開放式的軟件開發(fā)平臺(tái)。R具有強(qiáng)大的數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)分析和科學(xué)數(shù)據(jù)可視化功能，提供各種數(shù)據(jù)處理、統(tǒng)計(jì)分析及圖形顯示工具。軟件研究人員可以在R這個(gè)開放平臺(tái)上不斷擴(kuò)充R的功能，開發(fā)出面向特定應(yīng)用的軟件。Bioconductor就是一個(gè)基于R的、面向基因組信息分析的應(yīng)用軟件集合。Bioconductor的應(yīng)用功能主要是以包的集成形式呈現(xiàn)在用戶面前，它提供的軟件包中包括各種基因組數(shù)據(jù)分析和注釋工具，其中大多數(shù)工具是針對(duì)基因芯片或DNA微陣列數(shù)據(jù)的處理、分析、注釋及可視化。同時(shí)，Bioconductor還提供許多與DNA微陣列相關(guān)的數(shù)據(jù)包。本書分為上下兩篇，分別介紹R和Bioconductor軟件包，介紹Bioconductor在基因組分析中應(yīng)用。

書籍目錄

前言上篇　R語言第1章　R語言簡介1.1平臺(tái)1.2R語言的發(fā)展簡史1.3R語言和統(tǒng)計(jì)學(xué)1.4運(yùn)行R語言的環(huán)境及安裝1.5交互式使用R語言第2章　R語言的基本數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)2.1向量的賦值2.2向量的基本運(yùn)算2.3構(gòu)造向量2.4邏輯向量2.5字符向量2.6復(fù)數(shù)向量2.7獲取向量子集和修正向量子集2.8常量第3章　R語言對(duì)象3.1對(duì)象的基本屬性3.2改變對(duì)象的長度3.3獲取對(duì)象的屬性3.4獲取對(duì)象類第4章　分組因子4.1分組因子4.2聚集計(jì)算4.3排序第5章　數(shù)組和矩陣5.1定義數(shù)組5.2數(shù)組子集操作5.3構(gòu)造數(shù)組5.4數(shù)組計(jì)算5.5矩陣5.6數(shù)組矩陣合并5.7定義數(shù)組的操作第6章　數(shù)據(jù)列表和數(shù)據(jù)單6.1數(shù)據(jù)列表6.2構(gòu)造數(shù)據(jù)列表6.3數(shù)據(jù)列表操作6.4數(shù)據(jù)單第7章　導(dǎo)入導(dǎo)出數(shù)據(jù)7.1高級(jí)函數(shù)7.2低級(jí)函數(shù)7.3命令臺(tái)輸入輸出以及格式化7.4使用R語言內(nèi)含的數(shù)據(jù)集第8章　組合表達(dá)式和控制語句8.1組合表達(dá)式8.2控制語句第9章　函數(shù)9.1排序的例子9.2定義新的操作符9.3參數(shù)名和參數(shù)缺省定義9.4形式的參數(shù)(虛參)9.5函數(shù)和變量的作用范圍9.6類、通用函數(shù)和面向?qū)ο?.7調(diào)試9.8操作符號(hào)的優(yōu)先級(jí)第10章　包10.1標(biāo)準(zhǔn)包10.2擴(kuò)展包和CRAN10.3包命名空間10.4R語言中常用的包第11章　R語言中的統(tǒng)計(jì)11.1R語言中的概率分布11.2從離散數(shù)據(jù)集分析概率分布特性11.3回歸分析第12章　圖形函數(shù)12.1高級(jí)圖形命令12.2低級(jí)圖形函數(shù)12.3與圖形進(jìn)行交互12.4利用圖形參數(shù)12.5圖形參數(shù)列表12.6設(shè)備驅(qū)動(dòng)12.7動(dòng)態(tài)圖形下篇　Biocomluctor及其應(yīng)用第13章　Bioconductm與DNA微陣列數(shù)據(jù)處理13.1Bioconductor簡介13.2DNA微陣列13.3微陣列數(shù)據(jù)處理與分析13.4Bioconductor開發(fā)背景13.5Bioconductor各種包的分類介紹第14章　Bioconductm的使用14.1Bioconductor的獲取和安裝14.2Biocondtlctor一陜速入門14.3Bioconductor應(yīng)用實(shí)例第15章　數(shù)據(jù)庫訪問15.1Rdbi軟件包15.2RdbiPgSQL軟件包15.3SAGElyzer軟件包第16章　圖形及用戶接口16.1widget，Tools包16.2tkWidgets包16.3geneplotter包16.4hexbin包16.5limmaGUI包16.6affylmGUI包16.7webbioc包第17章　圖結(jié)構(gòu)17.1graph包17.2RGBL包17.3Rgraphviz包17.4SNAData數(shù)據(jù)包第18章　通用工具18.1reposTools包18.2Biobase包18.3Biostrings包18.4DynDoc包18.5Ruuid包18.6ctc包18.7convert包18.8icens包18.9exprExternal和externalVector軟件包第19章　注釋19.1annotate包19.2AnnBuilder包19.3Resourcer包19.4SNPtools包19.5Data packages包第20章　基因本體學(xué)20.1goTools包20.2ontoTools包20.3Gostats包第21章　微陣列數(shù)據(jù)預(yù)處理21.1affy包21.2affycomp包21.3affydata包21.4affypdnn包21.5affyPLM包21.6gcrma包21.7makecdfenv包21.8annaffy包21.9marray包21.10matchprobes包21.11vsn包第22章　數(shù)據(jù)分析22.1daMA包22.2edd包22.3factDesign包22.4genefilter包22.5globaltest包22.6gpls包22.7multtest包22.8pamr包22.9MeasurementErfor.cor包22.10limma包22.11ROC包22.12siggenes包22.13splicegear包22.14RMAGEML包第23章　微陣列比較基因組雜交23.1aCGH包23.2DNAcopy包第24章　蛋白質(zhì)組學(xué)24.1PROcess包24.2gpls包24.3apComplex包主要參考文獻(xiàn)附錄　R語言常用功能一覽表

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